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生体分子の水素水和研究に向けた、中性子結晶解析用D/Hコントラスト法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K05014
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 量子ビーム科学
研究機関京都大学

研究代表者

茶竹 俊行  京都大学, 複合原子力科学研究所, 准教授 (30383475)

研究分担者 藤原 悟  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 高崎量子応用研究所 東海量子ビーム応用研究センター, 上席研究員(定常) (10354888)
研究協力者 田中 伊智朗  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2018年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード中性子 / 水素 / 水和 / 結晶学 / 生体分子 / D/Hコントラスト / D/Hコントラスト法 / 水和構造
研究成果の概要

中性子結晶解析は水素と水素イオンの検出力に優れており、生体分子の水素水和研究にとって重要な実験法である。中性子線の重水素と軽水素に対する散乱長の違いを利用した重水素/軽水素(D/H)コントラスト法は、中性子結晶解析の性能を飛躍的に向上させることが期待されている。
本研究では、我々が独自に開発した、D/Hコントラストを実空間差分から計算するアルゴリズムを実用化するために、プログラムの開発と最新のTOF型中性子回折計を用いた中性子実験を進めた。前者では、GUIを実装したプログラムの作成と試験に成功した。後者では中性子実験用の巨大結晶の作成に成功し、良好な中性子回折像を確認した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

今回作成したD/Hコントラスト法のプログラムは、中性子結晶解析の利点である水素原子と水素イオンの検出力を飛躍的に向上させることが期待される。これを利用すれば以下の利点がもたらされる。(1)生体分子内の化学反応に関係する官能基のpKaを高精度で決めることができ、生体分子の反応機構の詳細が明らかになる。(2)他の実験法では難しい水和水の詳細な立体構造が決定できる。(3)通常の解析では解析が困難な生体分子でも、コントラストによる検知力の向上により、解析が実現できる。これにより、詳細な構造情報に基づいた酵素や薬剤の分子設計が実現されれば、農学、医学、薬学など大きな波及効果が期待される。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Cryoprotectant-free high-pressure cooling and dynamic nuclear polarization for more sensitive detection of hydrogen in neutron protein crystallography2018

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Ichiro、Komatsuzaki Naoya、Yue Wen-Xue、Chatake Toshiyuki、Kusaka Katsuhiro、Niimura Nobuo、Miura Daisuke、Iwata Takahiro、Miyachi Yoshiyuki、Nukazuka Genki、Matsuda Hiroki
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      巻: 74 号: 8 ページ: 787-791

    • DOI

      10.1107/s2059798318005028

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Purification and structural characterization of water‐soluble menaquinone‐7 produced by Bacillus subtilis natto2018

    • 著者名/発表者名
      Chatake Toshiyuki、Yanagisawa Yasuhide、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Matsuo Tatsuhito、Fujiwara Satoru、Ohsugi Tadanori、Sumi Hiroyuki
    • 雑誌名

      Journal of Food Biochemistry

      巻: 42 号: 6 ページ: e12630-e12630

    • DOI

      10.1111/jfbc.12630

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 生物物理学的手法を用いた納豆菌の研究 -納豆菌が生産する生理活性物質と納豆菌の放射線耐性-2018

    • 著者名/発表者名
      茶竹俊行,齊藤剛, 柳澤泰任
    • 雑誌名

      放射線生物研究

      巻: 52 ページ: 280-290

    • NAID

      40021793983

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ligation-Dependent Picosecond Dynamics in Human Hemoglobin As Revealed by Quasielastic Neutron Scattering2017

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara Satoru、Chatake Toshiyuki、Matsuo Tatsuhito、Kono Fumiaki、Tominaga Taiki、Shibata Kaoru、Sato-Tomita Ayana、Shibayama Naoya
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 121 号: 34 ページ: 8069-8077

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b05182

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA conformational transitions inferred from re-evaluation of m|F o| ? D|F c| electron-density maps2017

    • 著者名/発表者名
      Sunami Tomoko、Chatake Toshiyuki、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      巻: 73 号: 7 ページ: 600-608

    • DOI

      10.1107/s2059798317007707

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ナットウキナーゼとメナキノン-7の構造研究2017

    • 著者名/発表者名
      柳澤泰任、太田さくら、足立達美、内藤佐和、須見洋行、齊藤剛、茶竹俊行
    • 雑誌名

      テンペ研究会会誌

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Structural Insight Into Protein Binding of Boron Tracedrug UTX-97 Revealed by the Co-Crystal Structure With Lysozyme at 1.26 Angstrom Resolution.2016

    • 著者名/発表者名
      Morimoto Y, Nagasawa H, Uto Y, Chatake T, Hori H
    • 雑誌名

      Journal of Pharmaceutical Scinences

      巻: 105 号: 8 ページ: 2298-2301

    • DOI

      10.1016/j.xphs.2016.06.005

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 実空間D/Hコントラスト法による中性子蛋白質結晶解析2017

    • 著者名/発表者名
      茶竹俊行、藤原悟
    • 学会等名
      中性子科学会第17回年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 小角散乱、中性子準弾性散乱、及び中性子結晶学による蛋白質水和水の統一的解析2017

    • 著者名/発表者名
      藤原悟、松尾 龍人、河野史明、高田慎一、杉本泰伸、菊地龍弥、中島健次、茶竹 俊行
    • 学会等名
      日本生物物理学会第55回年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] m|Fo|-D|Fc| map 上に見いだされる DNA の構造変化の網羅的解析2017

    • 著者名/発表者名
      角南智子、茶竹俊行、河野秀俊
    • 学会等名
      平成29年度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 蛋白質の水和構造解明に向けたD/Hコントラスト法の利用2017

    • 著者名/発表者名
      茶竹俊行、藤原悟
    • 学会等名
      京都大学原子炉実験所第51回学術講演会
    • 発表場所
      京都大学原子炉実験所
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 納豆菌由来MK-7の構造特性および納豆菌のガンマ線耐性の研究2017

    • 著者名/発表者名
      柳澤泰任、髙根光紗、足立達美、茶竹俊行、齊藤剛 、井上倫太郎、杉山正明、松尾龍人、藤原悟、大杉忠則、須見洋行
    • 学会等名
      京都大学原子炉実験所第51回学術講演会
    • 発表場所
      京都大学原子炉実験所
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 中性子タンパク質結晶構造解析での水素高感度検出のための動的核偏極法の予備的結果2016

    • 著者名/発表者名
      Naoya Komatsuzaki, Ichiro Tanaka, Takahiro Iwata, Daisuke Miura, Yoshiyuki Miyachi, Genki Nukazuka, Hiroki Matsuda, Toshiyuki Chatake, Katsuhiro Kusaka, Nobuo Niimura
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      エポカル筑波
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 構造状態と関係したヘモグロビンのピコ秒ダイナミクスの変化2016

    • 著者名/発表者名
      Satoru Fujiwara, Toshiyuki Chatake, Tatsuhito Matsuo, Fumiaki Kono, Taiki Tominaga, Kaoru Shibata, Ayana Sato, Naoya Shibayama
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      エポカル筑波
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 結晶構造中で観察される DNA 構造ゆらぎの網羅解析2016

    • 著者名/発表者名
      Tomoko Sunami, Toshiyuki Chatake, Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      エポカル筑波
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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