人工遺伝子スイッチを用いた遺伝子発現の制御と機構の解明

• 研究課題/領域番号: 16H06356
• 研究種目: 基盤研究(S)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 杉山 弘 京都大学, 理学研究科, 教授 (50183843)
• 研究分担者: 遠藤 政幸 京都大学, 物質－細胞統合システム拠点, 特定拠点准教授 (70335389)
• 研究期間 (年度): 2016-05-31 – 2021-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2021年度)
• 配分額: 173,810千円 (直接経費: 133,700千円、間接経費: 40,110千円); 2020年度: 28,990千円 (直接経費: 22,300千円、間接経費: 6,690千円); 2019年度: 31,460千円 (直接経費: 24,200千円、間接経費: 7,260千円); 2018年度: 27,300千円 (直接経費: 21,000千円、間接経費: 6,300千円); 2017年度: 24,830千円 (直接経費: 19,100千円、間接経費: 5,730千円); 2016年度: 61,230千円 (直接経費: 47,100千円、間接経費: 14,130千円)
• キーワード: 遺伝子発現制御 / エピジェネティックス / DNAナノ構造体 / AFM 解析 / 遺伝子発現 / ピロールイミダゾールポリアミド / 遺伝子スイッチ / 原子間力顕微鏡 / 一分子解析 / グルーブバインダー / 塩基配列特異的結合

研究成果の概要

本研究は、（１）Py-Imポリアミド(PIP)にエピジェネティックな発現制御機能を付与し、体細胞の初期化やiPS細胞の分化を誘導可能にする機能性PIPの開発、（２）グアニン四重鎖構造(G4)に特異的に結合する機能分子の開発、（３）DNAフレームと高速原子間力顕微鏡(AFM)を使用した遺伝子発現機構の解明とヌクレオソームの動的な一分子解析、等を目指した。それらの研究成果をまとめ論文として報告し、化学的観点から遺伝子発現に関連する分子レベルでのヌクレオソーム全体の動態解析、遺伝子発現機構の解明に関する研究が進捗した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

特定の遺伝子発現を活性化する技術、人工転写因子として応用を目指すアプローチは、挑戦的で魅力ある研究である。体細胞の初期化やiPS細胞からの分化誘導が可能になれば、将来的には現在も治療法がない先天性遺伝疾患に対する治療にも応用が期待できる。また、AFM測定技術を遺伝子発現に関連するヌクレオソーム全体の動態解析、遺伝子発現機構の解明を目指す。分子設計した機能性分子を用いて遺伝子発現を制御し、バイオインフォマティクスを駆使して分子レベルで解析するアプローチは国内外に例はなく、非常に独創的である。様々な病気の原因の解明にもつながる可能性があり、医学生物学への波及効果は計り知れない。

評価記号

検証結果 (区分)

A

研究成果

• [国際共同研究] ケント州立大学(米国)
• [国際共同研究] 西江大学校(韓国)
• [国際共同研究] Kent State University(米国)
• [雑誌論文] Evaluation of the DNA Alkylation Properties of a Chlorambucil‐Conjugated Cyclic Pyrrole‐Imidazole Polyamide (2021)
  • 著者名/発表者名: Hirose Yuki、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry, A European Journal 巻: 27 号: 8 ページ: 2782-2788
  • DOI: 10.1002/chem.202004421
  • 査読あり
• [雑誌論文] X-ray Crystal Structure of a Cyclic-PIP?DNA Complex in the Reverse-Binding Orientation (2020)
  • 著者名/発表者名: Abe Katsuhiko、Hirose Yuki、Eki Haruhiko、Takeda Kazuki、Bando Toshikazu、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 142 号: 23 ページ: 10544-10549
  • DOI: 10.1021/jacs.0c03972
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Alkylation of the RUNX‐Binding Sequence by CBI?PI Polyamide Conjugates** (2020)
  • 著者名/発表者名: Maeda Rina、Ito Shinji、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry, A European Journal 巻: 26 号: 64 ページ: 14639-14644
  • DOI: 10.1002/chem.202002166
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhanced nuclear accumulation of pyrrole imidazole polyamides by incorporation of the tri-arginine vector (2020)
  • 著者名/発表者名: Hidaka Takuya、Tsubono Yutaro、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Pandian Ganesh N.、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemical Communications 巻: 56 号: 82 ページ: 12371-12374
  • DOI: 10.1039/d0cc05158f
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A Near-Infrared Fluorogenic Pyrrole Imidazole Polyamide Probe for Live-Cell Imaging of Telomeres (2020)
  • 著者名/発表者名: Tsubono Yutaro、Kawamoto Yusuke、Hidaka Takuya、Pandian Ganesh N.、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 142 号: 41 ページ: 17356-17363
  • DOI: 10.1021/jacs.0c04955
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] DNA Nanostructures for Targeted Antimicrobial Delivery (2020)
  • 著者名/発表者名: Mela Ioanna、Vallejo‐Ramirez Pedro P.、Makarchuk Stanislaw、Christie Graham、Bailey David、Henderson Robert M.、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Kaminski Clemens F.
