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細胞集団内で遺伝子発現が空間分布により多様化されるための諸要素の相関の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16H02895
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関早稲田大学

研究代表者

木賀 大介  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30376587)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
17,810千円 (直接経費: 13,700千円、間接経費: 4,110千円)
2018年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2017年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2016年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
キーワード合成生物学 / 遺伝子ネットワーク / 空間パターン / 細胞間通信 / 人工生命システム / 人工遺伝子回路
研究成果の概要

一つの細胞が増殖し内部状態を多様化することに伴って形成される細胞集団の空間パターンについて、本研究により、数理モデルと実際の細胞の挙動の双方を解析する合成生物学アプローチによる理解を深めることができた。数理モデルについては、(1)細胞間通信分子の拡散、および、細胞の内部状態に依存した成長速度の変化を取り込んだコロニー形成や、(2)カタストロフィー理論に基づく分岐現象の一般化を扱った。さらに、それぞれについて、実際の生きた細胞集団の挙動として具現化することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

合成生物学では、生体高分子を組み合わせた人工生命システムを数理モデルに基づいて構築する。システムのパラメタを変化させた際のモデルの挙動の変化が、ナマの生命システムの挙動の変化に反映するならば、その数理モデルによる生命システムの把握は成功している。この意味で、合成生物学は、博物学に重きを置いていた伝統的な生物学と相補的なアプローチにあり、生物学を自然科学一般の文脈でとらえる運動と言える。本研究では、細胞集団における空間パターンの形成に対してこの合成生物学アプローチを適用するものであり、多細胞生物を含めた生命に対する新たな理解や、数理モデルを活用した工学手法による医薬品開発にも資するものである。

報告書

(4件)
  • 2019 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] Raytheon BBN Technologies/California Institute of Technology/iGEM Foundation(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Technical University of Denmark(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Imperial College London/Synthace(英国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] Robust Estimation of Bacterial Cell Count from Optical Density2020

    • 著者名/発表者名
      Jacob Beal, Natalie G Farny, Traci Haddock-Angelli, Vinoo Selvarajah, Geoff S Baldwin, Russell Buckley-Taylor, Markus Gershater, Daisuke Kiga, John Marken, Vishal Sanchania, Abigail Sison, Christopher T Workman
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: -

    • DOI

      10.1101/803239

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 細胞間通信を介して自律的に多様化を行う人工遺伝子回路の挙動拡張2020

    • 著者名/発表者名
      畑敬士 、中川絵理子、橋本真奈、西田暁史、関根亮二、山村雅幸、○木賀大
    • 学会等名
      生物物理学会関東支部会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] シミュレーションによるコロニーパターン形成を支配する因子の解明2020

    • 著者名/発表者名
      ○北川一輝、西田暁史 、太田裕作、青木一洋、木賀大介
    • 学会等名
      生物物理学会関東支部会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 流体デバイスを用いた一細胞経時観察による制御遺伝子回路へのretroactivityの解析2020

    • 著者名/発表者名
      ○池田大悟、西田暁史、高橋義一、田中大器、関口哲志、木賀大介
    • 学会等名
      生物物理学会関東支部会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Cell-cell communication dependent bifurcation of stability in genetic circuit2019

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kiga
    • 学会等名
      Asian Synthetic Biology Association
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞間通信に依存した細胞種多様化における細胞種比率の頑健性に与えるフィードバックの影響2018

    • 著者名/発表者名
      ○橋本真奈、鮎川翔太郎、木賀大介
    • 学会等名
      「細胞をつくる」研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Artificial cell-cell communication and symbiosis designed by synthetic biology2018

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kiga
    • 学会等名
      ADVANCED TECHNIQUES TO STUDY AND EXPLOIT THE SPONGE AND CORAL MICROBIOMES WORKSHOP
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 合成生物学が拓く生物工学の限りない可能性2018

    • 著者名/発表者名
      木賀大介
    • 学会等名
      生物工学会 賀詞交換会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 人工遺伝子回路設計における下流レポーター遺伝子が与える影響2018

    • 著者名/発表者名
      森谷孟史、山岡智浩、若山裕綺 、鮎川翔太郎、張子聡 、山村雅幸 、若尾真治 、〇木賀大介
    • 学会等名
      デザイン生命工学研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 合成生物学: 生命システムを数理モデルに 基づいて設計・実装して理解する2017

    • 著者名/発表者名
      木賀大介
    • 学会等名
      理研 「物質階層の原理を探求する統合的実験研究」第1回春合宿
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Repeated diversification on Waddington Landscape realized with synthesized genetic circuit2017

    • 著者名/発表者名
      Shotaro Ayukawa, Takashi Hata, Daisuke Kiga
    • 学会等名
      SB7.0
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Synthetic Biology: Engineering of genetic codes and genetic circuits2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kiga
    • 学会等名
      19th German-Japanese Joint Symposium between the University of Bonn and Waseda University
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Systems biology : Synthetic biology = Systems chemistry : ???2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kiga
    • 学会等名
      ELSI symposium
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 設計生物学 ― 博物学ではない生物学の構築2017

    • 著者名/発表者名
      木賀大介
    • 学会等名
      デザイン生命工学研究会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 合成生物学の学部教育2016

    • 著者名/発表者名
      木賀大介
    • 学会等名
      遺伝学会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Design and construction of a synthetic microbial community by combining synthetic biological subsystems2016

    • 著者名/発表者名
      Syotaro Ayukawa, Daisuke Kiga
    • 学会等名
      生物物理学会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Design strategy to construct synthetic gene circuits working in living cells2016

    • 著者名/発表者名
      Syotaro Ayukawa, Daisuke Kiga
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] [設計生物学] 人工細胞の創製とその応用 内2017

    • 著者名/発表者名
      木賀大介著 植田充美監修
    • 総ページ数
      12
    • 出版者
      CMC出版
    • ISBN
      9784781312330
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-12-28  

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