機能エレメントと深層学習に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能分類

• 研究課題/領域番号: 16H05879
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 早稲田大学
• 研究代表者: 浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2020-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2021年度)
• 配分額: 23,400千円 (直接経費: 18,000千円、間接経費: 5,400千円); 2019年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円); 2018年度: 7,020千円 (直接経費: 5,400千円、間接経費: 1,620千円); 2017年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2016年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
• キーワード: lncRNA / ノンコーディングRNA / RNA修飾 / RNA構造 / リピート要素 / 深層学習 / 長鎖ノンコーディングRNA / 機能エレメント / RNA結合タンパク質 / RNA相互作用 / バイオインフォマティクス / トランスポゾン / 機能推定 / lncRNA-RNA相互作用 / リボソーム / 機械学習 / m6A / 大規模実験情報 / 進化

研究成果の概要

タンパク質に翻訳されずにRNA自体が機能を有する長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）の機能を明らかにするために，RNAの配列・構造・修飾・生体高分子との相互作用などの「機能エレメント」に着目し情報学的な観点から多くの研究を行った．例えば，ジャンクだと考えられていたリピート配列がlncRNAの組織特異的な発現に寄与していたり，タンパク質やDNAとの相互作用に寄与していることを明らかにすることによりlncRNAの機能の解明を試みた．これらを通してlncRNAの機能の分類に寄与する情報基盤技術を確立し，広く公開を行った．

研究成果の学術的意義や社会的意義

現在機能のわかっていないlncRNAの中には，がんや神経変性疾患などの重篤な疾患と関連するものが存在すると考えられている．今回開発した技術や解析結果により，今後lncRNAと疾患との関連性が明らかになった暁には，RNAをターゲットにした医学・薬学研究などに発展する可能性が高い．

研究成果

• [雑誌論文] Prediction of RNA-protein interactions using a nucleotide language model (2022)
  • 著者名/発表者名: Yamada Keisuke、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Bioinformatics Advances 巻: 2 号: 1
  • DOI: 10.1093/bioadv/vbac023
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] G0S2 regulates innate immunity in Kawasaki disease via lncRNA HSD11B1-AS1 (2022)
  • 著者名/発表者名: Okabe Mako、Takarada Shinya、Miyao Nariaki、Nakaoka Hideyuki、Ibuki Keijiro、Ozawa Sayaka、Watanabe Kazuhiro、Tsuji Harue、Hashimoto Ikuo、Hatasaki Kiyoshi、Hayakawa Shotaro、Hamaguchi Yu、Hamada Michiaki、Ichida Fukiko、Hirono Keiichi
  • 雑誌名: Pediatric Research 巻: 15 号: 2 ページ: 378-387
  • DOI: 10.1038/s41390-022-01999-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] HT-SELEX-based identification of binding pre-miRNA hairpin-motif for small molecules (2022)
  • 著者名/発表者名: Mukherjee Sanjukta、Murata Asako、Ishida Ryoga、Sugai Ayako、Dohno Chikara、Hamada Michiaki、Krishna Sudhir、Nakatani Kazuhiko
  • 雑誌名: Molecular Therapy - Nucleic Acids 巻: 27 ページ: 165-174
  • DOI: 10.1016/j.omtn.2021.11.021
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Possible roles for the hominoid-specific DSCR4 gene in human cells (2021)
  • 著者名/発表者名: Saber Morteza M.、Karimiavargani Marziyeh、Uzawa Takanori、Hettiarachchi Nilmini、Hamada Michiaki、Ito Yoshihiro、Saitou Naruya
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 96 号: 1 ページ: 1-11
  • DOI: 10.1266/ggs.20-00012
  • NAID: 130008035886
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 年月日: 2021-02-01
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-resBind: a residual network-based multi-label classifier for in vivo RNA binding prediction and preference visualization (2021)
  • 著者名/発表者名: Zhao Shitao、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 22 号: 1 ページ: 554-554
  • DOI: 10.1186/s12859-021-04430-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Impact of human gene annotations on RNA-seq differential expression analysis (2021)
  • 著者名/発表者名: Hamaguchi Yu、Zeng Chao、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 22 号: 1 ページ: 730-730
  • DOI: 10.1186/s12864-021-08038-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Clone decomposition based on mutation signatures provides novel insights into mutational processes (2021)
  • 著者名/発表者名: Matsutani Taro、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: NAR Genomics and Bioinformatics 巻: 3 号: 4
  • DOI: 10.1093/nargab/lqab093
