| 研究課題/領域番号 |
16K07286
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
構造生物化学
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
宮下 治 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 上級研究員 (10620528)
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| 研究期間 (年度) |
2016-10-21 – 2020-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2017年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2016年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
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| キーワード | モデリング / シミュレーション / クライオ電子顕微鏡 / X線結晶構造解析 / 計算構造生物学 / タンパク質 / 構造モデリング / フィッティング / ハイブリッドアプローチ / 分子動力学シミュレーション / ハイブリッドモデリング / 電子顕微鏡 / ベイズ統計 / 生体高分子 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では分子動力学シミュレーションを活用することで低解像度のクライオ電子顕微鏡のデータから詳細な原子構造モデルを構築するフレキシブルフィッティングの手法についての発展を行った。まず、複数のフィッティングを異なるパラメータで試みることによりモデリングの結果の精度を評価する手法を確立した。また、モデリングの際に重要である電顕データの立体格子のサイズの見積もりの精密化を行うアルゴリズムを開発した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
生体分子の構造に関する情報は創薬など応用のために重要であり、クライオ電子顕微鏡はそういった構造情報を得るために盛んに使われている新しい方法である。本研究では分子動力学シミュレーションを活用することにより、低解像度のクライオ電子顕微鏡データから原子レベルの詳細なモデルを構築するための手法、フレキシブルフィッティング、について、よりモデルの精度を高めるための新しいアルゴリズムの開発を行った。
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