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クリプトクロム・光回復酵素ファミリーの青色光応答素反応解析

研究課題

研究課題/領域番号 16K07321
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関大阪大学

研究代表者

山元 淳平  大阪大学, 基礎工学研究科, 講師 (90571084)

研究協力者 細川 雄平  
寺井 悠馬  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード分子進化 / DNA修復 / DNA認識 / 光応答 / 蛋白質内電子移動 / 構造機能相関 / 光受容 / 酵素機能解析 / 電子移動 / DNA損傷 / 光回復酵素 / クリプトクロム / 光生物 / 光回復 / 反応機構解析
研究成果の概要

本申請課題では、クリプトクロム・光回復酵素ファミリー(CPF)の青色光応答反応を理解するために、(6-4)光回復酵素によるDNA認識・修復反応機構に関する研究、および補酵素の光還元反応解析を行った。その結果、損傷DNAである(6-4)光産物の認識において、光回復酵素に特異的な1つのアミノ酸側鎖に由来する相互作用がDNA修復活性を司ることを明らかにした。また、補酵素フラビンアデニンジヌクレオチドの光還元反応において、タンパク質内電子移動に関与するトリプトファン側鎖およびその周辺環境が果たす役割について新たな知見を得た。
これらの発見は、CPF機能進化を考える上で非常に重要な知見を与えると言える。

研究成果の学術的意義や社会的意義

クリプトクロム・光回復酵素ファミリーは大腸菌から高等生物まで広範に保存された青色光受容タンパク質である。光回復酵素とクリプトクロムは各々全く異なる生体機能を発現する一方で、類似した骨格から異なる機能が発現する分子論は未だに明らかになっていない。本研究では、光回復酵素とクリプトクロムの生体機能が分子レベルでどのように変遷したのかを世界に先駆けて報告したため、分子進化における新たな知見を提供した。また、タンパク質内電子移動は光合成のように光-化学エネルギー変換において重要な役割を果たすため、本研究で得られた知見は今後のエネルギー変換の新規材料の設計に大きな影響を与える可能性がある。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (7件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 7件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] フィリップス大学マールブルグ(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] 台湾・中央研究院(その他の国・地域)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] CEA Saclay/ENS Paris(フランス)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Marburg University(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Academia Sinica(台湾)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] CEA Saclay/ENS Paris(フランス)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Marburg University(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Coulomb and CH-π interactions in (6-4) photolyase-DNA complex dominate DNA binding and repair abilities2018

    • 著者名/発表者名
      Terai Yuma、Sato Ryuma、Yumiba Takahiro、Harada Ryuhei、Shimizu Kohei、Toga Tatsuya、Ishikawa-Fujiwara Tomoko、Todo Takeshi、Iwai Shigenori、Shigeta Yasuteru、Yamamoto Junpei
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 13 ページ: 6761-6772

    • DOI

      10.1093/nar/gky364

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure of the bifunctional cryptochrome aCRY from Chlamydomonas reinhardtii2018

    • 著者名/発表者名
      Sophie Franz, Elisabeth Ignatz, Sandra Wenzel, Hannah Zielosko, Eka Putra Gusti Ngurah Putu, Manuel Maestre-Reyna, Ming-Daw Tsai, Junpei Yamamoto, Maria Mittag, Lars-Oliver Essen
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 15 ページ: 8010-8022

    • DOI

      10.1093/nar/gky621

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Twist and turn: a revised structural view on the unpaired bubble of class II CPD photolyase in complex with damaged DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Manuel Maestre-Reyna, Junpei Yamamoto, Wei-Cheng Huang, Ming-Daw Tsai, Lars-Oliver Essen, Yoshitaka Bessho
    • 雑誌名

      IUCrJ

      巻: 5 号: 5 ページ: 608-618

    • DOI

      10.1107/s205225251800996x

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Loss of Fourth Electron-Transferring Tryptophan in Animal (6-4) Photolyase Impairs DNA Repair Activity in Bacterial Cells2017

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Junpei、Shimizu Kohei、Kanda Takahiro、Hosokawa Yuhei、Iwai Shigenori、Plaza Pascal、M?ller Pavel
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 56 号: 40 ページ: 5356-5364

