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熱力学量を正確に計算することを目指したOZ理論の改良

研究課題

研究課題/領域番号 16K05659
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 物理化学
研究機関愛媛大学

研究代表者

宮田 竜彦  愛媛大学, 理工学研究科(理学系), 講師 (70390648)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2020年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2019年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2018年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2017年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード溶媒和自由エネルギー / OZ理論 / RISM理論 / 分子動力学シミュレーション / closure近似 / hybrid closure / Lennard-Jones流体 / クーロン系 / MD hybrid closure / 溶融塩 / Ornstein-Zernike理論 / 溶媒-溶媒相関関数 / クーロンポテンシャル / 3D-OZ理論 / 平均力ポテンシャル / LJポテンシャル / 2D-OZ理論 / 3D-RISM理論 / MOZ理論 / 熱力学量 / 動径分布関数 / LJ流体 / 統計力学 / 化学物理 / 熱力学 / 液体論 / 分子シミュレーション
研究成果の概要

溶液中での溶質の安定性を議論するのに中心的な役割を果たす熱力学量は溶媒和自由エネルギーである。積分方程式理論は計算コストの低さが長所であるが、理論に含まれる近似の影響で溶媒和自由エネルギーには顕著な誤差が含まれることが分かっていた。本研究では単原子分子系の高精度化から始めて、ボトムアップ的なアプローチで3D-RISM理論の高精度化を目指した。SEBという補正法を提案した。これはLJポテンシャルのσパラメータを少し大きくする効果をブリッジ関数として定義したものであり、単原子分子系から多原子分子系まで幅広く利用することができる。3D-RISM理論で求まる水和自由エネルギーの高精度化にも成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

タンパク質の安定構造やリガンド結合などの予測計算では通常、分子動力学法が使われる。分子動力学法は結果が正確であることが期待される反面、計算コストが大変重く、タンパク質などの複雑な分子の自由エネルギー計算ではスーパーコンピュータが不可欠である。一方、積分方程式理論は計算コストが軽い反面、理論に含まれる近似の影響により計算結果が不正確となる場合がある。本研究成果は溶媒和自由エネルギーに関して、計算コストの軽さと計算結果の正確性を両立し得るものであり、今後は複雑な分子系への応用が期待される。

報告書

(9件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 17件、 オープンアクセス 8件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 4件、 招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A study on the approximated angular averaging of distribution functions obtained from the Ornstein?Zernike theory for diatomic solutes consisting of fused Lennard-Jones particles immersed in a Lennard?Jones monatomic solvent2023

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Fukuma Kazuki、Kiuchi Tatsuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 388 ページ: 122803-122803

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2023.122803

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A study on the extension of correlation functions obtained from molecular dynamics simulations by the Ornstein?Zernike theory for modeled molten salts2023

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Funahara Yu、Omori Seiya、Shinjo Taro
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 13 号: 11 ページ: 115322-115322

    • DOI

      10.1063/5.0180366

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sigma enlarging bridge correction of three dimensional Ornstein?Zernike theory for solvation free energy of polyatomic solutes immersed in Lennard-Jones monatomic solvent2022

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Hikasa Yusuke
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 12 号: 8 ページ: 085206-085206

    • DOI

      10.1063/5.0102003

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Integral equation study of effective attraction between like-charged particles mediated by cations: Comparison between IPY2 and HNC closures2022

    • 著者名/発表者名
      Takeda M.、Maruyama K.、Akiyama R.、Miyata T.
    • 雑誌名

      Europhysics Letters

      巻: 140 号: 1 ページ: 17001-17001

    • DOI

      10.1209/0295-5075/ac94f5

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accuracy of some useful closure relations in combination with the reference interaction site model theory for fluids of single component diatomic molecules2022

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Murata Shohei、Sakamoto Megumi、Sasaki Yasushi
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 12 号: 3 ページ: 035248-035248

    • DOI

      10.1063/5.0085014

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Extending correlation functions of molecular dynamics simulation by Kovalenko?Hirata and Kobryn?Gusarov?Kovalenko closures for monatomic Lennard-Jones solvent and its application to a calculation of solvation2021

