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イオン駆動力供給体の電子線とX線による作動機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16H04757
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

米倉 功治  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, グループディレクター (50346144)

研究協力者 眞木 さおり  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2018年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2017年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2016年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワードクライオ電子顕微鏡 / X線結晶構造解析 / 単粒子解析 / 電子線三次元結晶構造解析 / イオンチャネル / プロトン駆動力 / 構造多型 / ダイナミクス / 電荷可視化 / 結晶解析 / イオン駆動力
研究成果の概要

高等動物から原核生物に至るまで、生体膜内外のプロトン濃度勾配(プロトン駆動力)は、生命活動を担う重要なエネルギー源になる。本研究では、プロトン駆動力を鉄や栄養素の輸送に供給し、これまで構造情報の不足していた膜蛋白質複合体ExbBDの構造解析を行った。X線結晶構造解析からExbBの構造を2.8Å分解能で決定し、さらに単粒子解析からExbB/ExbD複合体の構造を明らかにした。その結果、pHの変化に伴いサブユニットの数が変化し、これがチャネル活性に大きな影響を及ぼすことを明らかになった。これは膜タンパク質がダイナミックに構造を変化させることで活性化する新しい作動機構と考えられる。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で、生命の根源的なエネルギーであるプロトン駆動力を利用するExbBDの構造をX線結晶構造解析と単粒子クライオ電子顕微鏡法により決定した。また、これまで知られていなかった膜蛋白質のダイナミックな形態変化という新しい現象の一端が明らかになった。同様の機構は、他の膜蛋白質でも機能の制御などに利用されている可能性も考えられる。このような研究を通じて、実際に薬剤が機能していく段階や過程を可視化することで、新しい創薬技術の創出へと発展することも期待できる。今後、導入した新型クライオ電子顕微鏡を用いて、より高い分解能での単粒子解析と高精度な電子線三次元結晶構造解析を進め、研究を加速したい。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 8件、 招待講演 22件) 図書 (1件) 備考 (3件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] UCSF(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] UCSF(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] A new cryo-EM system for single particle analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Hamaguchi Tasuku、Maki-Yonekura Saori、Naitow Hisashi、Matsuura Yoshinori、Ishikawa Tetsuya、Yonekura Koji
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: in press 号: 1 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2019.04.011

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new cryo-EM system for electron 3D crystallography by eEFD2019

    • 著者名/発表者名
      Yonekura Koji、Ishikawa Tetsuya、Maki-Yonekura Saori
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 206 号: 2 ページ: 243-253

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2019.03.009

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ionic scattering factors of atoms that compose biological molecules2018

    • 著者名/発表者名
      Yonekura Koji、Matsuoka Rei、Yamashita Yoshiki、Yamane Tsutomu、Ikeguchi Mitsunori、Kidera Akinori、Maki-Yonekura Saori
    • 雑誌名

      IUCrJ

      巻: 5 号: 3 ページ: 348-353

    • DOI

      10.1107/s2052252518005237

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Hexameric and pentameric complexes of the ExbBD energizer in the Ton system2018

    • 著者名/発表者名
      Maki-Yonekura Saori、Matsuoka Rei、Yamashita Yoshiki、Shimizu Hirofumi、Tanaka Maiko、Iwabuki Fumie、Yonekura Koji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 7 ページ: 1-24

    • DOI

      10.7554/elife.35419

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 三次元結晶,単粒子複合解析による膜タンパク質の構造ー荷電・プロトン化状態,構造変化・多型を可視 化する2018

    • 著者名/発表者名
      米倉功治,眞木さおり
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 36 ページ: 1333-1338

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] 三次元結晶,単粒子複合解析による膜タンパク質の構造ー荷電・プロトン化状態,構造変化・多型を可視化する2018

    • 著者名/発表者名
      米倉功治,眞木さおり
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 36 ページ: 1333-1338

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] タンパク質の電子線三次元結晶構造解析と電荷の精密化2017

    • 著者名/発表者名
      米倉功治,眞木さおり
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌

      巻: 59 ページ: 88-95

    • NAID

      130006767778

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] “Refinement of cryo-EM structures using scattering factors of charged atoms2016

    • 著者名/発表者名
      K. Yonekura, S. Maki-Yonekura
    • 雑誌名

      J. Appl. Cryst.

      巻: 49 号: 5 ページ: 1517-1523

    • DOI

      10.1107/s1600576716011274

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Taste substance binding elicits conformational change of taste receptor T1r heterodimer extracellular domains2016

    • 著者名/発表者名
      E. Nango, S. Akiyama, S. Maki-Yonekura, Y. Ashikawa, Y. Kusakabe, E. Krayukhina, T. Maruno, S. Uchiyama, N. Nuemket, K. Yonekura, M. Shimizu, N. Atsumi, N. Yasui, T. Hikima, M. Yamamoto, Y. Kobayashi, A. Yamashita
    • 雑誌名

      Sci. Rep

      巻: 6 号: 1 ページ: 25745-25745

    • DOI

      10.1038/srep25745

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] A new cryo-EM system for higher-resolution single particle analysis and electron 3D crystallography2019

    • 著者名/発表者名
      Koji Yonekura
    • 学会等名
      RSC Cryo-Electron Microscopy Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 300kV CFEG cryo-EMによる電子線三次元結晶構造解析と高分解能単粒子解析2019

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      東京大学 第1257回生物科学セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオEM, EDによる構造生物学2019

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      RSCミニシンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオEMと放射光による構造生物研究2019

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      第32回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] プロトン駆動力供給チャネルのクライオEM解析 -- 構造多型、荷電状態の解析2018

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      平成30年度膜タンパク質研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡と放射光による構造生物研究2018