  • 雑誌名: Angewandte Chemie International Edition 巻: 59 号: 31 ページ: 12698-12702
  • DOI: 10.1002/anie.202002740
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Duplex DNA Is Weakened in Nanoconfinement (2020)
  • 著者名/発表者名: Jonchhe Sagun、Pandey Shankar、Karna Deepak、Pokhrel Pravin、Cui Yunxi、Mishra Shubham、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Mao Hanbin
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 142 号: 22 ページ: 10042-10049
  • DOI: 10.1021/jacs.0c01978
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A photocaged DNA nanocapsule for delivery and manipulation in cells (2020)
  • 著者名/発表者名: Feng Yihong、Tohgasaki Takeshi、Shitomi Yasuyuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
  • 雑誌名: Methods in Enzymology 巻: 641 ページ: 329-342
  • DOI: 10.1016/bs.mie.2020.04.045
  • ISBN: 9780128211564
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct Observation of Dynamic Interactions between Orientation‐Controlled Nucleosomes in a DNA Origami Frame (2020)
  • 著者名/発表者名: Feng Yihong、Hashiya Fumitaka、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
  • 雑誌名: Chemistry A European Journal 巻: 26 号: 66 ページ: 15282-15289
  • DOI: 10.1002/chem.202003071
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nucleosomes and Epigenetics from a Chemical Perspective (2020)
  • 著者名/発表者名: Feng Yihong、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 22 号: 4 ページ: 595-612
  • DOI: 10.1002/cbic.202000332
  • NAID: 120006958091
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photocontrolled DNA Origami Assembly by Using Two Photoswitches (2020)
  • 著者名/発表者名: Mishra Shubham、Park Soyoung、Emura Tomoko、Kumi Hidaka、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
  • 雑誌名: Chemistry A European Journal 巻: 27 号: 2 ページ: 778-784
  • DOI: 10.1002/chem.202004135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Submolecular dissection reveals strong and specific binding of polyamide?pyridostatin conjugates to human telomere interface (2019)
  • 著者名/発表者名: Mandal Shankar、Kawamoto Yusuke、Yue Zhizhou、Hashiya Kaori、Cui Yunxi、Bando Toshikazu、Pandey Shankar、Hoque Mohammed Enamul、Hossain Mohammad Akter、Sugiyama Hiroshi、Mao Hanbin
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 47 号: 7 ページ: 3295-3305
  • DOI: 10.1093/nar/gkz135
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A Photocaged DNA Nanocapsule for Controlled Unlocking and Opening inside the Cell (2019)
  • 著者名/発表者名: Tohgasaki Takeshi、Shitomi Yasuyuki、Feng Yihong、Honna Saisei、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
  • 雑誌名: Bioconjugate Chemistry 巻: 30 号: 7 ページ: 1860-1863
  • DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.9b00040
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct observation and analysis of the dynamics of the photoresponsive transcription factor GAL4 (2019)
  • 著者名/発表者名: G. Raghavan, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
  • 雑誌名: Angewandte Chemie, International Edition 巻: 58 号: 23 ページ: 7626-7630
  • DOI: 10.1002/anie.201900610
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Orientation preferences of hairpin pyrrole-imidazole polyamides toward mCGG site (2019)
  • 著者名/発表者名: Shinsuke Sato, Sefan Asamitsu, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 印刷中 号: 11 ページ: 2167-2171
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2019.04.006
  • 査読あり
• [雑誌論文] Oligomerization of a modular ribozyme assembly of which is controlled by a programmable RNA?RNA interface between two structural modules (2019)
  • 著者名/発表者名: Tsuruga Ryusei、Uehara Narumi、Suzuki Yuki、Furuta Hiroyuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering 巻: 128 号: 4 ページ: 410-415
  • DOI: 10.1016/j.jbiosc.2019.04.003
  • NAID: 40022037139
  • 査読あり
• [雑誌論文] Translation-dependent unwinding of stem?loops by UPF1 licenses Regnase-1 to degrade inflammatory mRNAs (2019)
  • 著者名/発表者名: Mino Takashi、Iwai Noriki、Endo Masayuki、Inoue Kentaro、Akaki Kotaro、Hia Fabian、Uehata Takuya、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Suzuki Yutaka、Standley Daron M、Okada-Hatakeyama Mariko、Ohno Shigeo、Sugiyama Hiroshi、Yamashita Akio、Takeuchi Osamu
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 47 ページ: 8838-8859
  • DOI: 10.1093/nar/gkz628
  • NAID: 120006708220
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Control of Forward/Reverse Orientation Preference of Cyclic Pyrrole/Imidazole Polyamides (2019)
  • 著者名/発表者名: Hirose Yuki、Asamitsu Sefan、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 141 号: 33 ページ: 13165-13170
  • DOI: 10.1021/jacs.9b05516
  • 査読あり
• [雑誌論文] Switching Off Cancer-Causing Telomerase Using Small Molecules. (2019)
  • 著者名/発表者名: Asamitsu S., Shioda N, Sugiyama H.
