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統合的網羅解析によるポリA分解酵素の機能解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K07241
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 分子生物学
研究機関北海道大学

研究代表者

千葉 由佳子  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (70509546)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2017年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2016年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードポリA分解酵素 / シロイヌナズナ / 統合的網羅解析 / ポリA鎖 / mRNA分解 / 翻訳制御 / mRNA分解 / 植物 / 発現制御 / バイオマス / ポリA鎖
研究成果の概要

シロイヌナズナのポリA分解酵素の機能と役割を理解するためには,その標的遺伝子の単離が不可欠である。本研究ではポリA鎖長,翻訳効率およびRNA蓄積量の網羅解析をポリA分解酵素の変異株を用いて行うことで,ポリA分解酵素の標的遺伝子のみいだし,さらにmRNA量と翻訳効率のどちらに影響を与えているのか明らかにすることを目指した。実験系の確立を進め,翻訳効率のおよびRNA蓄積量の網羅解析に関しては良好なデータを得ている。ポリA鎖長の網羅解析については予備実験の段階であるが,すべてのデータが揃うことによって植物のポリA鎖長制御の生理学的意義の理解が進むことが期待できる。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ポリA鎖長の網羅解析,翻訳効率の網羅解析およびRNA蓄積量の網羅解析の統合は,現在,困難を極めているポリA分解酵素の標的遺伝子の同定を容易にし,同時にポリA鎖長を介した転写後制御に関する知見を飛躍的に増加させる。本研究は植物におけるその最初の挑戦であった。ポリA分解酵素は複数種類見つかることが多く,各酵素の機能がどのようにコーディネートされているのか,あるいは,その機能の生理学上の重要性は何であるのかは,これから解明されるべき重要な課題である。シロイヌナズナの他のポリA分解酵素においても,それぞれの変異株で同様の解析をおこなうことで,各酵素の役割分担を明らかにすることができる。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 9件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Identification of Arabidopsis CCR4-NOT complexes with Pumilio RNA binding proteins, APUM5 and APUM22019

    • 著者名/発表者名
      Arae T., Morita K., Imahori R., Suzuki Y., Yasuda S., Sato T., Yamaguchi J., and *Chiba Y.
    • 雑誌名

      Plant Cell. Physiol.

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Involvement of the membrane-localized ubiquitin ligase ATL8 in sugar starvation response in Arabidopsis2019

    • 著者名/発表者名
      Luo, Y., Aoyama, S., Fukao, Y., Chiba, Y., Sato, T., and *Yamaguchi, J.
    • 雑誌名

      Plant Biotech.

      巻: 印刷中

    • NAID

      130007672660

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synchronized expression of FLOWERING LOCUS T between branches underlies mass flowering in Fagus crenata2018

    • 著者名/発表者名
      Satake Akiko、Kawatsu Kazutaka、Chiba Yukako、Kitamura Keiko、Han Qingmin
    • 雑誌名

      Population Ecology

      巻: 61 号: 1 ページ: 5-13

    • DOI

      10.1002/1438-390x.1010

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Co-ordinated Regulations of mRNA Synthesis and Decay during Cold Acclimation in Arabidopsis Cells2017

    • 著者名/発表者名
      Arae Toshihiro、Isai Shiori、Sakai Akira、Mineta Katsuhiko、Yokota Hirai Masami、Suzuki Yuya、Kanaya Shigehiko、Yamaguchi Junji、Naito Satoshi、Chiba Yukako
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 58 号: 6 ページ: 1090-1102

    • DOI

      10.1093/pcp/pcx059

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Membrane-localized ubiquitin ligase ATL15 functions in sugar-responsive growth regulation in Arabidopsis2017

    • 著者名/発表者名
      Aoyama Shoki、Terada Saki、Sanagi Miho、Hasegawa Yoko、Lu Yu、Morita Yoshie、Chiba Yukako、Sato Takeo、Yamaguchi Junji
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 491 号: 1 ページ: 33-39

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2017.07.028

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] mRNA分解制御から植物の環境ストレス応答を考える2017

    • 著者名/発表者名
      鈴木悠也,南雲亜希子,荒江星拓,千葉由佳子
    • 雑誌名

      生物科学 特集号,「植物RNA代謝制御研究の最前線:植物の在り方をRNAから読み解く」

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Minimum Open Reading Frame, AUG-Stop, Induces Boron-Dependent Ribosome Stalling and mRNA Degradation.2016

    • 著者名/発表者名
      Tanaka M., Sotta N., Yamazumi Y., Yamashita Y., Miwa K., Murota K., Chiba Y., Hirai Y. M., Akiyama T., Onouchi H., Naito S., and Fujiwara T.
    • 雑誌名