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Nishida Shunsuke、Ogasawara Yu
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 11 号: 2 ページ: 025026-025026

    • DOI

      10.1063/5.0043388

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sigma enlarging bridge function for heteronuclear Lennard-Jones diatomic solute solvated in a Lennard-Jones monatomic solvent in terms of the parameter transferability2020

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 755 ページ: 137777-137777

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2020.137777

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transferability of Sigma Enlarging Bridge Function for Lennard-Jones Diatomic Solute Using Monatomic Solvent Correlation Obtained from Molecular Dynamics Simulation2020

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Yabuki Naoya、Leung Jackie
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 49 号: 11 ページ: 1372-1375

    • DOI

      10.1246/cl.200521

    • NAID

      130007936948

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An assessment of the sigma enlarging bridge function for a Lennard-Jones solution using a solvent-solvent correlation function obtained from molecular dynamics simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Ogasawara Yu、Fujii Takahiro、Yano Daigo、Ebato Yuki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 290 ページ: 111167-111167

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2019.111167

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A study on the transferability of the sigma enlarging bridge function for an accurate evaluation of solvation free energy: The case of homonuclear Lennard-Jones diatomic solute solvated in a Lennard-Jones monatomic solvent2019

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Yabuki Naoya
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 9 号: 2 ページ: 025310-025310

    • DOI

      10.1063/1.5087935

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Performance of Kobryn-Gusarov-Kovalenko closure from a thermodynamic viewpoint for one-component Lennard-Jones fluids2018

    • 著者名/発表者名
      Miyata Tatsuhiko、Tange Kentaro
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 700 ページ: 88-95

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2018.04.013

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations of Theoretical Cellulose Nanotube Models2018

    • 著者名/発表者名
      Takuya Uto, Yuta Kodama, Tatsuhiko Miyata, Toshifumi Yui
    • 雑誌名

      Carbohydrate Polymers

      巻: 190 ページ: 331-338

    • DOI

      10.1016/j.carbpol.2018.03.004

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Parameterization of Empirical Sigma Enlarging Bridge Correction of Kovalenko-Hirata Closure in Ornstein-Zernike Theory for Lennard-Jones Fluids2017

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jpn.

      巻: 90 号: 10 ページ: 1095-1104

    • DOI

      10.1246/bcsj.20170203

    • NAID

      130006770689

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Correction of Kovalenko-Hirata closure in Ornstein-Zernike integral equation theory for Lennard-Jones fluids2017

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Yuki Ebato
    • 雑誌名

      J. Molec. Liquids

      巻: 245 ページ: 2-10

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2017.05.134

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thermodynamic significance to correct the location of first rising region in radial distribution function approximately estimated from Ornstein-Zernike integral equation theory for Lennard-Jones fluids2016

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Yuki Ebato
    • 雑誌名

      J. Molec. Liquids

      巻: 217 ページ: 75-82

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2015.11.054

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A pressure consistent bridge correction of Kovalenko-Hirata closure in Ornstein-Zernike theory for Lennard-Jones fluids by apparently adjusting sigma parameter2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Ebato and Tatsuhiko Miyata
    • 雑誌名

      AIP advances

      巻: 6 号: 5 ページ: 055111-055111

    • DOI

      10.1063/1.4950703

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Accuracy of Temperature-Derivative of Radial Distribution Function Calculated under Approximations in Ornstein-Zernike Theory for One-Component Lennard-Jones Fluid2016

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Sanae Miyazaki
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett.