  • 雑誌名: Cell Chem Biol. 巻: 26 号: 8 ページ: 1045-1047
  • DOI: 10.1016/j.chembiol.2019.08.001
  • 査読あり
• [雑誌論文] Folding of single-stranded circular DNA into rigid rectangular DNA accelerates its cellular uptake (2019)
  • 著者名/発表者名: Ohtsuki Shozo、Shiba Yukako、Maezawa Tatsuoki、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Takahashi Yuki、Takakura Yoshinobu、Nishikawa Makiya
  • 雑誌名: Nanoscale 巻: 11 号: 48 ページ: 23416-23422
  • DOI: 10.1039/c9nr08695a
  • 査読あり
• [雑誌論文] Advances in DNA Origami?Cell Interfaces (2019)
  • 著者名/発表者名: Mishra Shubham、Feng Yihong、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 21 号: 1-2 ページ: 33-44
  • DOI: 10.1002/cbic.201900481
  • 査読あり
• [雑誌論文] Targeted suppression of metastasis regulatory transcription factor SOX2 in various cancer cell lines using a sequence-specific designer pyrrole-imidazole polyamide (2019)
  • 著者名/発表者名: Madhu Malinee, Alok Kumar, Takuya Hidaka, Masanobu Horie, Kouichi Hasegawa, Ganesh N Pandian, Hiroshi Sugiyama
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 28 号: 3 ページ: 115248-115248
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2019.115248
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Molecular Characteristics of DNA-Alkylating PI Polyamides Targeting RUNX Transcription Factors (2019)
  • 著者名/発表者名: Maeda Rina、Sato Shinsuke、Obata Shunsuke、Ohno Tomo、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 141 号: 10 ページ: 4257-4263
  • DOI: 10.1021/jacs.8b08813
  • 査読あり
• [雑誌論文] Electron injection from mitochondrial transcription factor A to DNA associated with thymine dimer photo repair (2019)
  • 著者名/発表者名: Hashiya Fumitaka、Ito Shinji、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 27 号: 2 ページ: 278-284
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2018.11.044
  • 査読あり
• [雑誌論文] Binding of a Telomestatin Derivative Changes Mechanical Anisotropy of Human Telomeric G-quadruplex (2019)
  • 著者名/発表者名: Jonchhe, S.; Chimire, C.; Cui, Y.; Park, S.; Iida, K.; Nagasawa, K.; Sugiyama, H.; Mao, H.
  • 雑誌名: Angewandte Chemie international edition 巻: 58 号: 3 ページ: 877-877
  • DOI: 10.1002/anie.201811046
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Nanochannel-Confined TAMRA-Polypyrrole Stained DNA Stretching by Varying the Ionic Strength from Micromolar to Millimolar Concentrations (2018)
  • 著者名/発表者名: Lee Seonghyun、Lee Yelin、Kim Yongkyun、Wang Cong、Park Jungyul、Jung Gun、Chen Yenglong、Chang Rakwoo、Ikeda Shuji、Sugiyama Hiroshi、Jo Kyubong
  • 雑誌名: Polymers 巻: 11 号: 1 ページ: 15-15
  • DOI: 10.3390/polym11010015
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct Observation of H3-H4 Octasome by High-Speed AFM (2018)
  • 著者名/発表者名: Zou Tingting、Hashiya Fumitaka、Wei Yulei、Yu Zutao、Pandian Ganesh N.、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry - A European Journal 巻: 24 号: 60 ページ: 15998-16002
  • DOI: 10.1002/chem.201804010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Decreased water activity in nanoconfinement contributes to the folding of G-quadruplex and i-motif structures (2018)
  • 著者名/発表者名: S. Jonchhe, S. Pandey, T. Emura, K. Hidaka, M. A Hossain, P Shrestha, H. Sugiyama, M. Endo, H. Mao
  • 雑誌名: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 巻: 115 号: 38 ページ: 9539-9544
  • DOI: 10.1073/pnas.1805939115
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Orthogonal γPNA Dimerization Domains Empower DNA Binders with Cooperativity and Versatility Mimicking that of Transcription Factor Pairs (2018)
  • 著者名/発表者名: Yu Zutao、Hsieh Wei‐Che、Asamitsu Sefan、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Ly Danith H.、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry ? A European Journal 巻: 24 号: 53 ページ: 14183-14188
  • DOI: 10.1002/chem.201801961
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of integrated gene logic-chip (2018)
  • 著者名/発表者名: Takeya Masubuchi, Masayuki Endo, Ryo Iizuka, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Hao Qi, Ryosuke Iinuma, Yuya Miyazono, Shuichi Shoji, Takashi Funatsu, Hiroshi Sugiyama, Yoshie Harada, Takuya Ueda, Hisashi Tadakuma
  • 雑誌名: Nat. Nanotechnol. 巻: 13 号: 10 ページ: 933-940
  • DOI: 10.1038/s41565-018-0202-3
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] TAMRA-polypyrrole for A/T sequence visualization on DNA molecules (2018)
  • 著者名/発表者名: Lee Seonghyun、Kawamoto Yusuke、Vaijayanthi Thangavel、Park Jihyun、Bae Jaeyoung、Kim-Ha Jeongsil、Sugiyama Hiroshi、Jo Kyubong
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 46 号: 18 ページ: e108-e108
  • DOI: 10.1093/nar/gky531
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biomimetic Artificial Epigenetic Code for Targeted Acetylation of Histones (2018)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi, J.; Feng, Y.; Pandian, G.; Hashiya, F.; Hidaka, T.; Hashiya, K.; Park, S.; Bando, T.; Ito, S.; Sugiyama, H.
