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化学反応下での両親媒性分子集合体の形態変化 マルチスケールにわたる理解

研究課題

研究課題/領域番号 16J01728
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
研究機関東京大学

研究代表者

中川 恒  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2016-04-22 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2017年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2016年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
キーワード粗視化シミュレーション / 二重膜 / 両親媒性分子 / 分子動力学シミュレーション / ソフトマター / 生体膜
研究実績の概要

本年度行った研究実績を二つに分けて説明する。
1) 加水分解反応と脱水縮合反応によって引き起こされる二重膜の形態変化に関する研究
加水分解反応と脱水縮合反応は生体内で広くみられる基本的な化学反応である。これら二つの化学反応によって引き起こされる二重膜の形状変化を粗視化シミュレーション手法を用いて調べた。シミュレーションの結果、二種類の形状変化が見られることがわかった。一つは円盤形状の二重膜の突起が成長する、bilayer protrusionと呼ばれる形状変化、もう一つはbuddingと呼ばれる形状変化である。さらに解析を進め、これら二つの形状変化が熱力学的性質だけでなく、膜とバルク溶液の粘性係数の違いによって支配されることを明らかにした。この結果は膜とバルク溶液の粘性に違いをつけることで、二重膜の形状変化を制御できることを示唆している。さらにこの結果は、実験において二重膜の形状を制御する新しい手段をも示唆するものである。
2) 多価不飽和脂肪酸が二重膜の力学的物性に及ぼす影響に関する研究
脂質の化学反応によって生じる疎水性分子の中には、二重膜に埋め込まれて存在するものがある。こうした反応生成物により二重膜はヘテロな組成となる。このようなヘテロな組成は二重膜の力学的性質を大きく変化させることが先行研究により知られているが、その分子論的起源は明らかではなかった。こうした、組成の変化に伴う二重膜の力学的性質の変化を定量的に調べるため、全原子シミュレーションを用いた研究を行った。具体的には、脂質の疎水基に二重結合を導入した場合の力学的性質の変化を調べ、二重結合の導入により曲げ弾性率が減少することを定量的に示した。さらに、こうした二重結合の導入に伴う曲げ弾性率の減少と、網膜や神経細胞など高い曲率を持つ生体膜の形成との関係性を、ノックアウトマウスを用いた実験結果と照らし合わせ明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Bilayer sheet protrusions and budding from bilayer membranes induced by hydrolysis and condensation reactions2018

    • 著者名/発表者名
      K. M. Nakagawa and H. Noguchi
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 14 号: 8 ページ: 13971407-13971407

    • DOI

      10.1039/c7sm02326j

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 短距離古典分子動力学シミュレーションコードのGPGPU化(2)2018

    • 著者名/発表者名
      中川恒
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌 “アンサンブル”

      巻: 20(1) ページ: 4045-4045

    • NAID

      130007649482

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Docosahexaenoic acid preserves visual function by maintaining correct disc morphology in retinal photoreceptor cells2017

    • 著者名/発表者名
      Shindou Hideo、Koso Hideto、Sasaki Junko、Nakanishi Hiroki、Sagara Hiroshi、Nakagawa Koh M.、Takahashi Yoshikazu、Hishikawa Daisuke、Iizuka-Hishikawa Yoshiko、Tokumasu Fuyuki、Noguchi Hiroshi、Watanabe Sumiko、Sasaki Takehiko、Shimizu Takao
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 292 号: 29 ページ: 12054-12064

    • DOI

      10.1074/jbc.m117.790568

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 短距離古典分子動力学シミュレーションコードのGPGPU化(1)2017

    • 著者名/発表者名
      中川恒
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌 “アンサンブル”

      巻: 19(4) ページ: 267273-267273

    • NAID

      130007502512

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 分子シミュレーションにおける三体ポテンシャルを含んだ系の局所応力テンソルの非一意性2017

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌 “アンサンブル”

      巻: 19 ページ: 69-69

    • NAID

      130006327538

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Nonuniqueness of local stress of three-body potentials in molecular simulations2016

    • 著者名/発表者名
      Koh M. Nakagawa and Hiroshi Noguchi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 94 号: 5

    • DOI

      10.1103/physreve.94.053304

    • NAID

      130007510004

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Nonuniqueness of local stress of three-body potentials in molecular simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Koh M. Nakagawa
    • 学会等名
      19th IUPAB congress and 11th EBSA congress
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける三体ポテンシャルを含んだ系の局所応力テンソルの非一意性2017

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 学会等名
      つくばソフトマター研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける三体ポテンシャルを含んだ系の局所応力テンソルの非一意性2017

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 学会等名
      第72回日本物理学会秋季大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] OpenACC vs CUDA 分子動力学法を題材として2017

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 学会等名
      ポスト京萌芽課題のシンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ununiqueness of stress tensor for three body forces2016

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 学会等名
      Biomembrane Days 2016
    • 発表場所
      Harnack-Haus, Berlin, Germany
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Shape transformations of bilayer membrane induced by hydrolysis reaction2016

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 学会等名
      4th International Soft Matter Conference
    • 発表場所
      Alpes-Congre`s, Grenoble, France
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける三体ポテンシャルを含んだ系の局所応力テンソルの非一意性2016

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場 (つくば市、茨城県)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける三体ポテンシャルを含んだ系の局所応力テンソルの非一意性2016

    • 著者名/発表者名
      中川 恒
    • 学会等名
      第30回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      大阪大学 (豊中市、大阪府)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2016-05-17   更新日: 2024-03-26  

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