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Binding patterns of RNA-binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements (2021)
  • 著者名/発表者名: Onoguchi Masahiro、Zeng Chao、Matsumaru Ayako、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: NAR Genomics and Bioinformatics 巻: 3 号: 3
  • DOI: 10.1093/nargab/lqab055
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model (2021)
  • 著者名/発表者名: Hosoda Shion、Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 37 号: Supplement_1 ページ: i16-i24
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btab287
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Long Non-Coding RNA CRNDE Is Involved in Resistance to EGFR Tyrosine Kinase Inhibitor in EGFR-Mutant Lung Cancer via eIF4A3/MUC1/EGFR Signaling (2021)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Satoshi、Noro Rintaro、Seike Masahiro、Zeng Chao、Matsumoto Masaru、Yoshikawa Akiko、Nakamichi Shinji、Sugano Teppei、Hirao Mariko、Matsuda Kuniko、Hamada Michiaki、Gemma Akihiko
  • 雑誌名: International Journal of Molecular Sciences 巻: 22 号: 8 ページ: 4005-4005
  • DOI: 10.3390/ijms22084005
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Jonckheere-Terpstra-Kendall-based non-parametric analysis of temporal differential gene expression (2021)
  • 著者名/発表者名: Iuchi Hitoshi、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: NAR Genomics and Bioinformatics 巻: 3 号: 1
  • DOI: 10.1093/nargab/lqab021
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of m6A-Associated RNA Binding Proteins Using an Integrative Computational Framework (2021)
  • 著者名/発表者名: Zhang Yiqian、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Frontiers in Genetics 巻: 12 ページ: 625797-625797
  • DOI: 10.3389/fgene.2021.625797
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Association analysis of repetitive elements and R-loop formation across species (2021)
  • 著者名/発表者名: Zeng Chao、Onoguchi Masahiro、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Mobile DNA 巻: 12 号: 1 ページ: 3-3
  • DOI: 10.1186/s13100-021-00231-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Detection and Characterization of Ribosome-Associated Long Noncoding RNAs (2020)
  • 著者名/発表者名: Zeng Chao、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 巻: 2254 ページ: 179-194
  • DOI: 10.1007/978-1-0716-1158-6_11
  • ISBN: 9781071611579, 9781071611586
  • 査読あり
• [雑誌論文] Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitnib sensitivity to better suppress the RCC progression (2020)
  • 著者名/発表者名: Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, Xiaoping Zhang and Chawnshang Chang.
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 39 号: 3 ページ: 530-545
  • DOI: 10.1038/s41388-019-0962-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of RNA biomarkers for chemical safety screening in neural cells derived from mouse embryonic stem cells using RNA deep sequencing analysis. (2019)
  • 著者名/発表者名: ani H, Matsutani T, Aoki H, Nakamura K, Hamaguchi Y, Nakazato T, Hamada M.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun. 巻: 512 号: 4 ページ: 641-646
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.11.141
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data (2019)
  • 著者名/発表者名: Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada
  • 雑誌名: Front. Genet. 巻: - ページ: 462-462
  • DOI: 10.3389/fgene.2019.00462
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Stromal fibroblasts induce metastatic tumor cell clusters via epithelial-mesenchymal plasticity. (2019)
  • 著者名/発表者名: Matsumura Y, Ito Y, Mezawa Y, Sulidan K, Daigo Y, Hiraga T, Mogushi K, Wali N, Suzuki H, Itoh T, Miyagi Y, Yokose T, Shimizu S, Takano A, Terao Y, Saeki H, Ozawa M, Abe M, Takeda S, Okumura K, Habu S, Hino O, Takeda K, Hamada M, Orimo A.