  • 雑誌名: Journal of American chemical society 巻: 140 号: 23 ページ: 7108-7108
  • DOI: 10.1021/jacs.8b01518
  • NAID: 120006715542
  • 査読あり
• [雑誌論文] Environment-dependent self-assembly of DNA origami lattices on phase-separated lipid membranes (2018)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Sato, Masayuki Endo, Masamune Morita, Masahiro Takinoue, Hiroshi Sugiyama, Satoshi Murata, Shin-ichiro M. Nomura, Yuki Suzuki
  • 雑誌名: Advanced Materials Interfaces 巻: 5 号: 14 ページ: 1800437-1800437
  • DOI: 10.1002/admi.201800437
  • 査読あり
• [雑誌論文] RUNX1 positively regulates the ErbB2/HER2 signaling pathway through modulating SOS1 expression in gastric cancer cells. (2018)
  • 著者名/発表者名: Mitsuda Y, Morita K, Kashiwazaki G, Taniguchi J, Bando T, Obara M, Hirata M, Kataoka TR, Muto M, Kaneda Y, Nakahata T, Liu PP, Adachi S, Sugiyama H, Kamikubo Y.
  • 雑誌名: Sci. Rep. 巻: 8 号: 1 ページ: 6423-6423
  • DOI: 10.1038/s41598-018-24969-w
  • NAID: 120006510275
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Complexing DNA origami frameworks through sequential self-assembly based on directed docking (2018)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki, H. Sugiyama, M. Endo
  • 雑誌名: Angewandte Chemie, International Edition 巻: 57 号: 24 ページ: 7061-7065
  • DOI: 10.1002/anie.201801983
  • 査読あり
• [雑誌論文] Targeting G-quadruplex DNA as cognitive function therapy for ATR-X syndrome (2018)
  • 著者名/発表者名: Shioda Norifumi、Yabuki Yasushi、Yamaguchi Kouya、Onozato Misaki、Li Yue、Kurosawa Kenji、Tanabe Hideyuki、Okamoto Nobuhiko、Era Takumi、Sugiyama Hiroshi、Wada Takahito、Fukunaga Kohji
  • 雑誌名: Nature Medicine 巻: 24 号: 6 ページ: 802-813
  • DOI: 10.1038/s41591-018-0018-6
  • NAID: 120006488578
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Simultaneous Binding of Hybrid Molecules Constructed with Dual DNA-Binding Components to a G-Quadruplex and Its Proximal Duplex (2018)
  • 著者名/発表者名: Asamitsu Sefan、Obata Shunsuke、Phan Anh Tu?n、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry - A European Journal 巻: 24 号: 17 ページ: 4428-4435
  • DOI: 10.1002/chem.201705945
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Confined Space Facilitates G-quadruplex Formation (2017)
  • 著者名/発表者名: P. Shrestha, S. Jonchhe, T. Emura, K. Hidaka, M. Endo, H. Sugiyama, H. Mao
  • 雑誌名: Nature Nanotechnology 巻: 12 号: 6 ページ: 582-588
  • DOI: 10.1038/nnano.2017.29
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Holliday junction resolvases mediate chloroplast nucleoid segregation (2017)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi Y, Misumi O, Odahara M, Ishibashi K, Hirono M, Hidaka K, Endo M, Sugiyama H, Iwasaki H, Kuroiwa T, Shikanai T, Nishimura Y.
