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中性子構造解析を中心とした多角的な手法によるビリン還元酵素の反応機構解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K07261
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関茨城大学

研究代表者

海野 昌喜  茨城大学, 理工学研究科(工学野), 教授 (10359549)

研究分担者 森 聖治  茨城大学, 理工学研究科(理学野), 教授 (50332549)
久保 稔  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (90392878)
研究協力者 五十嵐 啓介  
堀江 和輝  
池田 篤史  
萩原 義徳  
杉島 正一  
和田 啓  
日下 勝弘  
矢野 直峰  
野村 高志  
成川 礼  
吾郷 友宏  
平田 邦生  
吾郷 日出夫  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード中性子結晶構造解析 / ビリン還元酵素 / 光合成色素 / 水素原子 / プロトン / 分光学 / 反応機構 / 結晶成長 / 酵素 / プロトン化状態 / 変異体 / 水素化状態 / 中性子
研究成果の概要

フェレドキシン依存性ビリン還元酵素の一つPcyAは、ヘム分解産物であるビリベルジン(BV)からフィコシアノビリンを生合成する酵素である。この反応は二か所を順を追って二段階で各2電子還元・2プロトン化(計4電子と4つのプロトンを使って還元)する。この特異な反応機構を水素原子レベルで解明するべく、PcyAの反応中間体や変異体の中性子結晶構造解析を目指した。2つの変異体(I86D, D105N)について、結晶大型化に成功し、中性子回折実験を行って、それぞれ1.6Å分解能に相当する中性子回折データを得た。両構造に関して精密化を行っているが、BVのプロトン化状態に違いが見られた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

この酵素により生合成される色素は、光合成に使わる色素の一つであり、また、光センサーとしても機能していることが知られている。この色素の合成機構を理解することは、人工的に合成することにも応用可能である。PcyA変異体では、フィコシアノビリンとは異なる状態で反応が止まり、その中間体は特異な吸収スペクトルを示す。吸収スペクトルが異なるということは、吸収する光の波長(すなわちエネルギー領域)が異なることを意味し、太陽光の効率的な利用に有用である。今回の研究で得られた結果は、近い将来にPcyAの反応機構を明らかにするための実験的なデータとして使われ、類縁構造を持った色素の開発につながる可能性もある。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 3件、 査読あり 8件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 3件、 招待講演 5件) 備考 (6件)

  • [国際共同研究] Technische University Munchen(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Technische Universität München(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Bilin-metabolizing Enzymes: Site-specific Reductions Catalyzed by Two Different Type of Enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Sugishima, M., Wada, K., Unno, M., Fukuyama, K.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 59 ページ: 73-80

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2019.03.005

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Growth of a Bilin Reductase PcyA I86D Mutant-Substrate Complex for Neutron Crystallography2018

    • 著者名/発表者名
      Igarashi Keisuke、Hagiwara Yoshinori、Sugishima Masakazu、Wada Kei、Fukuyama Keiichi、Ikeda Atsushi、Yano Naomine、Kusaka Katsuhiro、Ostermann Andreas、Unno Masaki
    • 雑誌名

      Crystal Growth & Design

      巻: 18 号: 9 ページ: 5174-5181

    • DOI

      10.1021/acs.cgd.8b00607

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The pH Dependent Protein Structure Transitions and Related Spin-State Transition of Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans NCIMB 110152017

    • 著者名/発表者名
      Takashina, A., Tiedemann, M. T., Unno, M., Yamaguchi, T., Stillman M. J., Kohzuma, T.
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jpn.

      巻: 90 号: 2 ページ: 169-177

    • DOI

      10.1246/bcsj.20160316

    • NAID

      130005332372

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Monomeric Form of Peptidylarginine Deiminase Type I Revealed by X-ray Crystallography and Small-Angle X-ray Scattering.2016

    • 著者名/発表者名
      Saijo, S., Nagai, A., Kinjo, S., Mashimo, R., Akimoto, M., Kizawa, K., Yabe-Wada, T., Shimizu, N., Takahara, H., Unno, M.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 428 号: 15 ページ: 3058-3073

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2016.06.018

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atomic-resolution Structure of the Phycocyanobilin:Ferredoxin Oxidoreductase (PcyA) I86D Mutant in Complex with Fully protonated Biliverdin.2016

    • 著者名/発表者名
      Hagiwara, Y., Wada, K., Irikawa, T., Sato, H., Unno, M., Yamamoto, K., Fukuyama, K., Sugisihima, M.
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 590 ページ: 3425-3434

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X-ray Crystallographic Evidence for the Simultaneous Presence of Axial and Rhombic Sites in Cupredoxins: Atomic Resolution X-ray Crystal Structure Analysis of Pseudoazurin and DFT Modelling.2016

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, T., Akao, K., Takashina, A., Asamura, S., Unno, M., Szilagyi, R. K., Kohzuma, T.
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 6 号: 91 ページ: 88358-88365

    • DOI

      10.1039/c6ra19282c

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] ビリン還元酵素PcyAと基質ビリベルジン複合体の中性子結晶構造解析で見えてきたこと.2016

    • 著者名/発表者名
      海野昌喜, 日下勝弘, 玉田太郎, 杉島正一, 和田啓, 萩原義徳, 福山恵一
    • 雑誌名

      波紋

      巻: 26 ページ: 130-135

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] J-PARCで見えたもの2016

    • 著者名/発表者名
      瀬戸秀紀, 高木成幸, 海野昌喜, 森一広
    • 雑誌名

      月刊 化学

      巻: 171 ページ: 70-71

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] SACLAを利用したPcyA-BV複合体のX線と中性子構造の矛盾点の解決に向けた研究2019

