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DNA結合蛋白質の機能解析のためのマイクロ秒時分割単分子計測技術の創出

研究課題

研究課題/領域番号 16K07313
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関東北大学

研究代表者

鎌形 清人  東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (90432492)

研究協力者 高橋 聡  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワードがん / 蛋白質 / 一分子計測 / DNA / 1分子計測(SMD) / 遺伝子 / 分子認識 / 生体分子
研究成果の概要

DNA結合蛋白質は、膨大なDNAの中から標的配列を探し出し、結合する。DNA結合蛋白質の標的配列の探索には、実験的に検証しにくい“ホッピング”や“セグメント間移動”などの探索機構が存在する可能性がある。本研究では、サブミリ秒の時間分解能の単分子蛍光装置、及びDNA整列固定法を開発し、DNA上におけるDNA結合蛋白質の動きを単分子レベルで可視化し、その標的配列探索機構を調べた。開発する装置を用いて、がん抑制の機能を持つp53がホッピングやセグメント間移動を使って、標的配列の探索を行っていることを明らかにした。さらに、標的配列の認識の正確さやDNA上の障害物を回避する仕組みを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

がんなどの疾患は、p53などのDNA結合蛋白質がDNAの標的配列を探索できず結合できないことに起因するため、DNA結合蛋白質の標的配列探索の仕組みの解明は重要である。本研究の特徴は、p53が標的配列を探索する過程を可視化し、従来の方法では計測が難しい、ホッピングやセグメント間移動による探索を検証することである。マイクロ秒時間分解単分子計測法は、DNA結合タンパク質の機能の解明に貢献する。さらに、開発したDNA整列固定法は、世界でもっとも簡便で単純な方法である。このDNA整列固定による単分子計測は、様々なDNA結合蛋白質の探索の仕組みの解明、薬候補のスクリーニングなどの創薬に使用できる。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (33件) (うち国際学会 8件、 招待講演 12件)

  • [国際共同研究] カリフォルニア大学ロサンゼルス校(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] カリフォルニア大学ロサンゼルス校(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Intrinsically disordered domain of tumor suppressor p53 facilitates target search by ultrafast transfer between different DNA strands2018

    • 著者名/発表者名
      Itoh Yuji、Murata Agato、Takahashi Satoshi、Kamagata Kiyoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 14 ページ: 7261-7269

    • DOI

      10.1093/nar/gky586

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High Free-Energy Barrier of 1D Diffusion Along DNA by Architectural DNA-Binding Proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Kamagata Kiyoto、Mano Eriko、Ouchi Kana、Kanbayashi Saori、Johnson Reid C.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 430 号: 5 ページ: 655-667

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2018.01.001

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 生物物理学的アプローチによるがん抑制タンパク質p53のDNA認識・結合機構の解明2017

    • 著者名/発表者名
      鎌形 清人、伊藤 優志
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 89 号: 4 ページ: 533-537

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2017.890533

    • NAID

      40021312474

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2017-08-25
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Disordered Linker in p53 Participates in Nonspecific Binding to and One-Dimensional Sliding along DNA Revealed by Single-Molecule Fluorescence Measurements2017

    • 著者名/発表者名
      Subekti Dwiky Rendra Graha、Murata Agato、Itoh Yuji、Fukuchi Satoshi、Takahashi Hiroto、Kanbayashi Saori、Takahashi Satoshi、Kamagata Kiyoto
    • 雑誌名

      Biochmistry

      巻: 56 号: 32 ページ: 4134-4144

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00292

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] One-Dimensional Search Dynamics of Tumor Suppressor p53 Regulated by a Disordered C-Terminal Domain2017

    • 著者名/発表者名
      Murata Agato、Itoh Yuji、Mano Eriko、Kanbayashi Saori、Igarashi Chihiro、Takahashi Hiroto、Takahashi Satoshi、Kamagata Kiyoto
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 112 号: 11 ページ: 2301-2314

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2017.04.038

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Probing native metal ion association sites through quenching of fluorophores in the nucleotide-binding domains of the ABC transporter MsbA2017

    • 著者名/発表者名
      Daiki Tatsumi, Kei Nanatani, Yuto Koike, Kiyoto Kamagata, Satoshi Takahashi, Ayumu Konno, Tadaomi Furuta, Minoru Sakurai, Nobuyuki Uozumi
    • 雑誌名

      Biochem. J.