  • 雑誌名: Science 巻: 356 号: 6338 ページ: 631-634
  • DOI: 10.1126/science.aan0038
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A Photoregulated DNA-Based Rotary System And Direct Observation of Its Rotational Movement (2017)
  • 著者名/発表者名: Y. Yang, R. Tashiro, Y. Suzuki, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
  • 雑誌名: Chemistry, A European Journal 巻: 23 号: 16 ページ: 3979-3985
  • DOI: 10.1002/chem.201605616
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Single-Molecule Observation of the Photoregulated Conformational Dynamics of DNA Origami Nanoscissors (2017)
  • 著者名/発表者名: Willner Elena M.、Kamada Yuu、Suzuki Yuki、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Dietz Hendrik、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
  • 雑誌名: Angewandte Chemie International Edition 巻: 56 号: 48 ページ: 15324-15328
  • DOI: 10.1002/anie.201708722
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A synthetic DNA-binding inhibitor of SOX2 guides human induced pluripotent stem cells to differentiate into mesoderm (2017)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi Junichi、Pandian Ganesh N.、Hidaka Takuya、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Kim Kyeong Kyu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 45 号: 16 ページ: 9219-9228
  • DOI: 10.1093/nar/gkx693
  • NAID: 120006348322
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Protein-driven RNA nanostructured devices that function in vitro and control mammalian cell fate. (2017)
  • 著者名/発表者名: Tomonori Shibata, Yoshihiko Fujita, Hirohisa Ohno, Yuki Suzuki, Karin Hayashi, Kaoru R. Komatsu, Shunsuke Kawasaki, Kumi Hidaka, Shin Yonehara, Hiroshi Sugiyama, Masayuki Endo and Hirohide Saito
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 8 号: 1 ページ: 540-540
  • DOI: 10.1038/s41467-017-00459-x
  • NAID: 120006346264
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Antiproliferative and apoptotic activities of sequence-specific histone acetyltransferase inhibitors (2017)
  • 著者名/発表者名: Yu Zutao、Taniguchi Junichi、Wei Yulei、Pandian Ganesh N.、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Eur. J. Med. Chem. 巻: 138 ページ: 320-327
  • DOI: 10.1016/j.ejmech.2017.06.037
  • NAID: 120006460106
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Creation of a Synthetic Ligand for Mitochondrial DNA Sequence Recognition and Promoter-Specific Transcription Suppression (2017)
  • 著者名/発表者名: Hidaka Takuya、Pandian Ganesh N.、Taniguchi Junichi、Nobeyama Tomohiro、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 139 号: 25 ページ: 8444-8447
  • DOI: 10.1021/jacs.7b05230
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] DNA Interstrand Crosslinks by H-pin Polyamide (S)-seco-CBI Conjugates (2017)
  • 著者名/発表者名: Guo Chuanxin、Asamitsu Sefan、Kashiwazaki Gengo、Sato Shinsuke、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 18 号: 2 ページ: 166-170
  • DOI: 10.1002/cbic.201600425
  • NAID: 120006460109
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Combination of Visible-light Photoredox and Metal Catalysis for the Mannich-type Reaction of N-Aryl Glycine Esters (2017)
  • 著者名/発表者名: Okamura Izumi、Park Soyoung、Han Ji Hoon、Notsu Shunta、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry Letters 巻: 46 号: 11 ページ: 1597-1600
  • DOI: 10.1246/cl.170706
  • NAID: 130006837430
  • 査読あり
• [雑誌論文] Copper-containing DNA?Silica Mineral Complexes for the Asymmetric Diels?Alder Reaction (2017)
  • 著者名/発表者名: Sakashita Sohei、Park Soyoung、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry Letters 巻: 46 号: 8 ページ: 1165-1168
  • DOI: 10.1246/cl.170411
  • NAID: 130005907022
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Development of a Vivid FRET System Based on a Highly Emissive dG-dC Analogue Pair (2017)
  • 著者名/発表者名: Han Ji Hoon、Yamamoto Seigi、Park Soyoung、Sugiyama Hiroshi
  • 雑誌名: Chemistry - A European Journal 巻: 23 号: 31 ページ: 7607-7613
  • DOI: 10.1002/chem.201701118
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis, Photophysical Properties, and Enzymatic Incorporation of an Emissive Thymidine Analogue (2017)
  • 著者名/発表者名: Izumi Okamura, Soyoung Park,Ryota Hiraga, Seigi Yamamoto,Hiroshi Sugiyama
  • 雑誌名: chemistry Letters 巻: 46 号: 2 ページ: 245-248
  • DOI: 10.1246/cl.161024
  • NAID: 130005317146
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Torsional Constraints of DNA Substrates Impact Cas9 Cleavage (2016)
  • 著者名/発表者名: M. H. Raz, K. Hidaka, S. J. Sturla, H. Sugiyama, M. Endo
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 138 号: 42 ページ: 13842-13845
  • DOI: 10.1021/jacs.6b08915
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Triple Helix Formation in a Topologically Controlled DNA Nanosystem (2016)
  • 著者名/発表者名: Y. Yamagata, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
  • 雑誌名: Chemistry, A European Journal 巻: 22 号: 16 ページ: 5494-5498
  • DOI: 10.1002/chem.201505030
  • NAID: 120006462499
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Mechanical Properties of DNA Origami Nanoassemblies are Determined by Holliday Junction Mechanophores (2016)
  • 著者名/発表者名: P. Shrestha, T. Emura, D. Koirala, K. Hidaka, W. Maximuck, M. Endo, H. Sugiyama, H. Mao
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 44 号: 14 ページ: 6574-6582
  • DOI: 10.1093/nar/gkw610
  • NAID: 120005829396
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Targeting 24 bp within Telomere Repeat Sequences with Tandem Tetramer Pyrrole-Imidazole Polyamide Probes. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kawamoto, Y.,Sasaki, A., Chandrana, A., Hashiya, K., Ide, S., Bando, T., Maeshima, K., Sugiyama, H.
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 138 号: 42 ページ: 14100-14107
  • DOI: 10.1021/jacs.6b09023
  • NAID: 120006462489
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Effect of ATRX and G-quadruplex formation by the VNTR sequence on α-globin gene expression. (2016)
  • 著者名/発表者名: Li Y, Syed J, Suzuki Y, Asamitsu S, Shioda N, Wada T, Sugiyama H.
  • 雑誌名: Chembiochem. 巻: in press 号: 10 ページ: 928-935
  • DOI: 10.1002/cbic.201500655
  • NAID: 120006460113
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNA-DNA Triplex Formation by Long Noncoding RNAs (2016)
  • 著者名/発表者名: Li, Y.; Syed, J.; Sugiyama, H.
