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DNA導電メカニズム解明に向けた塩基配列と電子状態の関係解明のための理論的研究

研究課題

研究課題/領域番号 16K05666
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 物理化学
研究機関城西大学

研究代表者

寺前 裕之  城西大学, 理学部, 教授 (10383176)

研究協力者 青木 百合子  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワードB型DNAモデル / 有効質量 / らせん構造 / ポリモノヌクレオチド / ポリディヌクレオチド / エネルギーバンド構造 / 糖鎖の影響 / イオンの影響 / 結晶軌道法 / 電子状態 / 電気伝導性 / 価電子帯 / 伝導帯 / ポリヌクレオチド / ホール伝導 / 電子伝導 / tight-binding法 / エネルギーバンド / 一次元ポリマー
研究成果の概要

らせん構造対称性を取り入れたab initio法によるエネルギーバンド計算プログラムを開発し、DNA中における糖鎖およびリン酸・アルカリイオン対が特に電気伝導性発現に関してどのような影響を及ぼしているかを検証するために、DNAモデルである、モノヌクレオチドポリマーからリン酸・アルカリイオン対、糖鎖を除いて計算を行った。
特にグアニン・シトシンのペアでは価電子帯トップの位置がガンマ点から0点に移動することが判明した。アデニン・チミン対ではこのようなことは起こらない。さらに二重らせんではなく一本のらせん構造をのバンド構造と二重らせんを比較することで塩基対の間の水素結合の働きについて解析を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

らせん構造を取り入れたab initio法によるエネルギーバンド計算プログラムを開発し、そのプログラムを用いてポリエチレンやポリアミノ酸のような小規模なポリマーだけでなく、糖鎖とリン酸結合、さらにカウンターイオンを含んだ無限DNA全体のまるごと大規模計算を行うことができるのを確認した。さらに、これらのDNAモデルポリマーから糖鎖やイオンを取り除いたり一重のらせん構造とした場合にどのようなエネルギーバンド構造の変化が起こるかを予測できることを確認した。
これらの計算によりDNAの電気伝導性を示し、また遺伝子情報が電子状態からもたらされていることから遺伝のメカニズムの理解に一歩近づいたと言える。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 8件、 招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Ab initio electronic structure calculation of polymononucleotide, a model of B-type DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Teramae Hiroyuki、Aoki Yuriko
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 2040 ページ: 020013-020013

    • DOI

      10.1063/1.5079055

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNAの電子状態計算2018

    • 著者名/発表者名
      寺前 裕之, 青木 百合子
    • 雑誌名

      J. Comp. Chem. Jpn.

      巻: 16 ページ: 157-159

    • NAID

      130006489392

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] フェルラ酸のフリーラジカル消去能に関する理論的研究2018

    • 著者名/発表者名
      寺前 裕之, 玄 美燕, 山下 司, 高山 淳, 岡﨑 真理, 坂本 武史
    • 雑誌名

      J. Comp. Chem. Jpn.

      巻: 17 ページ: 150-152

    • NAID

      130007503970

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] Practical Training in Simple Huckel Theory: Matrix Diagonalization for Highly Symmetric Molecules and Visualization of Molecular Orbitals2018

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Nagaoka, Tatsunobu Kokubo, Hiroyuki Teramae, Umpei Nagashima
    • 雑誌名

      J. Chem. Educ.

      巻: 95 ページ: 1579-1586

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] An attempt at ab initio crystal orbital calculation of electronic structure of B-type model-DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae and Yuriko Aoki
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 1906 ページ: 030023-030023

    • DOI

      10.1063/1.5012302

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 結晶軌道法によるDNAのHartree-Fock計算の試み2016

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、青木百合子
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: 15 号: 6 ページ: 219-220

    • DOI

      10.2477/jccj.2016-0057

    • NAID

      130005310498

    • ISSN
      1347-1767, 1347-3824
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Theoretical study on the structures of ethanolamine and its water complexes using the Hamiltonian algorithm2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Yasuko Y. Maruo
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 1702 ページ: 090041-090041

    • DOI

      10.1063/1.4938849

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Practical Training on Adding Polarization and Diffuse Functions to Basis Set for Molecular Orbital Calculation2016

    • 著者名/発表者名
      S. Nagaoka , H. Teramae, U. Nagashima
    • 雑誌名

      Aust. J. Educ. Chem.