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00366

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Ultrafast flavin photoreduction in an oxidized animal (6-4) photolyase through an unconventional tryptophan tetrad2017

    • 著者名/発表者名
      Ryan Martin, Fabien Lacombat, Agathe Espagne, Nadia Dozova, Pascal Plaza, Junpei Yamamoto, Pavel Müller, Klaus Brettel, and Aurelien de la Lande
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 19 号: 36 ページ: 24493-24504

    • DOI

      10.1039/c7cp04555g

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Repair of (6-4) Lesions in DNA by (6-4) Photolyase: 20 Years of Quest for the Photoreaction Mechanism2017

    • 著者名/発表者名
      Junpei Yamamoto, Pascal Plaza, and Klaus Brettel
    • 雑誌名

      Photochemistry and Photobiology

      巻: 93 号: 1 ページ: 51-66

    • DOI

      10.1111/php.12696

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Functional Conversion of CPD and (6-4) Photolyases by Mutation2016

    • 著者名/発表者名
      Daichi Yamada, Hisham M. Dokainish, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Tomoko Ishikawa, Takeshi Todo, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, Akio Kitao, and Hideki Kandori
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 55 号: 30 ページ: 4173-4183

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00361

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] (6-4)光回復酵素のDNA分子認識・修復機構2018

    • 著者名/発表者名
      山元淳平
    • 学会等名
      日本放射線影響学会第61回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Coulomb and CH-π interactions in (6-4) photolyase-DNA complex dominate DNA binding and repair abilities2018

    • 著者名/発表者名
      Yuma Terai, Ryuma Sato, Takahiro Yumiba, Ryuhei Harada, Shigenori Iwai, Yasuteru Shigeta, Junpei Yamamoto
    • 学会等名
      The 45th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA binding and light-dependent repair abilities of photolyases2018

    • 著者名/発表者名
      Junpei Yamamoto
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mutational analysis of amino acids residues surrounding the electron-transferring terminal Trp of plant (6-4) photolyase2018

    • 著者名/発表者名
      Yuhei Hosokawa, Ryuma Sato, Shigenori Iwai, Junpei Yamamoto
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of binding of light-harvesting secondary chromophore to animal and plant (6-4) photolyase2018

    • 著者名/発表者名
      Ayaka Morimoto, Rajiv Kumar, Yuhei Hosokawa, Yuma Terai, Shigenori Iwai, Junpei Yamamoto
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 修飾核酸を用いたタンパク質の部位特異的ラベル化反応による核酸-タンパク質結合様式の評価法開発2018

    • 著者名/発表者名
      寺井悠馬・松村梨沙・山元淳平・岩井成憲
    • 学会等名
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] DNA-光回復酵素間の静電相互作用とCH-π相互作用がDNA結合能と修復能を支配する2018

    • 著者名/発表者名
      寺井悠馬・佐藤竜馬・弓場貴広・原田隆平・岩井成憲・重田育照・山元淳平
    • 学会等名
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] An arginine side chain in the (6-4) photolyase governs formation of a robust repair-active complex with UV-damaged DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Junpei Yamamoto, Yuma Terai, Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, and Shigenori Iwai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Cloning of cryptochrome 2 gene from honey bee2017

    • 著者名/発表者名
      Yuhei Hosokawa, Shigenori Iwai, and Junpei Yamamoto
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Monitoring of the back electron transfer in the successive two-photons DNA repair by the (6-4) photolyase2016

    • 著者名/発表者名
      Junpei Yamamoto, Kohei Shimizu, Shigenori Iwai, and Klaus Brettel
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Substrate recognition of the (6-4) photolyase2016

    • 著者名/発表者名
      Yuma Terai, Takahiro Yumiba, Tomoko Ishikawa, Takeshi Todo, Junpei Yamamoto, and Shigenori Iwai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of fourth electron-transferring tryptophan of Xenopus (6-4) photolyase2016

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Kanda, Junpei Yamamoto, and Shigenori Iwai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of the substrate binding of the (6-4) photolyase by fluorescence anisotropy assay2016

    • 著者名/発表者名
      Yuma Terai, Takahiro Yumiba, Junpei Yamamoto, and Shigenori Iwai
    • 学会等名
      The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      熊本大学工学部百周年記念館(熊本県・熊本市)
    • 年月日
      2016-09-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-02-22  

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