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Dystrophin intron retention analysis to identify new targets for Antisense Oligonucleotide mediated RNA modulation in Rhabdomyosarcoma

研究課題

研究課題/領域番号 16K07216
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 ゲノム医科学
研究機関神戸大学 (2017-2018)
神戸学院大学 (2016)

研究代表者

ニバ タベ・エマ・エコ  神戸大学, 医学研究科, 助教 (00727810)

研究分担者 松尾 雅文  神戸学院大学, 総合リハビリテーション学部, 特命教授 (10157266)
研究協力者 粟野 博之  
西村 範行  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードSplicing、 / Intron retention, / Dystrophin, / Antisense oligo, / Rhabdomyosarcoma / splicing, / intron retention, / dystrophin, / antisense chemistry, / rhabdomyosarcoma, / tumor, / tumor suppressor gene, / Dystrophin / Intron retention / Splicing / AO therapy
研究成果の概要

ここで横紋筋肉腫の腫瘍抑制因子としてジストロフィンの重要性を理解することを目的としていました。
このプロジェクトにおいて、出願者らは、ジストロフィンイントロン保持が横紋筋肉腫形成の重要な要因であることを示した。 彼らは次に、この保持されたイントロンの除去を標的とするアンチセンスオリゴを設計した。 留置先の廃止は成功しました。 さらに、それらは、イントロン保持を廃止し、ジストロフィンアイソフォームのジストロフィン産生を増加させることを示した。さらに、横紋筋肉腫の細胞増殖は、イントロン保持が廃止されると劇的に減少した。
それらは、アンチセンスの細胞特異性、感度および種特異性を同様に証明した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

This project will be the first of its kind to use DMD Intron retention (IR) analysis to search for new therapeutic targets in Rhabdomyosarcoma (RMS. It will advance the scientific knowledge of DMD genetic impact on RMS formation, IR as a novel mechanism of RMS formation and Antisense therapy in RMS.

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 5件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 7件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 5件)

  • [雑誌論文] Detection of Dystrophin Dp71 in Human Skeletal Muscle Using an Automated Capillary Western Assay System2018

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi T*, Niba ETE*, Rani AQM, Onishi Y, Koizumi M, Awano
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Science

      巻: 19 (6) 号: 6 ページ: 1546-1546

    • DOI

      10.3390/ijms19061546

    • NAID

      120006496733

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Intron-retained transcripts of the spinal muscular atrophy genes, SMN1 and SMN2.2018

    • 著者名/発表者名
      Harahap NIF, Niba ETE, Ar Rochmah M, Wijaya YOS, Saito T, Saito K, Awano H, Morioka I, Iijima K, Lai PS, Matsuo M, Nishio H, Shinohara M.
    • 雑誌名

      Brain & Devwlopment

      巻: 40 号: 8 ページ: 670-677

    • DOI

      10.1016/j.braindev.2018.03.001

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] DMD transcripts in CRL-2061 rhabdomyosarcoma cells show high levels of intron retention by intron-specific PCR amplification2017

    • 著者名/発表者名
      Niba ETE, Yamanaka R, Rani AQM, Awano H, Matsumoto M, Nishio H, Matsuo M
    • 雑誌名

      Cancer Cell international

      巻: 17 号: 1 ページ: 58-73

    • DOI

      10.1186/s12935-017-0428-4

    • NAID

      120006373783

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] New, improved version of the mCOP-PCR screening system for detection of spinal muscular atrophy Gene (SMN1) deletion.2017

    • 著者名/発表者名
      Shinohara M, Ar Rochmah M, Nakanishi K, Harahap NIF, Niba ETE, Saito T, Saito K, Takeuchi A, Bouike Y, Nishio H
    • 雑誌名

      Kobe J Med Sci

      巻: 63(2)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genetic screening of spinal muscular atrophy using a real-time modified COP-PCR technique with dried blood-spot DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Ar Rochmah M, Harahap NIF, Niba ETE, Nakanishi K, Awano H, Morioka I, Iijima K, Saito T, Saito K, Lai PS, Takeshima Y, Takeuchi A, Bouike Y, Okamoto M, Nishio H, Shinohara M
    • 雑誌名

      Brain Dev.