  • 雑誌名: Cell. Chem. Biol. 巻: 17 号: 14 ページ: 1325-1333
  • DOI: 10.1002/cbic.201600198
  • NAID: 120006460082
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide assessment of the binding effects of artificial transcriptional activators by utilizing the power of high-throughput sequencing (2016)
  • 著者名/発表者名: Chandran, A.; Syed, J.; Li, Y.; Sato, S.; Bando, T.; Sugiyama, H.,
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 17 号: 20 ページ: 1905-1910
  • DOI: 10.1002/cbic.201600274
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of DNA-binding selectivity of hairpin and cyclic pyrrole-imidazole polyamides based on next generation sequencing (2016)
  • 著者名/発表者名: Kashiwazaki, G.; Chandran, A.; Asamitsu, S.; Kawase, T.; Kawamoto, Y.; Sawatani, Y.; Hashiya, K.; Bando, T.; Sugiyama, H.
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 17 号: 18 ページ: 1752-1758
  • DOI: 10.1002/cbic.201600282
  • NAID: 120006460111
  • 査読あり
• [雑誌論文] Telomere Visualization in Tissue Sections Using Pyrrole-Imidazole Polyamide Probes. (2016)
  • 著者名/発表者名: Sasaki, A., Ide, S., Kawamoto, Y., Bando, T., Murata, Y., Shimura, M., Yamada, K., Hirata, A., Nokihara, K., Hirata, T., Sugiyama, H., Maeshima, K.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 6 号: 1 ページ: 29261-29261
  • DOI: 10.1038/srep29261
  • NAID: 120005774690
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Deciphering the Genomic Targets of Alkylating Polyamide Conjugates Using High-throughput Sequencing (2016)
  • 著者名/発表者名: Chandran, A.; Syed, J.; Taylor, R. D.; Kashiwazaki, G.; Sato, S.; Hashiya, K.; Bando, T.; Sugiyama, H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 44 号: 9 ページ: 4014-4024
  • DOI: 10.1093/nar/gkw283
  • NAID: 120005829399
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Sequence-specific DNA binding by long hairpin pyrrole-imidazole polyamides containing an 8-amino-3,6-dioxaoctanoic acid unit (2016)
  • 著者名/発表者名: Sawatani, Y.; Kashiwazaki, G.; Chandran, A.; Asamitsu, S.; Guo, C.; Sato, S.; Hashiya, K.; Bando, T.; Sugiyama, H.
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. 巻: 24 号: 16 ページ: 3603-3611
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2016.05.070
  • NAID: 120006460104
  • 査読あり
• [学会発表] 再構成ヌクレオソームにおけるDNA中のグアニンの酸化損傷 (2021)
  • 著者名/発表者名: 廉 知恵、朴 昭映、杉山 弘
  • 学会等名: 第42回日本光医学・光生物学会
• [学会発表] Photocontrolled assembly of DNA origami nanostructures using photoswitching molecules (2021)
  • 著者名/発表者名: Shubham Mishra, Soyoung Park, Tomoko Emura, Kumi Hidaka, Hiroshi Sugiyama, Masayuki Endo
  • 学会等名: 日本化学会第101春季年会
• [学会発表] Chemical probe-based Nanopore direct RNA sequencing method to selectively assess the RNA modifications (2021)
  • 著者名/発表者名: Vinodh Josephbath Sahayasheela, Soundhar Ramasamy, Takuya Hidaka, Ganesh Pandian Namashivayam, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: 日本化学会第101春季年会
• [学会発表] Sequence-Specific DNA Alkylation by a Chlorambucil-Conjugated Cyclic Pyrrole-Imidazole Polyamide (2021)
  • 著者名/発表者名: Yuki Hirose, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: 日本化学会第101春季年会
• [学会発表] Spatial and Temporal Regulation of Cellular Morphology using a Photo-Responsive Mechanical DNA Polymer (2021)
  • 著者名/発表者名: Soumya Sethi, Tomoko Emura, Kumi Hidaka, Masayuki Endo, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: 日本化学会第101春季年会
• [学会発表] X-ray crystal structure analysis of a reverse binding orientation cyclic-PIP and DNA complex and structural comparison with forward binding orientation complex (2021)
  • 著者名/発表者名: Katsuhiko Abe, Yuki Hirose, Haruhiko Eki, Kazuki Takeda, Masayuki Endo, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: 日本化学会第101春季年会
• [学会発表] 発蛍光性ピロール-イミダゾールポリアミドプローブを用いた生細胞でのテロメアイメージング手法の開発 (2020)
  • 著者名/発表者名: 坪野 友太朗
  • 学会等名: 第43回日本分子生物学会年会
• [学会発表] DNAアルキル化剤を付加した環状ピロール-イミダゾールポリアミドの機能評価 (2020)
  • 著者名/発表者名: 廣瀬 優希