  • 雑誌名: Life Sci Alliance 巻: 2(4):e201900425. 号: 4 ページ: 1-24
  • DOI: 10.26508/lsa.201900425
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Discovering novel mutation signatures by latent Dirichlet allocation with variational Bayes inference (2019)
  • 著者名/発表者名: Matsutani Taro、Ueno Yuki、Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 35 号: 22 ページ: 4543-4552
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btz266
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational approaches for alternative and transient secondary structures of ribonucleic acids (2019)
  • 著者名/発表者名: Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Briefings in Functional Genomics 巻: - 号: 3 ページ: 182-191
  • DOI: 10.1093/bfgp/ely042
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA (2018)
  • 著者名/発表者名: Zeng Chao、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 19 号: S10 ページ: 906-906
  • DOI: 10.1186/s12864-018-5275-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] DeepM6ASeq: prediction and characterization of m6A-containing sequences using deep learning (2018)
  • 著者名/発表者名: Zhang Yiqian、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 19 号: S19 ページ: 524-524
  • DOI: 10.1186/s12859-018-2516-4
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data (2018)
  • 著者名/発表者名: Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, and Michiaki Hamada
  • 雑誌名: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 巻: - 号: 5 ページ: 1645-1655
  • DOI: 10.1109/tcbb.2018.2813388
  • 説明: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs (2018)
  • 著者名/発表者名: Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology 巻: 25 号: 9 ページ: 976-986
  • DOI: 10.1089/cmb.2017.0260
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Transposable Elements Contributing to Tissue-Specific Expression of Long Non-Coding RNAs (2018)
  • 著者名/発表者名: Chishima Takafumi、Iwakiri Junichi、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Genes 巻: 9 号: 1 ページ: 23-23
  • DOI: 10.3390/genes9010023
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Beyond similarity assessment: selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm (2017)
  • 著者名/発表者名: Takeda Taikai、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 34 号: 4 ページ: 576-584
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btx643
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue specificity in human transcriptome (2017)
  • 著者名/発表者名: Iwakiri Junichi、Terai Goro、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Biology Direct 巻: 12 号: 1 ページ: 15-15
  • DOI: 10.1186/s13062-017-0183-4
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach. (2017)
  • 著者名/発表者名: Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 印刷中 号: 17 ページ: 2666-2674
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btx287
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] De novo repeat detection using inexact seed (2022)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Takeda(早大/CBBD-OIL)， Yuta Imazu(東大)， Daisuke Nonaka(東大)， Tsukasa Fukunaga(早大)， Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: Tokyo Bioinformatics Meeting 第5回研究会
• [学会発表] The function of transposons as cell-type specific gene regulatory regions in the adult mouse brain (2022)
  • 著者名/発表者名: Kotaro Sekine(早大)， Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL)， Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: Tokyo Bioinformatics Meeting 第5回研究会
• [学会発表] A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure (2022)
  • 著者名/発表者名: Kento Kubo(早大)， Tsukasa Fukunaga(早大)， Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: Tokyo Bioinformatics Meeting 第5回研究会
• [学会発表] Estimation of Stability of State transition of Human gut microbiota using Hidden Markov Model (2022)
