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水を反応場とするグリーンケミストリーの計算化学

研究課題

研究課題/領域番号 16K05675
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 物理化学
研究機関国立研究開発法人日本原子力研究開発機構

研究代表者

志賀 基之  国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究主幹 (40370407)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2019年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2018年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2017年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2016年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードグリーンケミストリー / 計算化学 / 水 / 化学反応 / 第一原理計算 / 水溶液 / 反応機構 / 有機反応 / 第一原理分子動力学 / 分子動力学
研究成果の概要

グリーンケミストリーの観点から、豊富で毒性のない水の利用が注目され、水溶液を用いた反応制御技術が進歩してきた。よりよい反応設計のためには、水溶液中で反応がどのように進行し、水の果たす役割について詳しい知見を要するが、既存の実験手法では限界もある。そこで、本研究では計算化学的手法を用いて、高温水中の有機反応における詳細な反応メカニズムと、水の果たす役割を解明した。この研究を通じて、マルチスケール分子動力学法や第一原理分子動力学法を用いた新たな溶液反応自由エネルギー計算技術を確立した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

この計算化学的研究によって、高温水中における有機反応の詳細な反応機構と、水の果たす役割への理解が飛躍的に進んだ。特に、温度や酸性度など、様々な実験条件において反応速度が変化する原因を突き止めることができた。今後、計算結果から高温水中における新たな有機合成ルートを探査、予測し、実験で実証可能なものを導き出す可能性に繋がった。また、溶液反応自由エネルギー計算技術は、高温水のみならず、幅広い応用が期待できる。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (55件)

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (8件) 雑誌論文 (15件) (うち国際共著 4件、 査読あり 15件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 8件、 招待講演 16件) 備考 (6件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [国際共同研究] バルセロナ大学(スペイン)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] ニューヨーク大学(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] ニューヨーク大学(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] バルセロナ大学(スペイン)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Barcelona(スペイン)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] New York University(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Indian Institute of Technology Kanpur(インド)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Barcelona(Spain)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Nuclear quantum effect for hydrogen adsorption on Pt(111)2020

    • 著者名/発表者名
      Lei Yan, Yoshiyuki Yamamoto, Motoyuki Shiga, Osamu Sugino
    • 雑誌名

      Physical Review B

      巻: 101 号: 16

    • DOI

      10.1103/physrevb.101.165414

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Photoabsorption Spectra of Aqueous Oxyluciferin Anions Elucidated by Explicit Quantum Solvent2019

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Yoshifumi、Hiyama Miyabi、Shiga Motoyuki、Akiyama Hidefumi、Sugino Osamu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 15 号: 10 ページ: 5474-5482

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.9b00392

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unraveling anomalous isotope effect on hydrogen diffusivities in fcc metals from first principles including nuclear quantum effects2019

    • 著者名/発表者名
      Kimizuka Hajime、Ogata Shigenobu、Shiga Motoyuki
    • 雑誌名

      Physical Review B

      巻: 100 号: 2 ページ: 024104-024104

    • DOI

      10.1103/physrevb.100.024104

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Understanding Competition of Polyalcohol Dehydration Reactions in Hot Water2019

    • 著者名/発表者名
      Chang Yong Lik、Sasaki Takehiko、Ribas-Ari?o Jordi、Machida Masahiko、Shiga Motoyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 123 号: 7 ページ: 1662-1671

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b11615

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Ab initio quantum mechanics/molecular mechanics method with periodic boundaries employing Ewald summation technique to electron-charge interaction: Treatment of the surface-dipole term2019

    • 著者名/発表者名
      Yukio Kawashima, Kazuya Ishimura, Motoyuki Shiga
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 150 号: 12 ページ: 124103-124103

    • DOI

      10.1063/1.5048451

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Finding Free-Energy Landmarks of Chemical Reactions2018

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga, Mark E Tuckerman
    • 雑誌名

      The journal of physical chemistry letters

      巻: 9 号: 21 ページ: 6207-6214

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b01958

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantum Simulation Verifies the Stability of an 18‐Coordinated Actinium–Helium Complex2018

    • 著者名/発表者名
      Eiki Ozama, Sadia Adachi, Toshiyuki Takayanagi, Motoyuki Shiga
    • 雑誌名

      Chemistry: A European Journal

      巻: 24 号: 48 ページ: 12716-12721

    • DOI

      10.1002/chem.201802554

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nuclear quantum effects of light and heavy water studied by all-electron first principles path integral simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Machida Masahiko、Kato Koichiro、Shiga Motoyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 148 号: 10 ページ: 102324-102324

    • DOI

      10.1063/1.5000091

    • NAID

      120006708276

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of fast lattice diffusion of hydrogen in palladium: Interplay of quantum fluctuations and lattice strain2018

    • 著者名/発表者名
      Kimizuka Hajime、Ogata Shigenobu、Shiga Motoyuki
    • 雑誌名

      Physical Review B

      巻: 97 号: 1

    • DOI

      10.1103/physrevb.97.014102

    • NAID

      120006731609

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photoexcited Ag ejection from a low-temperature He cluster: a simulation study by nonadiabatic Ehrenfest ring-polymer molecular dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Seki Yusuke、Takayanagi Toshiyuki、Shiga Motoyuki
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 19 号: 21 ページ: 13798-13806

    • DOI

      10.1039/c7cp00888k

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The effect of dynamical fluctuations of hydration structures on the absorption spectra of oxyluciferin anions in an aqueous solution2017