      The Plant Cell

      巻: 28 ページ: 2830-2849

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Physiological effects of Arabidopsis deadenylases, AtCCR4a/b, components of the AtCCR4-NOT complex2019

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Y., Nagumo A., Arae T., Hirai M.Y., McClung C.R., Green P. J.,4, Yamaguchi J., Chiba Y.
    • 学会等名
      Post-transcriptional gene regulation in plants
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Identification of Arabidopsis CCR4-NOT complexes with variable combinations of deadenylase subunits2019

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Arae, Riko Imahori, Yuya Suzuki and Yukako Chiba
    • 学会等名
      60th Annual Meeting of JSPP
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Characterizations of Arabidopsis mutants deficient in deadenylases or RNA binding protein, APUM5 under stress conditions2019

    • 著者名/発表者名
      Kotone Morita, Toshihiro Arae, Yuya Suzuki, Yukako Chiba
    • 学会等名
      60th Annual Meeting of JSPP
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 植物における翻訳レベルの代謝制御2018

    • 著者名/発表者名
      千葉由佳子
    • 学会等名
      理研シンポジウム「植物の代謝制御と化学生物学の新展開」
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] シロイヌナズナCCR4-NOT複合体を構成する脱アデニル化酵素およびその標的認識に関わるRNA結合タンパク質の同定2018

    • 著者名/発表者名
      荒江 星拓,森田 琴音,鈴木 悠也,千葉 由佳子
    • 学会等名
      第59回 日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナのポリA分解酵素AtCCR4a/4bは概日時計の維持に重要である2018

    • 著者名/発表者名
      南雲 亜希子, 鈴木 悠也, 平井 優美, 高橋 明格, 山本 雅, 千葉 由佳子
    • 学会等名
      第59回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 環境ストレス条件下におけるRNA結合タンパク質APUM5およびポリA鎖除去酵素欠損変異株の表現型解析2018

    • 著者名/発表者名
      森田 琴音, 荒江 星拓, 鈴木 悠也, 千葉 由佳子
    • 学会等名
      第59回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Physiological events regulated by AtCCR4a/b deadenylases, components of the CCR4-NOT complex in Arabidopsis.2018

    • 著者名/発表者名
      Yuya Suzuki, Toshihiro Arae, Akiko Nagumo, Kotone Morita, Masami Y. Hirai, C. Robertson McClung, Pamela J. Green, Junji Yamaguchi, Yukako Chiba
    • 学会等名
      59th Annual Meeting of JSPP
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] シロイヌナズナCCR4-NOT複合体サブユニットと標的認識に働くRNA結合タンパク質の探索と同定2017

    • 著者名/発表者名
      荒江星拓,鈴木悠也,千葉由佳子
    • 学会等名
      第58回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      鹿児島大学 (鹿児島県・鹿児島市)
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] ホウ素輸送体NIP5;1における5’UTRに存在するAUGUAAを介した転写制御機構の可能性2017

    • 著者名/発表者名
      田中真幸,反田直之,千葉由佳子,尾之内均,内藤哲,藤原徹
    • 学会等名
      第58回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      鹿児島大学 (鹿児島県・鹿児島市)
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナの脱アデニル化酵素AtCCR4Cの発芽における機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      宮島柾記,鈴木悠也,千葉由佳子
    • 学会等名
      第58回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      鹿児島大学 (鹿児島県・鹿児島市)
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Poly(A) status of clock genes is important for robust circadian rhythm in Arabidopsis.2017

    • 著者名/発表者名
      Yuya Suzuki, Akiko Nagumo, Masami Y. Hirai, C. Robertson McClung, Pamela J. Green, Yukako Chiba
    • 学会等名
      Strategies of plants and animals on environmental response/adaptation.
    • 発表場所
      Okayama Univ. (Okayama, Okayama)
    • 年月日
      2017-03-09
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Coordinated regulations of mRNA synthesis and degradation during cold acclimation in Arabidopsis.2017

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Arae, Shiori Isai, Akira Sakai, Katsuhiko Mineta, Masami Y. Hirai, Yuya Suzuki, Shigehiko Kanaya, Junji Yamaguchi, Satoshi Naito, and Yukako Chiba
    • 学会等名
      Environmental Stress Adaptation and Memory in Plants.
    • 発表場所
      RIKEN (Kanagawa, Yokohama)
    • 年月日
      2017-02-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シロイヌナズナCCR4-NOT複合体を構成する脱アデニル化酵素とその標的認識に関わるRNA結合タンパク質の同定2017