    • 著者名/発表者名
      池田篤史、平田邦生、杉島正一、萩原義徳、和田啓、福山恵一、山下恵太郎、吾郷日出夫、海野昌喜
    • 学会等名
      2018年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] PcyA D105N-BV中性子結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      堀江和輝, 五十嵐啓介, 杉島正一, 萩原義徳, 和田啓, 福山恵一, 矢野直峰, 山田太郎, 日下勝弘, 海野昌喜
    • 学会等名
      2018年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 光合成色素フィコシアノビリンを生合成する酵素のプロトンの構造情報と化学2018

    • 著者名/発表者名
      海野昌喜
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] フェレドキシン依存性ビリン還元酵素PcyA D105N中性子構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      堀江和輝, 五十嵐啓介, 杉島正一, 萩原義徳, 和田啓, 福山恵一, 矢野直峰, 山田太郎, 日下勝弘, 海野昌喜
    • 学会等名
      日本中性子科学会第18回年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 中性子・X線構造解析で酸化還元酵素の構造を観る。~中性子・X線の利点と欠点~2018

    • 著者名/発表者名
      海野昌喜
    • 学会等名
      第31回生物無機化学夏季セミナ
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protonation State and Reaction Mechanism of Phycocyaobilin:ferredoxin Oxidoreductase, PcyA2018

    • 著者名/発表者名
      Masaki Unno
    • 学会等名
      Asian Workshop of Experiment and Theory in Quantum Beam Moleclar Sciences
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] FTIR 法を用いたフェレドキシン依存性ビリン還元酵素PcyA-BV 複合体Glu76 の水素化状態の解明2018

    • 著者名/発表者名
      堀江和輝, 久保稔, 野村高志, 杉島正一, 萩原義徳, 和田啓, 五十嵐啓介, 福山恵一, 海野昌喜
    • 学会等名
      2017年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ビリン還元酵素PcyA変異体I86D-BV複合体の中性子結晶構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      五十嵐啓介,杉島正一, 和田啓, 萩原義徳, 日下勝弘, 矢野直峰, 福山恵一, Andreas Ostermann,海野昌喜
    • 学会等名
      2017年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 中性子構造解析を中心的手法とした光合成色素合成酵素の水素原子レベル反応機構解明2017

    • 著者名/発表者名
      海野昌喜
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ビリン還元酵素PcyAのI86D変異体の水素原子レベル構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      五十嵐啓介, 松井敏高, 日下勝弘, 矢野直峰, 杉島正一, 和田啓, 萩原義徳, Andreas Osterman, 福山恵一, 海野昌喜
    • 学会等名
      第17回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] フェレドキシン依存性還元酵素PcyAによるフィコシアノビリン生合成反応機構の解明2017

    • 著者名/発表者名
      堀江和輝, 久保稔, 杉島正一, 萩原義徳, 和田啓, 五十嵐啓介, 福山恵一, 海野昌喜
    • 学会等名
      日本化学会関東支部茨城地区交流会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ビリン還元酵素PcyA変異体I86D-BV複合体の中性子結晶構造2017

    • 著者名/発表者名
      五十嵐啓介,杉島正一, 和田啓, 萩原義徳, 日下勝弘, 矢野直峰,福山恵一, Andreas Ostermann,海野昌喜
    • 学会等名
      日本結晶学会平成29年度年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Neutron Crystallographic Study of a Bilin Reductase, PcyA2016

    • 著者名/発表者名
      Masaki Unno
    • 学会等名
      14th Conference of Asian Crystalographic Association
    • 発表場所
      Hanoi
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Neutron crystallography elucidated the protonation states of a bilin reductase PcyA in complex with its substrate biliverdin2016

    • 著者名/発表者名
      Masaki Unno
    • 学会等名
      The International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    • 発表場所
      Mito
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ビリン還元酵素PcyA変異体I86D-BV複合体の中性子結晶構造解析に向けて2016

    • 著者名/発表者名
      五十嵐啓介, 杉島正一, 和田啓, 萩原義徳, 日下勝弘, 福山恵一, 海野昌喜
    • 学会等名
      日本結晶学会年会2016
    • 発表場所
      水戸
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] I86D変異フィコシアノビリン:フェレドキシン還元酵素(PcyA)の精密構造解析から見えてきた活性部位周辺残基の水素化状態2016

    • 著者名/発表者名
      萩原義徳、和田啓、入川鉄平、佐藤秀明、海野昌喜、山本健、福山恵一、杉島正一
    • 学会等名
      第89回日本生化学会大会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [備考] 海野研究室研究成果

    • URL

      http://unno19.quantum.ibaraki.ac.jp/mysite1/activities.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 海野研究室

    • URL

      http://unno19.quantum.ibaraki.ac.jp/mysite1/index.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 茨城大学・海野昌喜研究者情報

    • URL

      https://info.ibaraki.ac.jp/Profiles/19/0001860/profile.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 海野昌喜研究室

    • URL

      http://unno19.quantum.ibaraki.ac.jp/mysite1/

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 茨城大学研究者情報(海野昌喜)

    • URL

      https://info.ibaraki.ac.jp/Profiles/19/0001860/profile.html

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 海野昌喜(構造生物化学)研究室

    • URL

      http://unno19.quantum.ibaraki.ac.jp/mysite1/index.html

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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