    • 著者名/発表者名
      Miyabi Hiyama, Motoyuki Shiga, Nobuaki Koga, Osamu Sugino, Hidefumi Akiyama and Yoshifumi Noguchi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 19 号: 15 ページ: 10028-10035

    • DOI

      10.1039/c7cp01067b

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] マルチスケール法:複雑分子系の計算科学2017

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 雑誌名

      日本物理学会誌

      巻: 72 ページ: 772-773

    • NAID

      130007431139

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Reaction Mechanism of Polyalcohol Dehydration in Hot Pressurized Water2016

    • 著者名/発表者名
      S. Ruiz-Barragan, J. Ribas-Arino, M. Shiga
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 18 号: 47 ページ: 32438-32447

    • DOI

      10.1039/c6cp05695d

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Reverse Stability of Oxyluciferin Isomers in Aqueous Solutions2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshifumi Noguchi, Miyabi Hiyama, Motoyuki Shiga, Osamu Sugino, and Hidefumi Akiyama
    • 雑誌名

      The Journal of Physics Chemistry B

      巻: 120 号: 34 ページ: 8776-8783

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.6b04963

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Effects of temperature and isotopic substitution on electron attachment dynamics of guanine-cytosine base pair: Ring-polymer and classical molecular dynamics simulations2016

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Minoshima, Yusuke Seki, Toshiyuki Takayanagi, Motoyuki Shiga
    • 雑誌名

      Chemical Physics

      巻: 472 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2016.02.019

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Nuclear Quantum Effects of Hydrogen in Materials2020

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      1st International Symposium Hydrogenomics combined with 14th International Symposium Hydrogen & Energy,
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] PIMD hands on tutorial2020

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      東京大学物性研究所セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Recent Advances in Quantum Simulations of Aqueous Solutions II2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      東京大学生産技術研究所セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ab initio Molecular Simulations of Hydrogen Bonded Systems2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      Seminar at Department of Chemistry New York University
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 水素系の新しい第一原理計算法の開発と応用2019

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      第2回ハイドロジェノミクス研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおけるレア・イベント解析手法2019

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      大阪大学大学院基礎工学研究科機能創成セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Recent Advances in Quantum Simulations of Aqueous Solutions2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      原子力機構先端基礎セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Introduction to path integral simulations2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      大阪大学大学院工学研究科精密科学・応用物理学専攻セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Basics of biased sampling, umbrella sampling, WHAM, Bluemoon ensemble, quantum effects2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      Free Energy Calculations For Chemical And Biological Systems
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 自由エネルギー面上の化学反応経路探索2018

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      第12回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Locating Free Energy Landmarks of Chemical Reactions2018

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      3rd International Symposium on Research and Education of Computational Science
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 水素の量子効果を考慮した第一原理計算2018

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      第15回 水素量子アトミクス研究会 / 第1回ハイドロジェノミクス研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 自由エネルギー面上における停留点の探索法2018

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      第32回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Finding Free Energy Landmarks of Reactions in Solution2018

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      IQTC seminar, University of Barcelona
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Ab initio simulations of hexanediol dehydration reaction in water2018

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      Indo-Japan Conference: New Insights into Multifunctional Catalysis for Biomass Transformations
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 溶液反応の計算法:ポリアルコール脱水反応を例として2018

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      岩手大学理工学部応用化学・生命理工学科セミナー
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 並列分子シミュレーションコード PIMD の開発と応用2018

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      NTChemワークショップ2018
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 並列分子シミュレーションコード PIMD について2017

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      第20回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] QM/MM molecular dynamics of open boundary systems2017

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      北大理論化学セミナー
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Free Energy Landmark Search For Chemical Reactions2017

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      Recent Advances in Modelling Rare Events 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A QM/MM method for open boundary systems II2016

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      Joint seminar at NYU Shanghai and China East Normal University
    • 発表場所
      NYU Shanghai, 中国上海市
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A QM/MM method for open boundary systems I2016

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Simulation 2016
    • 発表場所
      Crown Plaza Hotel Shanghai, 中国上海市
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Exploration of rare events based on ab initio simulations2016

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      International Workshop on Frontiers in Molecular Biophysics
    • 発表場所
      NYU Shanghai, 中国上海市
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A theoretical study of hexanediol dehydration reaction2016

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      32nd Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
    • 発表場所
      大宮ソニックシティ、埼玉県さいたま市
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 高温水における多価アルコール脱水反応に関する理論的研究2016

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      第19回理論化学討論会
    • 発表場所
      早稲田大学大久保キャンパス、東京都新宿区
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [備考] 志賀基之の公式ページ

    • URL

      https://ccse2.jaea.go.jp/Simu/?%E5%BF%97%E8%B3%80+%E5%9F%BA%E4%B9%8B

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 分子シミュレーションコード PIMD

    • URL

      https://ccse.jaea.go.jp/ja/download/pimd/index.jp.html

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [備考] 並列分子シミュレーションコード PIMD のホームページ(英語版)

    • URL

      https://ccse.jaea.go.jp/ja/download/pimd/index.en.html

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 並列分子シミュレーションコード PIMD のホームページ(日本語版)

    • URL

      https://ccse.jaea.go.jp/ja/download/pimd/index.jp.html

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 並列分子シミュレーションコード PIMD のホームページ(英語版)

    • URL

      http://ccse.jaea.go.jp/ja/download/pimd/index.en.html

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [備考] 並列分子シミュレーションコード PIMD のホームページ(日本語版)

    • URL

      http://ccse.jaea.go.jp/ja/download/pimd/index.jp.html

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会・シンポジウム開催] Recent Advances in Modelling Rare Events 20172017

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-02-21  

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