    • 著者名/発表者名
      荒江 星拓,鈴木 悠也,千葉 由佳子
    • 学会等名
      第19回 日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Poly(A) status of clock genes were modulated by AtCCR4a/b deadenylases, components of the CCR4-NOT complex in Arabidopsis.2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Suzuki, A. Nagumo, T. Arae, M. Y. Hirai, C. R. McClung, P. J. Green, J. Yamaguchi, Y. Chiba
    • 学会等名
      Cutting edge developments in RNA biology for the control of gene expression
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シロイヌナズナCCR4-NOT複合体を構成する脱アデニル化酵素の同定と標的認識に関わるRNA結合タンパク質の機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      荒江 星拓,森田 琴音,鈴木 悠也,千葉 由佳子
    • 学会等名
      第40回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナCCR4-NOT複合体を構成する脱アデニル化酵素の同定と標的認識に関わるRNA結合タンパク質の探索2017

    • 著者名/発表者名
      荒江 星拓,森田 琴音,鈴木 悠也,千葉 由佳子
    • 学会等名
      第7回 植物RNA研究者ネットワークシンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナ概日時計におけるポリA鎖長制御の重要性2017

    • 著者名/発表者名
      南雲 亜希子, 鈴木 悠也, 平井 優美, C. Robertson McClung, Pamela J. Green, 高橋 明格, 山本 雅, 千葉 由佳子
    • 学会等名
      第7回 植物RNA研究ネットワークシンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Interactome analysis of Arabidopsis deadenylases, AtCCR4a/4b, determined a large CCR4-NOT complex.2016

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Arae, Yuya Suzuki, Yukako Chiba
    • 学会等名
      9th Annual Meeting of the molecular bioilogy society of Japan.
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama (Kanagawa, Yokohama)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Cytoplasmic deadenylases AtCCR4a/4b are involved in the regulation of circadian clock gene expression in Arabidopsis.2016

    • 著者名/発表者名
      Akiko Nagumo, Yuya Suzuki, Masami Y. Hirai, C. Robertson McClung, Pamela J. Green, Yukako Chiba
    • 学会等名
      39th Annual Meeting of the molecular bioilogy society of Japan.
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama (Kanagawa, Yokohama)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Physiological impacts of AtCCR4a/4b deadenylases, components of the CCR4-NOT complex in Arabidopsis.2016

    • 著者名/発表者名
      Yuya Suzuki, Akiko Nagumo, Toshihiro Arae, Masami Y. Hirai, Robertson McClung, Pamela J. Green, Junji Yamaguchi, Yukako Chiba
    • 学会等名
      89th Annual Meeting of the Japanese Biochemistry Society.
    • 発表場所
      Sendai International Center (Miyagi, Sendai)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Boron dependent stall of ribosome at AUG-Stop in the 5’ UTR of the Arabidopsis NIP5;1 gene encoding boron transporter required for efficient B uptake from soil.2016

    • 著者名/発表者名
      Mayuki Tanaka, Naoyuki Sotta,Kyoko Miwa, Katsunori Murota, Yui Yamashita, Yukako Chiba, Hitoshi Onouchi, Satoshi Naito, Toru Fujiwara
    • 学会等名
      Ribosome structure and function
    • 発表場所
      Strasbourg (France)
    • 年月日
      2016-07-06
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Endocycle acceleration in the mutants of Arabidopsis deadenylases, AtCCR4a/4b2016

    • 著者名/発表者名
      Yuya Suzuki, Pamela J. Green, Junji Yamaguchi, Yukako Chiba:
    • 学会等名
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • 発表場所
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Multiple deadenylases form a large AtCCR4-NOT complex in Arabidopsis2016

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Arae, Yuya Suzuki, Yukako Chiba
    • 学会等名
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • 発表場所
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Poly(A) length of clock genes modulated by Arabidopsis deadenylases, AtCCR4a/4b is critical for the robust oscillation2016

    • 著者名/発表者名
      Akiko Nagumo, Yuya Suzuki, Masami Y. Hirai, C. Robertson McClung, Pamela J. Green4 Yukako Chiba
    • 学会等名
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • 発表場所
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Boron-dependent ribosome stalling at AUGUAA, a minimum uORF, downregulates NIP5;1 expression in Arabidopsis thaliana.2016

    • 著者名/発表者名
      Mayuki Tanaka, Naoyuki Sotta, Kyoko Miwa, Yukako Chiba, Hitoshi Onouchi, Satoshi Naito, Toru Fujiwara
    • 学会等名
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • 発表場所
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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