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多層階の動的代謝解析による律速点同定とフラックス最適化法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16H04576
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関大阪大学

研究代表者

清水 浩  大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (00226250)

研究分担者 松田 史生  大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (50462734)
戸谷 吉博  大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (70582162)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円)
2018年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2017年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2016年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
キーワード反応速度論 / 物質生産 / インシリコデザイン / 代謝フラックス / 生物情報工学
研究成果の概要

微生物による有用物質生産を実現するには、微生物が有する代謝系を合理的に改変し、生産収率および生産速度の両方を最大化する必要がある。本研究では、微生物生産における生産速度の向上に焦点を当て、代謝経路中に潜む律速点を同定する方法について研究を行った。質量分析計を用いた13C標識代謝フラックス解析、酵素タンパク質定量、代謝物質絶対定量法の開発を進め、細胞内の代謝状態を高度に定量精密解析する基盤を整えた。また、代謝状態の実測データをもとに非平衡熱力学的手法の導入、および、代謝反応速度論モデルの構築により、目的物質の律速点の同定と解除に基づく生産速度の最適化法の開発を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

微生物細胞の代謝は多段階の化学反応であり、微生物生体触媒として用いることで、一つのプロセスによって原料を目的物質に変換することが可能である。しかし、多段階の反応が関与するため、どこにその律速点が存在するのかを知ることは容易ではない。微生物の代謝フラックス解析、酵素タンパク質定量、代謝物質絶対値を解析し、熱力学的手法の導入や代謝反応速度論モデルの利用によって代謝の律速点をシステマティックに抽出し効率的に遺伝子操作の戦略を提案できるシステムを開発したところに大きな意義がある。大腸菌のメバロン酸生産に適用することで、その有効性への道筋を示している。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 4件、 招待講演 5件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Magnesium starvation improves production of malonyl-CoA-derived metabolites in Escherichia coli2019

    • 著者名/発表者名
      Tokuyama Kento、Toya Yoshihiro、Matsuda Fumio、Cress Brady F.、Koffas Mattheos A.G.、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      Metabolic Engineering

      巻: 52 ページ: 215-223

    • DOI

      10.1016/j.ymben.2018.12.002

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究2019

    • 著者名/発表者名
      清水 浩
    • 雑誌名

      生物工学誌

      巻: 97 ページ: 13-20

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metabolic engineering of mevalonate-producing Escherichia coli strains based on thermodynamic analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Nagai Hikaru、Masuda Ami、Toya Yoshihiro、Matsuda Fumio、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      Metabolic Engineering

      巻: 47 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.ymben.2018.02.012

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain2018

    • 著者名/発表者名
      Tokuyama Kento、Toya Yoshihiro、Horinouchi Takaaki、Furusawa Chikara、Matsuda Fumio、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      Biotechnology and Bioengineering

      巻: 115 号: 6 ページ: 1542-1551

    • DOI

      10.1002/bit.26568

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimal 13 C-labeling of glycerol carbon source for precise flux estimation in Escherichia coli2018

    • 著者名/発表者名
      Toya Yoshihiro、Ohashi Shugo、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 125 号: 3 ページ: 301-305

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2017.09.009

    • NAID

      210000005652

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metabolic engineering of isopropyl alcohol-producing Escherichia coli strains with 13C-metabolic flux analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Okahashi Nobuyuki、Matsuda Fumio、Yoshikawa Katsunori、Shirai Tomokazu、Matsumoto Yoshiko、Wada Mitsufumi、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      Biotechnolgy and Bioengineering

      巻: 114 号: 12 ページ: 2782-2793

    • DOI

      10.1002/bit.26390

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism2017

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Fumio、Toya Yoshihiro、Shimizu Hiroshi
    • 雑誌名

      Biotechnology Advances

      巻: 35 号: 8 ページ: 971-980

    • DOI

      10.1016/j.biotechadv.2017.09.006

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 第4章-13 細胞内中心代謝フラックスの解析」できる・わかる生命科学の数理モデルとシミュレーション2017

    • 著者名/発表者名
      松田史生
    • 雑誌名

      実験医学2017年3月増刊号

      巻: 35 ページ: 207-210

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] 13C-metabolic flux analysis for mevalonate producing Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Wada, Yoshihiro Toya, Satomi Banno, Katsunori Yoshikawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 123 号: 2 ページ: 177-182

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2016.08.001

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Recent advances in amino acid production by microbial cells2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hirasawa and Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Current Opinion in Biotechnology

      巻: 42 ページ: 133-146

    • DOI

      10.1016/j.copbio.2016.04.017

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Expanding the space of actual metabolic network in Escherichia coli by adaptive laboratory evolution2018

    • 著者名/発表者名
      Tokuyama Kento、Toya Yoshihiro、 Horinouchi Takaaki,、Furusawa Chikara、Matsuda Fumio、Shimizu Hiroshi
    • 学会等名
      Metabolic Engineering 12
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 微生物バイオプロセスにおける計測と育種・プロセス開発への展開2018

    • 著者名/発表者名
      清水浩
    • 学会等名
      日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会第一回シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 増殖連動型物質生産のin silico解析における反応律速点の同定法の開発と実験検証2018

    • 著者名/発表者名
      清水浩、徳山健斗、戸谷吉博、松田史生
    • 学会等名
      化学工学会第50回秋季大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究2018

    • 著者名/発表者名
      清水浩
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会 生物工学功績賞受賞講演
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] フェノールが大腸菌の中枢代謝に及ぼす影響の解析2018