  • 学会等名: 第43回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Spatial and temporal photo-regulation of cellular morphology using DNA Nanotechnology (2020)
  • 著者名/発表者名: SETHI, Soumya
  • 学会等名: 第43回日本分子生物学会年会
• [学会発表] DNA Quadruplex-Duplex Hybrids as Bimolecular Scaffolds for Asymmetric Catalysis, (2020)
  • 著者名/発表者名: YUM, Jihye; PARK, Soyoung; SUGIYAMA, Hiroshi
  • 学会等名: 日本化学会第100春季年会
• [学会発表] 蛍光性チミン・シトシンを用いた配向依存性を有するFRET系の構築と評価 (2020)
  • 著者名/発表者名: 平島 眞吾、朴 昭映、杉山 弘
  • 学会等名: 日本化学会第100春季年会
• [学会発表] Direct Observation of Nucleosome Interaction in DNA Frame using High-speed AFM (2020)
  • 著者名/発表者名: FENG, Yihong; HIDAKA, Kumi; SUGIYAMA Hiroshi; ENDO, Masayuki
  • 学会等名: 日本化学会第100春季年会
• [学会発表] 逆配向型環状PIP-DNA複合体のX線結晶構造 (2020)
  • 著者名/発表者名: 安倍 克彦、廣瀬 優希、浴 晴彦、竹田 一旗、遠藤 政幸、板東 俊和、杉山 弘
  • 学会等名: 日本化学会第100春季年会
• [学会発表] Highly sensitive and selective mercury sensor based on mismatched base pairing with dioxT (2019)
  • 著者名/発表者名: Ji Hoon Han, Shingo Hirashima, Soyoung Park, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019)
  • 国際学会
• [学会発表] Synthetic gene switches to regulate liver cell differentiation (2019)
  • 著者名/発表者名: Soumya Sethi, Minh Nguyen Tuyet Le, Kouichi Hasegawa, Ganesh Pandian Namasivayam, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019)
  • 国際学会
• [学会発表] ピロール－イミダゾールポリアミドを用いたテロメアのイメージング (2019)
  • 著者名/発表者名: 坪野 友太朗、日高 拓也、河本 佑介、Pandian Ganesh Namasivayam、板東 俊和、杉山 弘
  • 学会等名: 生体機能関連化学部会若手の会 第31回サマースクール
• [学会発表] 環状ピロール－イミダゾールポリアミドの合成と評価 (2019)
  • 著者名/発表者名: 廣瀬 優希、朝光 世煌、板東 俊和、杉山 弘
  • 学会等名: 生体機能関連化学部会若手の会 第31回サマースクール
• [学会発表] Chemical Biology of Nucleic Acids: DNA Origami and Artificial Genetic Switch (2019)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Investigation into DNA Binding Orientation of Cyclic Pyrrole-Imidazole Polyamides (2019)
  • 著者名/発表者名: Yuki Hirose, Sefan Asamitsu, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The 46th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019)
  • 国際学会
• [学会発表] Approach to determination of G-quadruplex structure on the Nucleosome Structure using thdG-tC FRET pair (2019)
  • 著者名/発表者名: Ji Hoon Han, Soyoung Park, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The 46th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019)
  • 国際学会
• [学会発表] Telomere Imaging in Human Live cells with Pyrrole-Imidazole Polyamide (2019)
  • 著者名/発表者名: Yutaro Tsubono, Takuya Hidaka, Yusuke Kawamoto, Kaori Hashiya, Ganesh Pandian Namasivayam, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The 46th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019)
  • 国際学会
• [学会発表] DNA Quadruplex-Duplex Hybrids as Bimolecular Scaffolds for Asymmetric Catalysis (2019)
  • 著者名/発表者名: Ji Hye Yum, Soyoung Park, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The 46th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019)
  • 国際学会
• [学会発表] ピロールーイミダゾールポリアミドを用いたヒト生細胞におけるテロメアのイメージング (2019)
  • 著者名/発表者名: 坪野 友太朗、日高 拓也、河本 佑介、Ganesh Pandian Namasivayam、板東 俊和、杉山 弘
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Targeted Suppression of the Metastasis Regulatory Transcription Factor SOX2 in Various Cancer Cell Lines a Sequence-specific Designer Pyrrole-imidazole Polyamide (2019)
  • 著者名/発表者名: Madhu Malinee
  • 学会等名: The 10th International Symposium, Interdisciplinary Science and Technology Innovations for Sustainable Society
  • 国際学会
• [学会発表] Enhancing mitochondrial biogenesis of T cells by synthetic ON switch improves anti-tumor immunity of PD-1 blockade (2019)
  • 著者名/発表者名: Madhu Malinee
  • 学会等名: 第48回日本免疫学会学術集会
• [学会発表] Investigation of Nucleosome Using thdG-tC FRET System (2018)
  • 著者名/発表者名: HAN, Ji Hoon; PARK, Soyoung; SUGIYAMA, Hiroshi
  • 学会等名: 日本化学会第98春季年会
• [学会発表] アルキル化PIポリアミドライブラリーの細胞毒性 (2018)
  • 著者名/発表者名: 大野 智、柏﨑 玄伍、橋谷 かおり、板東 俊和、杉山 弘
  • 学会等名: 日本化学会第98春季年会
• [学会発表] In vitro and Cell-based assay of Cooperative assemblies to mimic transcription factor pair (2018)
