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イオン輸送性ロドプシンの反応状態の構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 16K07267
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関名古屋大学

研究代表者

神山 勉  名古屋大学, 理学研究科, 名誉教授 (30170210)

研究分担者 井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90223297)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2016年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードイオン能動輸送 / 光駆動塩素イオンポンプ / 光駆動プロトンポンプ / レチナールタンパク質 / レチナール異性体 / X線結晶構造解析 / ハロロドプシン / 光駆動陰イオンポンプ / レチナール光異性化 / アーキロドプシン / プロトン輸送性ロドプシン / 光駆動イオンポンプ / バクテリオロドプシン / 陰イオン輸送性ロドプシン / レチナール異性化 / 光誘起吸収変化 / 低温原子間力顕微鏡 / レチナール・タンパク質 / 陰イオン輸送 / プロトン輸送
研究成果の概要

ハロロドプシンの陰イオン輸送サイクルは、タンパク質中のレチナール色素がall-trans/15-antiから 13-cis/15-antiに光異性化することで開始される。先行研究から、13-cis/15-syn異性体(N')が塩素イオンイオン放出過程に出現することが示唆されていた。本研究では、ハライドイオンの濃度が高い時には、吸収スペクトルがトランス異性体に比べて8nm短波長にシフトした13-cis/15-syn異性体が光照射下で蓄積することを見出し、トランス異性体から13-シス異性体への分岐反応が13-csi/15-synレチナールを有するO’中間体の減衰過程で起こることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ハロロドプシンの陰イオン輸送サイクル中に3段階のレチナール異性化反応(13-trans/15-anti―→13-cis/15-anti―→13-cis/15-syn―→13-trans/15-anti)が起こることを明らかにした。タンパク質部分も反応サイクルの間に3種類の構造変化を起こすことが示されており、これらの結果を基に、レチナールの異性化→タンパク質の構造変化→イオン移動→レチナールの異性化、…、という具合に反応が進行することで、イオンの一方向の輸送が保証される、という作業仮説を提唱した。これは、ロドプシン群タンパク質の光反応機構に関する従来の基本的な考えを大きく変えることになる。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2020 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (26件) (うち国際共著 12件、 査読あり 26件、 オープンアクセス 21件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Presynaptic MAST kinase controls opposing postsynaptic responses to convey stimulus valence in Caenorhabditis elegans2020

    • 著者名/発表者名
      Nakano Shunji、Ikeda Muneki、Tsukada Yuki、Fei Xianfeng、Suzuki Takamasa、Niino Yusuke、Ahluwalia Rhea、Sano Ayana、Kondo Rumi、Ihara Kunio、Miyawaki Atsushi、Hashimoto Koichi、Higashiyama Tetsuya、Mori Ikue
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 号: 3 ページ: 1638-1647

    • DOI

      10.1073/pnas.1909240117

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] gas1 mutation extends chronological lifespan via Pmk1 and Sty1 MAPKs in Schizosaccharomyces pombe2019

    • 著者名/発表者名
      Imai Yuki、Shimasaki Takafumi、Enokimura Chihiro、Ohtsuka Hokuto、Tsubouchi Satoshi、Ihara Kunio、Aiba Hirofumi
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 84 号: 2 ページ: 330-337

    • DOI

      10.1080/09168451.2019.1676695

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The mechanosensitive channel YbdG from Escherichia coli has a role in adaptation to osmotic up-shock.2019

    • 著者名/発表者名
      Shun Amemiya, Hayato Toyoda, Mami Kimura, Hiromi Saito, Hiroshi Kobayashi, Kunio Ihara 3 , Kiyoto Kamagata 4 , Ryuji Kawabata 5 , Setsu Kato, Yutaka Nakashimada, Tadaomi Furuta, Shin Hamamoto, Nobuyuki Uozumi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 294 (33) 号: 33 ページ: 12281-12292

    • DOI

      10.1074/jbc.ra118.007340

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive investigation of the gene expression system regulated by an Aspergillus oryzae transcription factor XlnR using integrated mining of gSELEX-Seq and microarray data.2019

    • 著者名/発表者名
      Oka H, Kojima T, Ihara K, Kobayashi T, Nakano H.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 20 号: 1 ページ: 16-16

    • DOI

      10.1186/s12864-018-5375-5

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cholecystokinin induces crowing in chickens2019

    • 著者名/発表者名
      Shimmura T, Tamura M, Ohashi S, Sasaki A, Yamanaka T, Nakao N, Ihara K, Okamura S, Yoshimura T.
    • 雑誌名

      Sci Rep.