    • 著者名/発表者名
      北村さや香、戸谷吉博、清水浩
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 代謝工学に基づく大腸菌フェノール生産株の育種2018

    • 著者名/発表者名
      北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩
    • 学会等名
      化学工学会第83年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 定常期における大腸菌メバロン酸生産株の13C代謝フラックス解析2017

    • 著者名/発表者名
      増田亜美、徳山健斗、戸谷吉博、清水浩
    • 学会等名
      化学工学会 第82年会
    • 発表場所
      芝浦工業大学豊洲キャンパス(東京都江東区)
    • 年月日
      2017-03-06
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 実験室進化実験に基づく大腸菌の高コハク酸生産に有効な変異同定2017

    • 著者名/発表者名
      徳山 健斗, 戸谷 吉博, 堀之内 貴明, 古澤 力, 清水 浩,
    • 学会等名
      化学工学会 第82年会
    • 発表場所
      芝浦工業大学豊洲キャンパス(東京都江東区)
    • 年月日
      2017-03-06
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 13C代謝フラックス解析による細胞の生理状態の理解と工学応用2017

    • 著者名/発表者名
      清水浩, 松田史生, 戸谷吉博, 岡橋伸幸, 前田昂亮
    • 学会等名
      化学工学会第49回秋季大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Metabolic flux measurement for efficient mevalonate production in Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Toya, Keisuke Wada, Ami Masuda, Kento Tokuyama, Satomi Banno, Katsunori Yoshikawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      i-BioP2016
    • 発表場所
      Haeundae Grand Hotel , Busan, South Korea
    • 年月日
      2016-12-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Integration of in silico design and experimental evaluation of metabolic pathways for creation of microbial cell factories,2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      International Conference on the Metabolic Science,
    • 発表場所
      Nanjiao Hotel, Shanghai China,
    • 年月日
      2016-10-20
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 13C-metabolic flux analysis for rational design of metabolic pathway modification of the industrially useful microorganisms2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      The 13th International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms
    • 発表場所
      East Lake Hotel, Wuhan, China
    • 年月日
      2016-10-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] メバロン酸生産大腸菌の細胞内代謝状態の定量的な評価2016

    • 著者名/発表者名
      永井 暉, 戸谷 吉博, 松田 史生, 清水 浩
    • 学会等名
      第68回日本生物工学会大会(2016)
    • 発表場所
      冨山国際会議場 ANAクラウンプラザホテル富山(富山県富山市)
    • 年月日
      2016-09-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] メバロン酸生産大腸菌株の定常期における代謝状態の解明2016

    • 著者名/発表者名
      増田亜美,戸谷 吉博、徳山 健斗、坂野 聡美、吉川 勝徳、清水 浩
    • 学会等名
      第68回日本生物工学会大会(2016)
    • 発表場所
      冨山国際会議場 ANAクラウンプラザホテル富山(富山県富山市)
    • 年月日
      2016-09-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] #in silico#代謝設計と実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築2016

    • 著者名/発表者名
      徳山 健斗、戸谷 吉博、清水 浩
    • 学会等名
      化学工学会第48回秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学 常三島キャンパス(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2016-09-06
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌による効率的なメバロン酸生産のための代謝解析2016

    • 著者名/発表者名
      戸谷吉博、和田圭介、増田亜美、徳山健斗、坂野聡美、吉川勝徳、松田史生、清水浩
    • 学会等名
      化学工学会第48回秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学 常三島キャンパス(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2016-09-06
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] グリセロールからのコハク酸生産に向けたin silico代謝設計と実験評価2016

    • 著者名/発表者名
      徳山健斗、戸谷吉博、清水浩
    • 学会等名
      2016年度生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー
    • 発表場所
      ホテルコンチネンタル府中(東京都府中市)
    • 年月日
      2016-07-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 13C-Metabolic Flux Analysis for Mevalonate-Producing Strain of Escherichia coli.2016

    • 著者名/発表者名
      Wada, K., Toya, Y., Matsuda, F. and Shimizu, H.
    • 学会等名
      Metabolic Engineering 11
    • 発表場所
      Awaji Yumebutai(兵庫県淡路市)
    • 年月日
      2016-06-26
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] In silico代謝デザインと13C代謝フラックス解析による微生物細胞工場の創製2016

    • 著者名/発表者名
      清水浩
    • 学会等名
      第6回合成生物工学シンポジウム
    • 発表場所
      神戸大学百年記念館六甲ホール(兵庫県神戸市灘区)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5: Applied Bioengineering: Innovations and Future Directions, Chapter 7, Omics integrations for the state analysis of microbial processes2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimizu, Chikara Fursawa, Takashi Hirasawa, KatsunoriYoshikawa, Yoshihiro Toya, Tomokazu Shirai, and Fumio Matsuda
    • 総ページ数
      36
    • 出版者
      Wiley-VCH
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5: Applied Bioengineering: Innovations and Future Directions, Chapter 8, Control of Microbial Processes2017

    • 著者名/発表者名
      Kazuyuki Shimizu, Hiroshi Shimizu, Toshiomi Yoshida,
    • 総ページ数
      22
    • 出版者
      Wiley-VCH
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 4: Indsutrial Biotechnology Products and Processes, Chapter 11. Glutamic acid fermentation: Discovery of glutamic acid-producing microorganisms, analysis of the production mechanism, metabolic engineering and industrial production process2017

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hirasawa and Hiroshi Shimizu
    • 総ページ数
      22
    • 出版者
      Wiley-VCH
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 清水浩研究室

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/hp/index.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書 2016 実績報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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