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熱揺らぎの影響を踏まえた核酸医薬の分子設計

研究課題

研究課題/領域番号 16H06692
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分補助金
研究分野 生物分子化学
研究機関東京大学

研究代表者

今清水 正彦  東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (90465930)

研究期間 (年度) 2016-08-26 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード熱ゆらぎ / RNAアプタマー / 核酸ータンパク質相互作用 / 結合アフィニティー / 構造不均一性 / ハイスループット法 / RNA アプタマー / ハイスループットDNAシーケンシング / ハイスループットシーケンス / 熱揺らぎ / 核酸創薬 / 核酸 / 医薬 / ナノバイオ
研究成果の概要

本研究では、多様な生理・薬理機能を生み出すRNAアプタマーの高い標的分子結合性を分子科学に則して理解するため、ランダム配列RNAプールから1回の選抜のみでアプタマーを取得する新しい方法を開発し、アプタマー取得法の脱ブラックボックス化を行った。また、熱揺らぎによる構造不均質性の概念を導入した。具体的には、RNAアプタマーは、熱揺らぎで容易に変換できる2次構造の数を増やすことで標的タンパク質との結合親和性を高めるという分子モデルを提案した。本方法により、ヒトTGF-β1とヒトthrombinの各タンパク質に特異的に結合するRNAアプタマーを複数作製することに成功した。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Transcription pausing: biological significance of thermal fluctuations biased by repetitive genomic sequences2018

    • 著者名/発表者名
      Imashimizu Masahiko、Lukatsky David B.
    • 雑誌名

      Transcription

      巻: Vol. 9, No 3 号: 3 ページ: 196-203

    • DOI

      10.1080/21541264.2017.1393492

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Single-round isolation of diverse RNA aptamers from a random sequence pool2018

    • 著者名/発表者名
      Imashimizu Masahiko, Takahashi Masaki, Amano Ryo and Nakamura Yoshikazu
    • 雑誌名

      Biology Methods and Protocols

      巻: ー 号: 1

    • DOI

      10.1093/biomethods/bpy004

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Control of transcriptional pausing by biased thermal fluctuations on repetitive genomic sequences2016

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Imashimizu, Ariel Afek, Hiroki Takahashi, Lucyna Lubkowska, and David B. Lukatsky
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 113(47) 号: 47

    • DOI

      10.1073/pnas.1607760113

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Control of transcriptional pausing by biased thermal fluctuations on repetitive genomic sequences2017

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Imashimizu
    • 学会等名
      The 1934thBiological Symposium on NIG
    • 発表場所
      国立遺伝学研究所
    • 年月日
      2017-04-20
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Control of transcriptional pausing by biased thermal fluctuations on repetitive genomic sequences2017

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦
    • 学会等名
      The 1934thBiological Symposium on NIG
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 転写調節機構:熱揺らぎ、反復配列、転写pausingの繋がり2017

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Control of transcriptional pausing by biased thermal fluctuations on repetitive genomic sequences2016

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Imashimizu, Ariel Afek, Hiroki Takahashi, and David B. Lukatsky
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2016-09-02   更新日: 2019-03-29  

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