      巻: 658 ページ: 224-229

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2016.06.049

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] OZ理論を利用して分子動力学法の動径分布関数を延伸する方法の検討:溶融塩モデルの場合2023

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦・舩原優・大森晟矢・新城太郎
    • 学会等名
      第45回溶液化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Application of the sigma enlarging bridge correction to polyatomic solutes solvated in Lennard-Jones monatomic solvent2022

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Yusuke Hikasa
    • 学会等名
      The 15th Mini-Symposium on Liquids (MSL2022)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 多原子溶質周りでの単原子LJ溶媒の分布関数を角度平均するための近似法の提案2022

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦・木内竜大・福間和輝・高橋侑己
    • 学会等名
      第44回溶液化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of concepts and bridge functions to improve the accuracy of solvation free energy for molecular liquids2021

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Integral equation theory for describing the solvation of heteronuclear LJ diatomic solute in LJ monatomic solvent2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Tatsuhiro Kiuchi
    • 学会等名
      The 13th Mini-Symposium on Liquids (MSL2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] RISM理論における二原子分子流体の熱力学量の精度に関する研究2019

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦・坂本萌・佐々木康
    • 学会等名
      第42回溶液化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] OZ系の積分方程式理論から求まる溶媒和自由エネルギー高精度化の試み2019

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦
    • 学会等名
      研究会「凝縮系の理論化学」
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] SEB correction to improve the accuracy of solvation free energy for LJ fluids: an attempt to prepare solvent-solvent correlation function by MD simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata, Takahiro Fujii, Daigo Yano, Yu Ogasawara and Yuki Ebato
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Accuracy of OZ Theory: Solvation Free Energy of LJ Diatomic Solute in LJ Solvent2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Naoya Yabuki
    • 学会等名
      The 12th Mini-Symposium on Liquids (MSL2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Sigma enlarging bridge correction for an accurate evaluation of solvation free energy of Lennard-Jones fluids: an attempt to utilize molecular simulation in preparing solvent-solvent correlation function2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata, Takahiro Fujii, Daigo Yano, Yu Ogasawara and Yuki Ebato
    • 学会等名
      EMLG-JMLG Annual Meeting 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Accuracy of solvation free energy evaluated from Ornstein-Zernike integral equation theory2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Naoya Yabuki
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] OZ理論における近似が溶媒和自由エネルギーに及ぼす影響:LJ溶媒の場合2017

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦
    • 学会等名
      スーパーコンピューターワークショップ2017
    • 発表場所
      分子科学研究所(愛知県岡崎市)
    • 年月日
      2017-02-01
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Accuracy of solvation free energy evaluated from Ornstein-Zernike integral equation theory for Lennard-Jones solvent system2017

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata
    • 学会等名
      International Workshop on Stat-Mech of Liquids
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Ornstein-Zernike型積分方程式理論に基づく溶媒和自由エネルギーの高精度化2017

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦・矢吹直哉
    • 学会等名
      第66回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] OZ理論による溶媒和自由エネルギーの精度:LJ 溶媒へのLJ 等核二原子分子の溶媒和について2017

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦・矢吹直哉
    • 学会等名
      第40回溶液化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Ornstein-Zernike 理論に基づく溶媒和自由エネルギー高精度化の試み2017

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦・矢吹直哉
    • 学会等名
      第31回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] OZ系積分方程式理論を用いた溶媒和の計算:ミセルへの応用へ向けて2017

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦
    • 学会等名
      高分子学会九州支部フォーラム
    • 発表場所
      福岡大学(福岡県福岡市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] OZ理論から求まる溶媒和自由エネルギーの高精度化の試み2016

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦
    • 学会等名
      第39回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-09
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Correction of Kovalenko-Hirata closure in Ornstein-Zernike integral equation theory for Lennard-Jones fluids2016

    • 著者名/発表者名
      Tatsuhiko Miyata and Yuki Ebato
    • 学会等名
      EMLG-JMLG Annual Meeting 2016
    • 発表場所
      Chania, Crete, Greece
    • 年月日
      2016-09-11
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] OZ理論における近似がLJ系の熱力学量に及ぼす影響2016

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦
    • 学会等名
      研究会「分子を使った寄せ木細工」~自己組織化したソフトマテリアルが織りなす「かたち」と機能~
    • 発表場所
      島根大学(島根県松江市)
    • 年月日
      2016-05-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] 材料表面の親水・親油の評価と制御設計 第8章 第10節2016

    • 著者名/発表者名
      宮田竜彦・吉田紀生
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      テクノシステム
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2025-01-30  

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