      巻: 474 号: 12 ページ: 1993-2007

    • DOI

      10.1042/bcj20161051

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Finding the target: Characterization of the facilitated diffusion of transcriptional factor p53 along DNA using ensemble kinetic and single-molecule fluorescence measurements2017

    • 著者名/発表者名
      Kamagata K., Murata A., Itoh Y., Takahashi S.
    • 雑誌名

      J. Photochem. Photobiol., C: Photochem. Reviews

      巻: 30 ページ: 36-50

    • DOI

      10.1016/j.jphotochemrev.2017.01.004

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DNA garden: A simple method for producing arrays of stretchable DNA for single-molecule fluorescence imaging of DNA binding proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Igarashi C., Murata A., Itoh Y., Subekti D. R. G., Takahashi S., Kamagata K.
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jpn.

      巻: 90 号: 1 ページ: 34-43

    • DOI

      10.1246/bcsj.20160298

    • NAID

      130005289868

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Activation of p53 facilitates the target search in DNA by enhancing the target recognition probability2016

    • 著者名/発表者名
      Itoh Y., Murata A., Sakamoto S., Nanatani K., Wada T., Takahashi S., Kamagata K.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 428 号: 14 ページ: 2916-2930

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2016.06.001

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DNA結合蛋白質p53のスライディング探索の単分子蛍光観察2016

    • 著者名/発表者名
      村田崇人、伊藤優志、鎌形清人
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 56 号: 2 ページ: 109-111

    • DOI

      10.2142/biophys.56.109

    • NAID

      130005140949

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 天然変性タンパク質p53は液-液相分離するのか?2019

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      第2回LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単分子蛍光顕微鏡を用いた 天然変性タンパク質p53とDNAの 相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      「水和とATPエネルギー」研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Single molecule dynamics and aggregation in intrinsically disordered protein p532019

    • 著者名/発表者名
      Kamagata Kiyoto
    • 学会等名
      RIKEN Symposium "Recent Progress in Protein Conformation and Aggregation"
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 天然変性タンパク質を対象とした機能調整ペプチドの人工設計法の開発 -がん抑制タンパク質p53への応用-2019

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      第4回 東北大学若手研究者アンサンブル研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ecological search dynamics of DNA-binding proteins for target DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Kamagata Kiyoto
    • 学会等名
      An Update on Molecular Motors: Open Challenges and New Perspectives
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule fluorescence imaging of architectural DNA-binding proteins in vitro and in vivo2018

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata, Eriko Mano, Sridhar Mandali, Yuji Itoh, Reid C. Johnson
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule characterization of tumor suppressor protein p53 using DNA garden2018

    • 著者名/発表者名
      Kamagata Kiyoto
    • 学会等名
      3rd international symposium on chemical communication
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 天然変性DNA結合タンパク質p53の濃度依存的な物性の変化ーLLPSとの関連性ー2018

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA結合タンパク質の単分子蛍光観察―DNA上における障害物回避―2018

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人, 間野絵梨子, MANDALI Sridhar, 大内加奈, 伊藤優志, JOHNSON Reid C.
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] DNA整列固定技術を用いたDNA結合タンパク質の単分子蛍光観察2018

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人, 間野絵梨子, MANDALI Sridhar, 大内加奈, 伊藤優志, 高橋聡, JOHNSON Reid C.
    • 学会等名
      東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule investigation of the sliding dynamics of architectural DNA-binding proteins along crowded DNA using DNA garden technique2018