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      第8回JASRIワークショップ「高分解能イメージング技術」
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Electron 3D crystallography and single particle cryo-EM of membrane proteins --- Analysis of charge and Damage2018

    • 著者名/発表者名
      Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura
    • 学会等名
      The 10th international workshop on X-ray damage to biological samples
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] プロトン駆動力変換チャネルExbBDの作動機構の解明 --- クライオEMと放射光の相補的利用2018

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      第9回SPRUC放射光構造生物学研究会&第18回日本蛋白質科学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryo-EM and crystallography of an energizer membrane protein ExbBD in the Ton system --- Visualization of multi-conformational states and charges2018

    • 著者名/発表者名
      Koji Yonekura
    • 学会等名
      Takada Lab Seminar, Kyoto University
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡と電荷の可視化2018

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      分野横断ワークショップ
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Visualization and structures of membrane proteins by cryo-electron microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      濵口祐、眞木さおり、米倉功治
    • 学会等名
      第9回OCARINA国際シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] プロトン駆動力利用機構のクライオEMと結晶構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      第91回日本細菌学会総会 「WS13 機能の直接可視化によって解き明かすバクテリア膜タンパク質デバイスの動作原理」
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure determination of membrane proteins by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography2017

    • 著者名/発表者名
      K. Yonekura
    • 学会等名
      University of Strasbourg-RIKEN Workshop on Membrane Lipidology
    • 発表場所
      Strasbourg, France
    • 年月日
      2017-03-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Single Particle Analysis of Membrane Protein by Cryo-electron Microscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamashita, S. Maki-Yonekura, R. Matsuoka, K. Yonekura
    • 学会等名
      University of Strasbourg-RIKEN Workshop on Membrane Lipidology
    • 発表場所
      Strasbourg, France
    • 年月日
      2017-03-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Protein Expression, Purification, Crystalization and Electron Microscopy Analysis of a Protein Channel2017

    • 著者名/発表者名
      R. Matsuoka, K. Yonekura
    • 学会等名
      University of Strasbourg-RIKEN Workshop on Membrane Lipidology
    • 発表場所
      Strasbourg, France
    • 年月日
      2017-03-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Single-particle cryo-EM and crystallography of a channel protein2017

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      Pioneering Project "Dynamic Structural Biology" 第1回研究報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡のIntegrated lipidologyへの展開2017

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      第3回 Integrated Liqidology 領域会議
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Electron 3D crystallography of protein crystals for visualization of charges2017

    • 著者名/発表者名
      Koji Yonekura
    • 学会等名
      IUCr
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Electron 3D crystallography and single particle cryo-EM of membrane proteins for visualization of charges2017

    • 著者名/発表者名
      Koji Yonekura
    • 学会等名
      IBS seminar
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Electron 3D crystallography and single particle cryo-EM of membrane proteins for visualization of charges2017

    • 著者名/発表者名
      Koji Yonekura
    • 学会等名
      the PSI / CCP4 Workshop , "3D Electron Crystallography for Macromolecular Compounds"
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 膜蛋白質の単粒子クライオ電子顕微鏡解析と電子線三次元結晶構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      TIA「かけはし」セミナー 第3回クライオTEMセミナー
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 膜蛋白質の結晶構造解析および単粒子解析2017

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      東北大学工学研究科応用物理学専攻数理物理学研究室セミナー
    • 発表場所
      東北大学 (仙台)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Refinement of Cryo-EM Structures Using Scattering Factors of Charged Atoms2016

    • 著者名/発表者名
      Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Rei Matsuoka, Yoshiki Yamashita, Fumie Iwabuki and Maiko Tanaka
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場 (つくば市)
    • 年月日
      2016-11-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Oligomeric structure of the ExbB-ExbD complex revealed by X-ray crystallography and cryo-EM2016

    • 著者名/発表者名
      Saori Maki-Yonekura, Yoshiki Yamashita, Rei Matsuoka, Maiko Tanaka, Fumie Iwabuki and Koji Yonekura
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場 (つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Cryo EM infrastructure at SR facility2016

    • 著者名/発表者名
      K. Yonekura
    • 学会等名
      Three-Way Meeting 2016
    • 発表場所
      Hamburg, Germany
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 低温電子顕微鏡法による三次元結晶と単粒子構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      第58回構造生物応用研究会
    • 発表場所
      東京大学 (東京)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 膜蛋白質の電子線三次元結晶構造解析と単粒子解析2016

    • 著者名/発表者名
      米倉功治、眞木さおり、山下良樹
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場 (福岡)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 膜蛋白質の電子線単粒子及び結晶構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      米倉功治
    • 学会等名
      理研シンポジウム「クライオ電子顕微鏡が拓く未来-構造生物学研究のパラダイムシフト-」
    • 発表場所
      横浜理研 (横浜)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryo-EM single particle analysis and crystallography for pioneering structural biology2016

    • 著者名/発表者名
      K. Yonekura
    • 学会等名
      Symposium for exploring prospective research Pioneering New Fields: Forefront of RIKEN’s Science and Beyond
    • 発表場所
      理研 (埼玉県 和光市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] SPring-8/SACLA Research Frontiers 20152016

    • 著者名/発表者名
      Y. Takayama, K. Yonekura
    • 総ページ数
      150
    • 出版者
      JASRI
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 膜タンパク質のダイナミックな構造変化を解明

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180417_2/

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 生体分子を構成する原子のイオンの散乱因子の決定

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180427_1/

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
  • [備考] 膜タンパク質のダイナミックな構造変化を解明 -クライオ電子顕微鏡、放射光での新しい生命現象の可視化-

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180417_2/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [産業財産権] 結晶構造解析システム及び結晶構造解析方法2018

    • 発明者名
      Y. Nishiyama, K. Yonekura
    • 権利者名
      Y. Nishiyama, K. Yonekura
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-05-20  

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