      巻: 39(9) 号: 9 ページ: 774-782

    • DOI

      10.1016/j.braindev.2017.04.015

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] SMA diagnosis: Detection of SMN1 deletion with real-time mCOP-PCR system using fresh blood DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Niba ETE, Ar Rochmah M, Harahap NIF, Awano H, Morioka I, Iijima K, Saito T, Saito K, Takeuchi A, Lai PS, Bouike Y, Nishio H, Shinohara M.
    • 雑誌名

      Kobe J Med Sci

      巻: 63(3)

    • NAID

      120006373838

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Gender effects on the clinical phenotype in Japanese patients with spinal muscular atrophy.2017

    • 著者名/発表者名
      Ar Rochmah M, Shima A, Harahap NIF, Niba ETE, Morisada N, Yanagisawa S, Saito T, Kaneko K, Saito K, Morioka I, Iijima K, Lai PS, Bouike Y, Nishio H, Shinohara M
    • 雑誌名

      Kobe J Med Sci

      巻: 63(2)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryptic splice activation but not exon skipping is observed in minigene assays of dystrophin c.9361+1G4A mutation identified by NGS2017

    • 著者名/発表者名
      Emma Tabe Eko Niba
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 1-7 号: 5 ページ: 531-537

    • DOI

      10.1038/jhg.2016.162

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] DMD transcripts in CRL-2061 rhabdomyosarcoma cells show high levels of intron retention by intron-specific PCR amplification2017

    • 著者名/発表者名
      Emma Tabe Eko Niba
    • 雑誌名

      Cancer cell International

      巻: -

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] DMD transcription profiling in spontaneously developed tumor from three mdx mice revealed extensive intron retentions and Dp71 isoform expression2018

    • 著者名/発表者名
      Emma E.T. Niba, Noriyuki Nishimura, Satoru Takafuji, Khin Kyae Mon Thwin, Nobuyuki Yamamoto, Hiroyuki Awano, Shoji Fukushima, Kyoko Itoh, Hisahide Nishio, Masafumi Matsuo
    • 学会等名
      American Society of Cell Biology
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Glioma from a DMD patient exhibits differential splicing pattern including exon 71 skipping and intron 40 retention2018

    • 著者名/発表者名
      : Emma E.T. Niba, Hiroyuki Awano, Masashi Nagai, Masaaki Taniguchi, Rani Adul Qawee, Masakazu Shinohara, Hisahide Nishio, Masafumi Matsuo
    • 学会等名
      Molecular Biology Society of Japan
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Spontaneous development of spindle cell sarcoma in mdx mice2018

    • 著者名/発表者名
      : Satoru Takafuji, Emma Niba, Khin Kyae Mon Thwin, Nobuyuki Yamamoto, Hiroyuki Awano, Suguru Uemura, Takeshi Mori, Shoji Fukushima, Kyoko Itoh, Hisahide Nishio, Masafumi Matsuo, Kazumoto Iijima, Noriyuki Nishimura
    • 学会等名
      International Society of Pediatric Oncology
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dystrophin Dp427 is lost due to multiple DMD intron retentions in rhabdomyosarcoma CRL-2061 cells2017

    • 著者名/発表者名
      Emma Tabe Eko Niba1,3, Ryo Yamanaka1, Abdul Qawee Mahyoob Rani1, Hiroyuki Awano2, Masaaki Matsumoto2, Hisahide Nishio3, Masafumi Matsuo1
    • 学会等名
      22nd international congress of the WORLD MUSCLE SOCIETY
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Multi-intron retentions in DMD transcripts in CRL-2061 rhabdomyosarcoma cells identified by intron specific RT-PCR amplification2017

    • 著者名/発表者名
      Emma Tabe Eko Niba1,2, Ryo Yamanaka2, Abdul Qawee Mahyoob Rani2, Hiroyuki Awano3, Masaaki Matsumoto3, Hisahide Nishio1, Masafumi Matsuo2
    • 学会等名
      Japan Society of Human Genetics
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Irregular transcription of the dystrophin gene in colon cancer HCT-116 cell line: no conventional transcript but 6 transcripts with intron retention out of 9 examined short introns2016

    • 著者名/発表者名
      Emma Tabe Eko Niba
    • 学会等名
      Molecular Biology Society of Japan
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Cryptic splice site activation by a splice donor site mutation of dystrophin intron 64 is determined by intronic splicing regulatory elements2016

    • 著者名/発表者名
      Emma Tabe Eko Niba
    • 学会等名
      21st international congress of the WORLD MUSCLE SOCIETY
    • 発表場所
      Granada - Spain
    • 年月日
      2016-10-04
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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