    • 著者名/発表者名
      Kana Ouchi, Reid C. Johnson, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule observation of the target search dynamics of a tumor suppressor p532018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Development of the Sub-millisecond Resolved Single-molecule Fluorescence Microscopy for the Functional Analysis of DNA-binding Proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Dwiky R.G. Subekti, Agato Mutata, Yuji Itoh, Reid C. Johnson, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] DNA整列固定技術を用いたDNA結合タンパク質の単分子蛍光観察2018

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人, 間野絵梨子, MANDALI Sridhar, 大内加奈, 伊藤優志, JOHNSON Reid C.
    • 学会等名
      細胞を作る会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule characterization of DNA-binding protein using DNA arrays “DNA garden”-welcome to biophysical world-2018

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      Biological Chemistry Seminar
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule characterization of p53 on DNA using DNA array “DNA garden”2018

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata, Agato Murata, Yuji Itoh, Dwiky Rendra Graha Subekti
    • 学会等名
      62nd annual meeting of Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 実験と計算によるp53の標的DNA配列探索機能2017

    • 著者名/発表者名
      北尾彰朗、鎌形清人、高橋聡
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会
    • 発表場所
      慶応大学(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多分子及び一分子蛍光分光法によるがん抑制タンパク質p53の超高速セグメント間移動の解明2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤優志、村田崇人、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      第17回蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Single-molecule characterization of p53 on DNA using DNA array “DNA garden”2017

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata, Agato Murata, Yuji Itoh
    • 学会等名
      The 17th International p53 Workshop
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Ultrafast intersegmental transfer of a tumor suppressor p53 characterized by ensemble and single-molecule fluorescence spectroscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      The 17th International p53 Workshop
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] p53-DNA Interaction: Effect of Linker Modulation on Binding and Sliding2017

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata, Yuji Itoh, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      The 17th International p53 Workshop
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Ultrafast intersegmental transfer of a tumor suppressor p53 investigated by ensemble and single-molecule measurements2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第16回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-12-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] がん抑制蛋白質の単分子機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人、村田崇人、伊藤優志、高橋聡
    • 学会等名
      ダイナミックアライアンスG3分会
    • 発表場所
      北海道大学(北海道札幌市)
    • 年月日
      2016-12-01
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Ultrafast intersegmental transfer of a tumor suppressor p53 investigated by ensemble and single-molecule measurements2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Single-molecule characterization of DNA-binding proteins with stretchable DNA array2016

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Elongation of Intrinsically Disordered Linker in p53 and the Effects on DNA Binding and Sliding Ability2016

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata,Yuji Itoh, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Target search dynamics of tumor suppressor p53 revealed by ensemble kinetic and single-molecule fluorescence measurements2016

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata, Agato Murata and Yuji Itoh
    • 学会等名
      The 10th 3R Symposium
    • 発表場所
      ホテル一畑(島根県松江市)
    • 年月日
      2016-11-13
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Single-molecule investigation of DNA-binding proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      平成28年度化学系学協会東北大会
    • 発表場所
      いわき明星大学(福島県いわき市)
    • 年月日
      2016-09-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Investigation of Intersegmental Transfer in the Target Search of a Tumor Suppressor Protein p532016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      Tohoku University’s Chemistry Summer School 2016
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-08-18
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Activation of a transcription factor p53 by the regulation of the target recognition probability2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Seiji Sakamoto, Kei Nanatani, Takehiko Wada, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      新学術領域「柔らかな分子系」第5回全体合宿会議
    • 発表場所
      ホテルベルナティオ(新潟県十日町市)
    • 年月日
      2016-05-30
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] DNA整列固定法の開発とDNA結合蛋白質の単分子蛍光観察2016

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      生物物理学会東北支部会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Elongation of Intrinsically Disordered Linker in p53 and the Effects on DNA Binding and Sliding Ability2016

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata,Yuji Itoh, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      生物物理学会東北支部会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 単分子蛍光顕微鏡を用いたDNA結合蛋白質p53の機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      Ambitious物質科学セミナー
    • 発表場所
      北海道大学(北海道札幌市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-02-21  

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