  • 著者名/発表者名: YU, Zutao; SUGIYAMA, Hiroshi
  • 学会等名: 日本化学会第98春季年会
• [学会発表] 自己集合性3次元DNA結晶のAFMによる結晶表面観察 (2018)
  • 著者名/発表者名: 浴 晴彦、杉山 弘、遠藤 政幸
  • 学会等名: 日本化学会第98春季年会
• [学会発表] ヘアピン型PIPダイマーによるG-Quadruplex構造の誘起 (2018)
  • 著者名/発表者名: 小幡 俊介、朝光 世煌、橋谷 かおり、板東 俊和、杉山 弘
  • 学会等名: 日本化学会第98春季年会
• [学会発表] Chemical Biology of Nucleic Acids: DNA Origami and Artificial Genetic Switch (2017)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The Catalysis and Sensing for our Environment Symposium 2017 (CASE2017)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 配列選択的DNA結合能を有するミトコンドリア局在性分子の開発とその応用 (2017)
  • 著者名/発表者名: 日高 拓也、NAMASIVAYAM, Ganesh Pandian、板東 俊和、杉山 弘
  • 学会等名: 日本ケミカルバイオロジー学会第12回年会
• [学会発表] 光応答性を持つDNA分子デバイスの構築とその自己集積化 (2017)
  • 著者名/発表者名: 鎌田 佑、Elena Willner、鈴木 勇輝、江村 智子、日高 久美、Hendrik Dietz、杉山 弘、遠藤 政幸
  • 学会等名: 日本ケミカルバイオロジー学会第12回年会
• [学会発表] 5-ブロモウラシルを含むゲノムDNAの光反応 (2017)
  • 著者名/発表者名: 橋谷 文貴、杉山 弘
  • 学会等名: 第３９回日本光医学・光生物学会
• [学会発表] Cooperative DNA recognition by artificial host/guest inclusion complexes to mimic transcription factor pair (2017)
  • 著者名/発表者名: Zutao Yu
  • 学会等名: 2017 Chinese Medicinal Chemistry Symposium
• [学会発表] Chemical Biology of Nucleic Acids: DNA Origami and Artificial Genetic Switch (2017)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: Asian 3 Roundtable on Nucleic Acids(A3RONA2017)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Pyrrole-imidazole Polyamides: Artificial Genetic Switches for Therapeutic Gene Modulation (2017)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The 13th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society (OTS)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Construction of G-quadruplex structure using bipyridine containing DNA (2017)
  • 著者名/発表者名: 坂下 宗平、杉山 弘、朴 昭映
  • 学会等名: 核酸化学若手フォーラム2017
• [学会発表] Studying nucleosome using vivid thdG-tC FRET system (2017)
  • 著者名/発表者名: HAN, Jihun、朴 昭映、杉山 弘
  • 学会等名: 核酸化学若手フォーラム2017
• [学会発表] Construction of G-quadruplex structure using bipyridine containing DNA (2017)
  • 著者名/発表者名: Sohei Sakashita, Hiroshi Sugiyama, Soyoung Park
  • 学会等名: The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC 2017)
  • 国際学会
• [学会発表] Studying nucleosome using vivid thdG-tC FRET system (2017)
  • 著者名/発表者名: JiHoon Han, Soyoung Park, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC 2017)
  • 国際学会
• [学会発表] Direct observation of photoresponsive DNA nanodevice and its self-assembly (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuu Kamada, Elena Willner, Yuki Suzuki, Tomoko Emura, Kumi Hidaka, Hendrik Dietz, Hiroshi Sugiyama, Masayuki Endo
  • 学会等名: The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC 2017)
  • 国際学会
• [学会発表] Octa-some constructed by histone H3-H4 and DNA, possesses different personality comparing to nucleosome (2017)
  • 著者名/発表者名: Tingting Zou, Fumitaka Hashiya, Seiichiro Kizaki, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC 2017)
  • 国際学会
• [学会発表] G-quadruplex formation by hairpin Pyrrole-imidazole Polyamide dimer (2017)
  • 著者名/発表者名: Shunsuke Obata, Sefan Asamitsu, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama,
  • 学会等名: The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC 2017)
  • 国際学会
• [学会発表] Creation of a Synthetic Ligand for Sequence recognition of mitochondrial DNA (2017)
  • 著者名/発表者名: Takuya Hidaka, Pandian N. Ganesh, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
  • 学会等名: Consortium of Biological Sciences 2017 (ConBio 2017)
• [備考] Chemical Biology Sugiyama Laboratory
  • URL: http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/
• [産業財産権] リピート結合剤 (2020)
  • 発明者名: 杉山弘、板東俊和、池田修司、塩田倫史
  • 権利者名: 杉山弘、板東俊和、池田修司、塩田倫史
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2020-110752
  • 出願年月日: 2020
• [産業財産権] ピロール－イミダゾールポリアミド化合物群を用いた内在性制御因子のスクリーニング方法 (2017)
  • 発明者名: 杉山 弘, 上久保靖彦
  • 権利者名: 京都大学
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2017-100814
  • 出願年月日: 2017