      巻: 9 号: 1 ページ: 3978-3978

    • DOI

      10.1038/s41598-019-40746-9

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Three-Step Isomerization of the Retinal Chromophore during the Anion Pumping Cycle of Halorhodopsin.2018

    • 著者名/発表者名
      Kouyama T, Ihara K, Maki K, Chan SK.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 57 号: 41 ページ: 6013-6026

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00631

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Obesity and mental health improvement following nutritional education focusing on gut microbiota composition in Japanese women: a randomised controlled trial2018

    • 著者名/発表者名
      Uemura Mayu、Hayashi Fumikazu、Ishioka Ken、Ihara Kunio、Yasuda Kazushi、Okazaki Kanako、Omata Junichi、Suzutani Tatsuo、Hirakawa Yoshihisa、Chiang Chifa、Aoyama Atsuko、Ohira Tetsuya
    • 雑誌名

      European Journal of Nutrition

      巻: 2018 号: 8 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1007/s00394-018-1873-0

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Burkholderia vietnamiensis Strain RS1, a Nitrogen-Fixing Endophyte Isolated from Sweet Potato2018

    • 著者名/発表者名
      Shinjo R, Uesaka K, Ihara K, Sakazaki S, Yano K, Kondo M, Tanaka A
    • 雑誌名

      eCollection

      巻: 7 号: 3

    • DOI

      10.1128/mra.00820-18

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] SLO potassium channels antagonize premature decision making in C. elegans2018

    • 著者名/発表者名
      Aoki I, Tateyama M, Shimomura T, Ihara K, Kubo Y, Nakano S, Mori I.
    • 雑誌名

      Commun Biol.

      巻: 1 号: 1 ページ: 123-123

    • DOI

      10.1038/s42003-018-0124-5

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In vivo transposon tagging in the nonheterocystous nitrogen-fixing cyanobacterium Leptolyngbya boryana2018

    • 著者名/発表者名
      Tomatsu C, Uesaka K, Yamakawa H, Tsuchiya T, Ihara K, Fujita Y.
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 592 号: 10 ページ: 1634-1642

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13079

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Co‐expression of the calcitonin receptor gene in the hypothalamic kisspeptin neurons in female rats.2018

    • 著者名/発表者名
      Assadullah, Nahoko Ieda, Narumi Kawai, Hirotaka Ishii, Kunio Ihara, Naoko Inoue, Yoshihisa Uenoyam, Hiroko Tsukamura
    • 雑誌名

      Reprod Med Biol.

      巻: 17 号: 2 ページ: 164-172

    • DOI

      10.1002/rmb2.12085

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Formation of a Mimetic Biomembrane from the Hydrophobic Protein Zein and Phospholipids: Structure and Application2017

    • 著者名/発表者名
      Liping Wang, Toshiaaki Gotoh, Yuzhu Wang, Tsutomu Kouyama, Jin-Ye Wang
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. C

      巻: 121 号: 36 ページ: 19999-20006

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.7b04573

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Salinarchaeum chitinilyticum sp. nov., a chitin-degrading haloarchaeon isolated from commercial salt2017

    • 著者名/発表者名
      Minegishi H, Enomoto S, Echigo A, Shimane Y, Kondo Y, Inoma A, Kamekura M, Takai K, Itoh T, Ohkuma M, Ihara K, Takahashi-Ando N, Fukushima Y, Ishii S, Yoshida Y, Usami R
    • 雑誌名

      Int J Syst Evol Microbiol.