      巻: 75 ページ: 8-15

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hamiltonian algorithm and its application to the aromatic oxidative cyclization on N-methoxy-N-prenylbenzamide2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Kousuke Hayashi, Jun Takayama,Takeshi Sakamoto
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 1790 ページ: 020024-020024

    • DOI

      10.1063/1.4968650

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Oxidative Dearomatic Cyclization of N-Substituted Benzanilide Derivatives: Conformational Effect of Amide Groups on the Reaction2016

    • 著者名/発表者名
      Kousuke Hayashi, Jun Takayama, Meiyan Xuan, Misaki Suda, Hiroyuki Teramae, Takeshi Sakamoto
    • 雑誌名

      Heterocycles

      巻: 92 ページ: 1785-1786

    • NAID

      40020980903

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Ab Initio Electronic Structure Calculation of Polymononucleotide, a Model of B-type DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Yuriko Aoki
    • 学会等名
      ICCMSE2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] フェルラ酸のフリーラジカル消去能に関する理論的研究2018

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之,玄美燕, 山下司, 高山淳, 岡﨑真理, 坂本武史
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Ab Initio Calculation of Polymononucleotide, a Model of B-type DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Yuriko Aoki
    • 学会等名
      French-Japanese Workshop on Computational Methods in Chemistry
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Ab Initio Study of Polymononucleotide as a Model of B-type DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Yuriko Aoki
    • 学会等名
      ICQC2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] モデルDNAのHartree-Fock計算(2)2018

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、青木百合子
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] フェルラ酸の抗酸化作用の置換基効果に関する理論的研究2018

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之,玄美燕, 山下司, 高山淳, 岡﨑真理, 坂本武史
    • 学会等名
      ケモインフォマティクス討論会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 結晶軌道法によるモデルDNAの電子状態計算2018

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之
    • 学会等名
      琉球大学計算科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] An Attempt at Ab Initio Crystal Orbital Calculation of Electronic Structure of B-type model-DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Yuriko Aoki
    • 学会等名
      ICCMSE2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Ab initio crystal orbital calculation of electronic structure of B-type model-DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Yuriko Aoki
    • 学会等名
      WATOC 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Ab initio calculations on polymononucleotide and polydinucleotides as model of B-type DNA polymers.2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Yuriko Aoki
    • 学会等名
      EUCO-TCC 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] フェルラ酸の抗酸化作用に関する理論的研究2017

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、湯川満、加藤洋介、高山淳、坂本武史
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2017年春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] モデルDNAのHartree-Fock計算2017

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、青木百合子
    • 学会等名
      分子科学討論会2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAの電子状態計算2017

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、青木百合子
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2017年秋季年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] フェルラ酸の抗酸化作用に関する理論的研究2017

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、加藤洋介、高山淳、坂本武史
    • 学会等名
      第40回ケモインフォマティクス討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Hamiltonian Algorithm Study of Aromatic Oxidative Cyclization on 2-Azaspiro Ring Compounds2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Kousuke Hayashi, Jun Takayama,Takeshi Sakamoto
    • 学会等名
      Stereodynamics 2016
    • 発表場所
      Taipei, Taiwan
    • 年月日
      2016-11-06
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 結晶軌道法によるDNAのHartree-Fock計算の試み2016

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、青木百合子
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2016年秋季年会
    • 発表場所
      島根
    • 年月日
      2016-10-22
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 拡張基底関数依存性について2016

    • 著者名/発表者名
      平野恒夫, 長嶋雲兵, 寺前裕之, 長岡伸一
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2016年秋季年会
    • 発表場所
      島根
    • 年月日
      2016-10-22
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 2-アザスピロ環化合物における閉環反応の理論的研究2016

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、林 浩輔、高山淳、坂本武史
    • 学会等名
      第39回ケモインフォマティクス討論会
    • 発表場所
      浜松
    • 年月日
      2016-09-29
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 2-アザスピロ環化化合物の安定構造の理論的研究2016

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、林浩輔、高山淳、坂本武史
    • 学会等名
      分子科学討論会2016
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2016-09-13
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Hamiltonian Algorithm Study of Aromatic Oxidative Cyclization on N-Methoxy-N-Prenylbenzamide2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Teramae, Kousuke Hayashi, Jun Takayama,Takeshi Sakamoto
    • 学会等名
      12th Europian Conference on Atoms, Molecules and Photons (ECAMP12)
    • 発表場所
      Frankfurt, Germany
    • 年月日
      2016-09-05
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 2-アザスピロ環化化合物の安定構造の理論的研究2016

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之、須田岬、林浩輔、高山淳、坂本武史
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2016年春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-06-02
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 高次元アルゴリズムによる2-アザスピロ環化化合物の安定構造の理論的2016

    • 著者名/発表者名
      寺前裕之
    • 学会等名
      第4回三重大学CUTEシンポジウム
    • 発表場所
      津
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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