| 研究課題/領域番号 |
16H02485
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
システムゲノム科学
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| 研究機関 | 奈良先端科学技術大学院大学 |
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研究代表者 |
森 浩禎 奈良先端科学技術大学院大学, データ駆動型サイエンス創造センター, 教授 (90182203)
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| 研究分担者 |
山田 守 山口大学, 大学院創成科学研究科, 教授 (30174741)
川野 光興 川崎医科大学, 医学部, 講師 (00455338)
松野 浩嗣 山口大学, 大学院創成科学研究科, 教授 (10181744)
片岡 正和 信州大学, 学術研究院工学系, 准教授 (90332676)
牧 泰史 大阪医科大学, 医学部, 講師 (60401733)
田村 武幸 京都大学, 化学研究所, 准教授 (00437261)
大橋 菜摘 (斎藤菜摘) 鶴岡工業高等専門学校, その他部局等, 准教授 (50287546)
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| 研究協力者 |
高坂 智之
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2018年度)
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| 配分額 *注記 |
45,240千円 (直接経費: 34,800千円、間接経費: 10,440千円)
2018年度: 12,740千円 (直接経費: 9,800千円、間接経費: 2,940千円)
2017年度: 13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
2016年度: 19,240千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 4,440千円)
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| キーワード | 大腸菌 / 分子バーコード / population dynamics / 混合培養液 / 遺伝的相互作用 / CRISPRi / 必須遺伝子 / 網羅解析 / 混合培養 / 細胞生育 / モデル化 / シミュレーション / 網羅的 / ネットワーク / 分子バーコード欠失株 / population / deep sequencing / chemical genomics / 相互作用ネットワーク / 長期定常期 / 細胞死 / lag / システム生物学 / バーコード解析 / 細胞のモデル化 / 相互作用解析 |
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| 研究成果の概要 |
長期定常状態、非致死濃度の抗生物質あるいは細胞毒性を持つ化学物質を含む培地中の個体数変動を、分子バーコード欠失株の混合培養での定量法を確立した。培養3週間の約4000遺伝子欠失株の個体数変動を定量し、予想以上の変動を確認した。細胞毒性を持つ抗生物質や化学物質を含む培地中での欠失株の変動解析により、遺伝子と各種薬剤との高効率な相互作用解析を可能にし、その細胞毒性の分子機構解明に対して非常に有効であることを実証した。さらに二重欠失株による非必須遺伝子の網羅的遺伝的相互作用解析及びCRISPRiによる必須遺伝子を含めた遺伝的相互作用解析を進めた。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
全ての欠失株の混合培養による生育モニター手法の確立を行なった。この基盤技術は、これまでの大腸菌の研究の蓄積を活用し、さらに抗生物質や毒性を示す化合物と遺伝子欠失との相互作用解析が可能になったことで、薬剤や毒性物質の細胞内分子機構解明への新たな研究開発の展開を可能にした。
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