      巻: 67 号: 7 ページ: 2274-2278

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.001941

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Complete Chloroplast Genome Sequence of the Early-Divergent Green Alga Palmophyllum crassum2017

    • 著者名/発表者名
      Furukawa R, Kunugi M, Ihara K, Takabayashi A, Tanaka A
    • 雑誌名

      Genome Announcements

      巻: 5 号: 10

    • DOI

      10.1128/genomea.01745-16

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書 2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A light-responsive self-assembly formed by a cationic azobenzene derivative and SDS as a drug delivery system.2017

    • 著者名/発表者名
      S. Geng, Y. Wang, L. Wang, T. Kouyama, T. Gotoh, S. Wada, J. -Y. Wang,
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 7 号: 1 ページ: 39202-39202

    • DOI

      10.1038/srep39202

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A simple method for isolation and construction of markerless cyanobacterial mutants defective in acyl-acyl carrier protein synthetase2017

    • 著者名/発表者名
      Kojima K, Keta S, Uesaka K, Kato A, Takatani N, Ihara K, Omata T, Aichi M.
    • 雑誌名

      Appl Microbiol Biotechnol

      巻: 100 ページ: 10107-10113

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of a novel protein kinase that affects the chronological lifespan in fission yeast.2016

    • 著者名/発表者名
      Kurauchi T, Hashizume A, Imai Y, Hayashi K, Tsubouchi S, Ihara K, Ohtsuka H, Aiba H
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol Lett.

      巻: ;364(2). pii: 号: 2 ページ: fnw257-fnw257

    • DOI

      10.1093/femsle/fnw257

    • NAID

      120006305608

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書 2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Crystal structure of the 11-cis isomer of pharaonis halorhodopsin: Structural constraints on interconversions among different isomeric states,2016

    • 著者名/発表者名
      Chan SK, Kawaguchi H., Kubo H.,, Murakami M., Ihara K., Maki K., Kouyama T.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 55 号: 29 ページ: 4092-4104

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00277

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of two isozymes of citrate synthase from Sulfolobus tokodaii Strain 72016

    • 著者名/発表者名
      Murakami M., Kouyama T,
    • 雑誌名

      Biochemistry. Research International,

      巻: 2016 ページ: 7560919-7560919

    • DOI

      10.1155/2016/7560919

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Shifting transcriptional machinery is required for long-term memory maintenance and modification in Drosophila mushroom bodies.2016

    • 著者名/発表者名
      Hirano Y, Ihara K, Masuda T, Yamamoto T, Iwata I, Takahashi A, Awata H, Nakamura N, Takakura M, Suzuki Y, Horiuchi J, Okuno H, Saitoe M.
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 7 号: 1 ページ: 13471-13471

    • DOI

      10.1038/ncomms13471

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Photochemical characterization of actinorhodopsin and its functional existence in the natural host2016

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, S., Kikukawa, T., Tamogami, J., Kamiya, M., Aizawa, T., Hahn, M., Ihara, K., Kamo, N., Demura, M.
    • 雑誌名

      BBA-BIOENERGETICS

      巻: 1857 号: 12 ページ: 1900-1908

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2016.09.006

    • NAID

      120006366475

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Haloparvum alkalitolerans sp. nov., alkali-tolerant haloarchaeon isolated from commercial salt.2016

    • 著者名/発表者名
      Kondo Y, Minegishi H, Echigo A, Shimane Y, Kamekura M, Itoh T, Ohkuma M, Tanaka A, Takahashi-Ando N, Fukushima Y, Yoshida Y, Ihara K, Usami R
    • 雑誌名

      Int J Syst Evol Microbiol

      巻: 66 号: 12 ページ: 5314-5319

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.001513

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of Kosakonia sacchari strain BO-1, an endophytic diazotroph isolated from a sweet potato2016

    • 著者名/発表者名
      Shinjo R, Uesaka K, Ihara K, Loshakova K, Mizuno Y, Yano K, Tanaka A
    • 雑誌名

      Genome Annoucements

      巻: 4 号: 5

    • DOI

      10.1128/genomea.00868-16

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Analytical Pipeline for Genome-Wide Identification of the Genes Regulated by a Transcription Factor: Combinatorial Analysis Performed Using gSELEX-Seq and RNA-Seq.2016

    • 著者名/発表者名
      Kojima T, Kunitake E, Ihara K, Kobayashi T, Nakano H. A Robust
    • 雑誌名

      PLoS One.

