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DNA演算技術による癌腫瘍マーカーmiRNAの自律的検出と治療

研究課題

研究課題/領域番号 16H06043
研究種目

若手研究(A)

配分区分補助金
研究分野 分析化学
研究機関東京農工大学

研究代表者

川野 竜司  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (90401702)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
25,220千円 (直接経費: 19,400千円、間接経費: 5,820千円)
2018年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2017年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2016年度: 7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円)
キーワードナノポア / DNAコンピューティング / microRNA / リキッドバイオプシー / マイクロデバイス / 分析化学 / 生体生命情報学 / バイオテクノロジー / マイクロ・ナノデバイス / 脂質二分子膜 / 癌診断 / 分析科学 / 一分子計測 / ロジックゲート
研究成果の概要

本研究では癌腫瘍由来miRNAをDNA演算技術により認識、ナノポア計測によりその結果を自律検出することを目的とする。本研究は当初4年計画であったが、想定よりも研究が進展し4年目からは基盤研究に移行した。3年間の研究で得られた主な成果について記す。マイクロデバイス中に形成した微小液滴を利用したナノポア計測により、DNA演算で得られた超低濃度出力分子を迅速にデコードすることに成功した。小細胞肺癌由来の2種のmiRNAをANDゲートと見立て迅速検出した。胆管癌由来5種のmiRNAを癌患者の体液サンプルから迅速検出に成功した。これらの成果をAnal.Chem.誌を含む複数の雑誌に発表した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では二つの学術的意義と一つの社会的意義があると考えている。学術的意義の一つ目は、これまで主に情報学や数学的観点から研究が進められてきたDNA演算技術を腫瘍細胞由来のmiRNA検出に応用した点である。miRNAは複数種類のRNAが発現上昇低下するといった複雑なパターンで変動する。この変動をDNA演算技術により迅速検出を可能とした。二つ目の学術的意義は、このDNA演算で出力される核酸分子を非標識かつ電気的に検出可能としたことである。最後に社会的意義としては、実際の癌患者の血液から癌腫瘍由来miRNAの検出に成功したことである。これによりコンセプトの実証に留まらず、社会実装を目指す。

報告書

(4件)
  • 2019 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 2件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 8件、 招待講演 4件) 図書 (3件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Spatially Resolved Chemical Detection with a Nanoneedle-Probe-Supported Biological Nanopore2019

    • 著者名/発表者名
      Shoji Kan、Kawano Ryuji、White Ryan J.
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 13 ページ: 2606-2614

    • DOI

      10.1021/acsnano.8b09667

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA Logic Operation with Nanopore Decoding To Recognize MicroRNA Patterns in Small Cell Lung Cancer2018

    • 著者名/発表者名
      Hiratani Moe、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 90 号: 14 ページ: 8531-8537

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.8b01586

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microfluidic Formation of Double-Stacked Planar Bilayer Lipid Membranes by Controlling the Water-Oil Interface2018

    • 著者名/発表者名
      Shoji Kan、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      Micromachines

      巻: 9 号: 5 ページ: 253-253

    • DOI

      10.3390/mi9050253

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nanopore Decoding of Oligonucleotides in DNA Computing2018

    • 著者名/発表者名
      Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      Biotechnology Journal

      巻: 13 号: 12 ページ: 1800091-1800091

    • DOI

      10.1002/biot.201800091

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Amplification and quantification of an antisense oligonucleotide from target microRNA using programmable DNA and a biological nanopore2017

    • 著者名/発表者名
      M. Hiratani, M. Ohara, R. Kawano
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 89 号: 4 ページ: 2312-2317

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.6b03830

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Analysis of Pore Formation and Protein Translocation Using Large Biological Nanopores.2017

    • 著者名/発表者名
      Watanabe H, Gubbiotti A, Chinappi M, Takai N, Tanaka K, Tsumoto K and Kawano R
    • 雑誌名

      Anal. Chem.

