| 研究課題/領域番号 |
16K00392
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(C)
|
| 配分区分 | 基金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
|
|---|
| 研究機関 | 松江工業高等専門学校 (2017-2019)
京都大学 (2016) |
|---|
研究代表者 |
林田 守広 松江工業高等専門学校, 電気情報工学科, 准教授 (40402929)
|
|---|
| 研究分担者 |
小谷野 仁 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業情報研究センター, 研究員 (10570989)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2020-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
|
| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
|
|---|
| キーワード | タンパク質相互作用予測 / タンパク質二量体予測 / 中央文字列 / 文法圧縮 / 一般化Series-Parallelグラフ / ラプラス様混合確率分布 / EMアルゴリズム / 畳み込みニューラルネットワーク / タンパク質ドメイン / ニューラルネットワーク / タンパク質RNA相互作用 / 条件付き確率場 / イジングモデル / 一般化series-parallelグラフ / 整数線形計画問題 / 宿主病原体相互作用 / 局所トポロジー / Dicer切断部位 / 三角不等式 / タンパク質 / アルゴリズム / 画像認識 / 生体生命情報学 / 機械学習 |
|---|
| 研究成果の概要 |
タンパク質の機能を理解するために，タンパク質と相互作用する生体分子や複合体を形成するタンパク質を知ることは有用である．タンパク質とRNAの間の残基と塩基の相互作用予測手法およびヘテロ二量体タンパク質複合体の予測手法を改良した．さらに同じ機能を示すタンパク質やRNAの配列をそれぞれ集約する文字列の集合上の確率分布を推定する手法を開発し，また中央文字列を見つける手法を高速化するとともに，タンパク質のドメイン構成や生物学的ネットワークに対する文法圧縮手法を開発した．
|
| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
タンパク質相互作用およびタンパク質複合体の予測精度を向上させることによってタンパク質の機能を推定する手がかりとし，病原菌の感染経路の解明など生物学，医学へ貢献する．また文字列の集合上の確率分布や中央文字列の厳密解法，一般化Series-Parallelグラフの最小文法を与えることはタンパク質やRNAの配列解析や生物学的ネットワーク構造の解析に有用であるだけでなく数理学的にも意義がある．
|