      巻: 11 号: 7 ページ: e0159011-e0159011

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0159011

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolution of Green Plants Accompanied Changes in Light-Harvesting Systems2016

    • 著者名/発表者名
      Kunugi M, Satoh S, Ihara K, Shibata K, Yamagishi Y, Kogame K, Obokata J, Takabayashi A and Tanaka A
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: - 号: 6 ページ: 1231-1243

    • DOI

      10.1093/pcp/pcw071

    • NAID

      120006024384

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] FliH and FliI ensure efficient energy coupling of flagellar type III protein export in Salmonella.2016

    • 著者名/発表者名
      Minamino T, Kinoshita M, Inoue Y, Morimoto YV, Ihara K, Koya S, Hara N, Nishioka N, Kojima S, Homma M, Namba K
    • 雑誌名

      Microbiologyopen

      巻: - 号: 3 ページ: 340-340

    • DOI

      10.1002/mbo3.340

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 筋収縮と能動輸送2019

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アーキロドプシン-2の光化学反応のpH依存性2019

    • 著者名/発表者名
      神山勉、井原邦夫
    • 学会等名
      日本生物物理学会中部支部講演会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ハロロドプシンのイオン輸送におけるレチナール異性化反応2018

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ゲノム構造変化を感度良く検出する方法:SV-Quest2018

    • 著者名/発表者名
      井原邦夫、上坂一馬
    • 学会等名
      第12回 日本ゲノム微生物学会 (2018年 3月14日、京都)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Crystallographic studies on proton-pumping rhodopsin and anion-pumping rhodopsin2017

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama
    • 学会等名
      the IGER international Symposium on Physics of Life.
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2017-03-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光駆動塩素イオンポンプ・ハロロドプシンの作動機構2017

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 学会等名
      生体運動班会議
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2017-01-05
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Can halorhodopsin pump hydroxyl ions ?2017

    • 著者名/発表者名
      神山 勉, 鈴木 健太, 成瀬 圭汰, Chan Siu Kit
    • 学会等名
      第55回生物物理学会年会、(9月20日、熊本大学)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ゲノムシーケンスにもとづく微生物分類手法;好塩性古細菌を例として2017

    • 著者名/発表者名
      井原邦夫、上坂一馬、谷村要、中邨真之、越後輝敦、峯岸宏明
    • 学会等名
      第30回 日本Archaea研究会 (2017年 9月1日、仙台)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Isomerization of the retinal chromophore during the anion pumping cycle of halorhodopsin2016

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, H. Kubo, S. K. Chan, K. Maki:
    • 学会等名
      日本生物物理学会第53回年会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of the 11-cis isomer of Pharaonis halorhodopsin2016

    • 著者名/発表者名
      S. K. CHAN1, H. Kawaguchi, H. Kubo, K. Maki, K. Ihara and T. Kouyama
    • 学会等名
      日本生物物理学会第53回年会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Crystal structure of the 11-cis isomer of Pharaonis Halorhodopsin at 1.7 Å resolutions2016

    • 著者名/発表者名
      S. K. CHAN, H. KAWAGUCHI, H. KUBO, K. IHARA, K. MAKI, T. KOUYAMA
    • 学会等名
      日本結晶学会平成28年度年会
    • 発表場所
      水戸
    • 年月日
      2016-10-17
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural constraints on retinal isomerization in microbial and animal rhodopsins2016

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, S. K. Chan, M. Murakami:
    • 学会等名
      26th IUPAC on Photochem, Osaka, April 5, 2016
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2016-04-05
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2021-02-19  

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