  • 著者名/発表者名: YOKOYAMA Gentaro(早大)， HOSODA Shion(早大/CBBD-OIL)， FUKUNAGA Tsukasa(早大)， HAMADA Michiaki(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: Tokyo Bioinformatics Meeting 第5回研究会
• [学会発表] 二次構造情報を考慮したアプタマー生成モデル (2022)
  • 著者名/発表者名: Akiya MICHISHITA(早大)， Shunsuke SUMI(早大/京大) Natsuki IWANO(早大)， Michiaki HAMADA(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: Tokyo Bioinformatics Meeting 第5回研究会
• [学会発表] Classification of antibiotic resistance mechanisms considering the interaction of distal sequences (2022)
  • 著者名/発表者名: Kanami Yagimoto(早大)，Shion HOSODA(早大/CBBD-OIL)，Michiaki HAMADA(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: Tokyo Bioinformatics Meeting 第5回研究会
• [学会発表] The analysis of mutational signatures for understanding carcinogenesis considering temporal heterogeneity (2022)
  • 著者名/発表者名: Shiina NAITO(早大)， Taro Matsutani(早大/CBBD-OIL)， Michiaki HAMADA(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: Tokyo Bioinformatics Meeting 第5回研究会
• [学会発表] ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大里直樹(早大)、浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第67回バイオ情報学研究会
• [学会発表] 深層学習の予測結果に寄与する因子の大規模な解析に伴うノイズの影響の低減 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大里直樹(早大)、浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第24回情報論的学習理論ワークショップ
• [学会発表] 深層学習を用いた、ヒトのエンハンサー・遺伝子相互作用に影響する転写因子の解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大里直樹(早大)、浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」 キックオフシンポジウム「バイオDXの最前線」
• [学会発表] ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大里直樹(早大)、浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第68回バイオ情報学研究会
• [学会発表] ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大里直樹(早大)、浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] RNA情報学の最前線 (2022)
  • 著者名/発表者名: 浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 生命情報科学勉強会
  • 招待講演
• [学会発表] AIアプタマー創薬プロジェクト (2022)
  • 著者名/発表者名: 浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 日本医科大学・早稲田大学合同シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] ゲノム社会とバイオインフォマティクス (2022)
  • 著者名/発表者名: 浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
  • 招待講演
• [学会発表] AIアプタマー創薬「アプタマー研究の最前線」 (2022)
  • 著者名/発表者名: 浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 分子生物学会ワークショップ1PWS1-09
  • 招待講演
• [学会発表] レファレンスフリーな発現変動解析ツールの比較 (2022)
  • 著者名/発表者名: 吉次なぎ(TIRI/早大)、浜口 悠(早大)、曽超(早大/CBBD-OIL)、浜田道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: RNAフロンティアミーティング
• [学会発表] Searching for Repeat-derived Functional Elements in RNAs (2021)
  • 著者名/発表者名: Chao Zeng(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第22回日本RNA学会年会
• [学会発表] Prediction of RNA-Protein Interactions Using a Nucleotide Language Model (2021)
  • 著者名/発表者名: Keisuke Yamada(早大), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第22回日本RNA学会年会
• [学会発表] Relationship between abnormal retrotransposition and development of schizophrenia in neurons (2021)
  • 著者名/発表者名: Miyako Ishihara(早大), Kotaro Sekine(早大), Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第44回日本神経科学大会・CJK第1回国際会議
• [学会発表] The function of transposons as regulatory DNA elements in excitatory neurons (2021)
  • 著者名/発表者名: Kotaro Sekine(早大), Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第44回日本神経科学大会・CJK第1回国際会議
• [学会発表] ヒト遺伝子アノテーションがRNA-seq解析に与える影響の評価 (2021)
  • 著者名/発表者名: Yu Hamaguchi(早大), Chao Zeng(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] E.coli K-12 MG1655株の機能未知遺伝子群y-omeの特徴解析及びその機能予測可能性の検証 (2021)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Iuchi(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL), Tsukasa Fukunaga(早大)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] リピート配列由来の機能エレメントの探索 (2021)
  • 著者名/発表者名: 曽 超(早大/CBBD-OIL)、浜田 道昭i(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の発見 (2021)
  • 著者名/発表者名: 大里 直樹(早大)、浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure with E-value calculation (2021)