      巻: 89 号: 21 ページ: 11269-11277

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.7b01550

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Nanopore Logic Operation with DNA to RNA Transcription in a Droplet System2017

    • 著者名/発表者名
      M. Ohara, M. Takinoue, R. Kawano
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 印刷中 号: 7 ページ: 1427-1432

    • DOI

      10.1021/acssynbio.7b00101

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] ナノポアを用いたマイクロRNAの迅速診断技術と応用展開2017

    • 著者名/発表者名
      保皓大、平谷萌恵、川野竜司
    • 雑誌名

      PHARMSTAGE

      巻: 17 ページ: 62-65

    • NAID

      40021190737

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Stable Lipid Bilayer Formation using Microfabrication and Its Applications2019

    • 著者名/発表者名
      Ryuji Kawano
    • 学会等名
      Nanopore Research Retreat@Boston
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] SIMPLE FABRICATION OF A SOLID-STATE NANOPORE2018

    • 著者名/発表者名
      Natsumi Takai, Masaki Matsushita, Kan Shoji, Tei Maki and Ryuji Kawano
    • 学会等名
      The 22th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] CONSTRUCTION OF PROGRAMMABLE NANOPORE USING β-SHEET PEPTIDES2018

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Shimizu, Naoki Saigo, Shungo Sakashita, Yoshio Hamada, Kenji Usui, Batsaikhan Mijiddorj, Izuru Kawamura and Ryuji Kawano
    • 学会等名
      The 22th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] MicroRNA Pattern Recognition for Bile Duct Cancer Using Programmable DNA and Biological Nanopore2017

    • 著者名/発表者名
      M. Hiratani and R. Kawano
    • 学会等名
      MicroTAS2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] MicroRNA pattern recognition for cholangiocarcinoma using barcode-like DNA and biological nanopore2017

    • 著者名/発表者名
      M. Hiratani and R. Kawano
    • 学会等名
      2nd Japan-Korea International Symposium on Cyborgnics: Integration between cell and electronics
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 人工細胞膜システムを用いたナノ・マイクロ化学分析2017

    • 著者名/発表者名
      川野竜司
    • 学会等名
      第66回日本分析化学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 人工細胞膜システムの医療診断技術への展開2017

    • 著者名/発表者名
      川野竜司
    • 学会等名
      2017年電気化学秋季大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A Single Molecular Logic Gate: “AND” Operation Using DNA Immobilized in Biological Nanopore2016

    • 著者名/発表者名
      M. Ohara and R. Kawano
    • 学会等名
      MicroTAS2016
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 年月日
      2016-10-09
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Recognition of microRNA Expression Pattern in Serum Using Programmable Droplet System for Cancer Diagnosis2016

    • 著者名/発表者名
      M. Hiratani, M. Ohara and R. Kawano
    • 学会等名
      MicroTAS2016
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 年月日
      2016-10-09
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Nanopore sensing with a stable lipid bilayer in microfabricated devices2016

    • 著者名/発表者名
      R. Kawano
    • 学会等名
      PRiME2016
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2016-10-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 日本生物物理学会誌2018

    • 著者名/発表者名
      川野竜司
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] リキッドバイオプシー―体液中腫瘍マーカーの検出・解析技術―2017

    • 著者名/発表者名
      落谷孝広(分担執筆:保皓大、平谷萌恵、川野竜司)
    • 総ページ数
      288
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • ISBN
      4781312594
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [図書] PharmStage2017

    • 著者名/発表者名
      保皓大、平谷萌恵、川野竜司
    • 出版者
      情報技術協会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 東京農工大学 川野研究室

    • URL

      http://web.tuat.ac.jp/~rjkawano/index.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 東京農工大学 川野研究室ホームページ

    • URL

      http://web.tuat.ac.jp/~rjkawano/index.html

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 東京農工大学 川野研究室

    • URL

      http://web.tuat.ac.jp/~rjkawano/

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2023-01-30  

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