  • 著者名/発表者名: Kento Kubo(早大), Tsukasa Fukunaga(早大), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] LDAを使用した微生物-代謝物相互作用の推定, (2021)
  • 著者名/発表者名: Risa Maemura(早大), Shion Hosoda(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 塩基対確率に基づくRNA二次構造検索ツールの開発 (2021)
  • 著者名/発表者名: Chisato Yuki(早大), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 転写因子結合部位として働く反復配列の発見とその機能の解明 (2021)
  • 著者名/発表者名: Ryo Niwa(早大), Chao Zeng(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 細菌叢データにおける系統樹に基づいた回帰のためのベイジアンモデルの提案 (2021)
  • 著者名/発表者名: Shion Hosoda(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化 (2021)
  • 著者名/発表者名: Kaisei Hara(早大), Natsuki Iwano(早大), Tsukasa Fukunaga(早大/東大), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] IS-divergenceを用いた非負値行列因子分解による変異シグネチャ抽出ツールの改善 (2021)
  • 著者名/発表者名: Risa Akita(早大), Taro Matsutani(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] ニューロンにおける転移因子の転移異常と統合失調症発症の関係 (2021)
  • 著者名/発表者名: Miyako Ishihara(早大), Kotaro Sekine(早大), Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 液-液相分離の現象に着目したエンハンサーRNAの機能解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: Arisa Nozaki(早大), Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 脳における細胞種特異的なDNA結合モチーフとしての転移因子の機能 (2021)
  • 著者名/発表者名: Kotaro Sekine(早大), Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 変異クラスに依存しない階層ベイズモデルに基づくがんゲノムのIndelシグネチャー決定 (2021)
  • 著者名/発表者名: Taro Matsutani(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定 (2021)
  • 著者名/発表者名: 横山 源太朗(早大)、細田 至温(早大/CBBD-OIL)、福永 津嵩(早大/東大)、浜田 道昭(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] A variational autoencoder with profile hidden Markov model for generative aptamer discovery (2021)
  • 著者名/発表者名: Natsuki Iwano(早大), Tatsuo Adachi, Kazuteru Aoki, Yoshikazu Nakamura and Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] 変異アレル頻度を考慮したヒトがんゲノムの変異シグネチャー解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: Taro Matsutani(早大/CBBD-OIL), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] De Novo Repeat Detection using Inexact Seed (2021)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Takeda(早大), Daisuke Nonaka(東大), Yuta Imazu(東大), Tsukasa Fukunaga(早大), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] Binding Patterns of RNA Binding Proteins To Repeat-Derived RNA Sequences Reveal Putative Functional RNA Elements (2021)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL; 筆頭),Chao Zeng(早大/CBBD-OIL), Ayako Matsumaru, Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL; C.A.)
  • 学会等名: 第22回日本RNA学会年会
• [学会発表] Binding patterns of RNA binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements (2021)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Onoguchi(早大/CBBD-OIL; 筆頭),Chao Zeng(早大/CBBD-OIL), Ayako Matsumaru, Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL; C.A.)
  • 学会等名: Keystone Symposia: Non-Coding RNAs: Biology and Applications
• [学会発表] Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model (2021)
  • 著者名/発表者名: Shion Hosoda(早大/CBBD-OIL; 筆頭), Tsukasa Fukunaga(早大/東大), Michiaki Hamada(早大/CBBD-OIL; C.A.)
  • 学会等名: 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
• [学会発表] Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs (2018)
  • 著者名/発表者名: Takafumi Chishima and Michiaki Hamada
  • 学会等名: The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018)
  • 国際学会
• [学会発表] 長鎖ノンコーディングRNA の機能の解明に向けたバイオインフォマティクス技術 (2017)
  • 著者名/発表者名: 浜田道昭
  • 学会等名: EWE 三月会 11 月例会
  • 招待講演
• [学会発表] 生命情報科学と私 (2017)
  • 著者名/発表者名: 浜田道昭
  • 学会等名: 第9回生命情報科学若手の会
  • 招待講演
• [学会発表] Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs (2017)
  • 著者名/発表者名: Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada
  • 学会等名: 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)
• [図書] よくわかるバイオインフォマティクス入門 (2018)
  • 著者名/発表者名: 藤 博幸、岩部 直之、川端 猛、浜田 道昭、門田 幸二、須山 幹太、光山 統泰、黒川 顕、森 宙史、東 光一、吉沢 明康、片山 俊明
  • 総ページ数: 208
  • 出版者: 講談社
  • ISBN: 4065138213