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働く最中のヘモグロビン分子内動態の原子レベル追跡

研究課題

研究課題/領域番号 16K07326
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関自治医科大学

研究代表者

柴山 修哉  自治医科大学, 医学部, 教授 (20196439)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードヘモグロビン / ダイナミクス / X線結晶構造解析 / 光解離 / アロステリー / 光解離法
研究成果の概要

ヘモグロビンは血液中の酸素運搬蛋白質であり、肺で受け取った酸素を全身の細胞に届ける役割を担っている。ヘモグロビンは、世界で初めて原子レベルの立体構造が決定された蛋白質の一つとして有名であるが、酸素などのガス分子がその結合部位であるヘム鉄から外部溶液へ出ていくまでの道筋やそれを後押しする蛋白質の動きは今まで知られていない。今回我々は、独自のヘモグロビン調製・結晶化技術と低温X線結晶解析法およびレーザー光解離法を組み合わせて、ヒトのヘモグロビンから切り離された後のガス分子の動きとそれを後押しする蛋白質の動きを原子レベルで追跡することに世界で初めて成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヒト・ヘモグロビンはアロステリック蛋白質の代表格として教科書にも載っており、そのガス配位子結合調節能はよく研究されている。しかし、酸素などのガス分子の通る道筋は結晶構造に見当たらず、ガス分子が蛋白質分子のどこをどのように移動していくのかは謎のままだ。今回の研究成果は、赤血球中のヘモグロビンが酸素を迅速に受け渡しする仕組みの理解につながると期待される。特に、ヘモグロビンが酸素濃度の低い末梢組織にやってきたとき、T状態特有のタンパク質分子内運動を使って酸素を迅速かつ巧妙に外部へ送り出すことを実験的に明らかにした。この発見は、生理学的にも、生物物理学的にも極めて重要な意味がある。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2020 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 4件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work2020

    • 著者名/発表者名
      Shibayama Naoya、Sato-Tomita Ayana、Ohki Mio、Ichiyanagi Kouhei、Park Sam-Yong
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 号: 9 ページ: 4741-4748

    • DOI

      10.1073/pnas.1913663117

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Allosteric transitions in hemoglobin revisited2020

    • 著者名/発表者名
      Shibayama Naoya
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129335-129335

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.03.021

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pumping mechanism of NM-R3, a light-driven bacterial chloride importer in the rhodopsin family2020

    • 著者名/発表者名
      Yun Ji-Hye、Ohki Mio、Park Jae-Hyun、Ishimoto Naito、Sato-Tomita Ayana、Lee Wonbin、Jin Zeyu、Tame Jeremy R. H.、Shibayama Naoya、Park Sam-Yong、Lee Weontae
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 号: 6 ページ: 6-6

    • DOI

      10.1126/sciadv.aay2042

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct observation of conformational population shifts in crystalline human hemoglobin2017

    • 著者名/発表者名
      Shibayama Naoya、Ohki Mio、Tame Jeremy R. H.、Park Sam-Yong
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 292 号: 44 ページ: 18258-18269

    • DOI

      10.1074/jbc.m117.781146

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Size and Shape Controlled Crystallization of Hemoglobin for Advanced Crystallography2017

    • 著者名/発表者名
      Ayana Sato-Tomita、Naoya Shibayama
    • 雑誌名

      Crystals

      巻: 7 号: 9 ページ: 282-282

    • DOI

      10.3390/cryst7090282

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular mechanism of photoactivation of a light-regulated adenylate cyclase2017

    • 著者名/発表者名
      Ohki Mio、Sato-Tomita Ayana、Matsunaga Shigeru、Iseki Mineo、Tame Jeremy R. H.、Shibayama Naoya、Park Sam-Yong
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 114 号: 32 ページ: 8562-8567

    • DOI

      10.1073/pnas.1704391114

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Comprehensive structural and functional analysis of hemoglobin in single crystals2018

    • 著者名/発表者名
      柴山 修哉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Deciphering protein allosteric mechanisms from small structural changes in crystals2017

    • 著者名/発表者名
      Naoya Shibayama, Ayana Sato, Mio Ohki, Sam-Yong Park
    • 学会等名
      日本生物物理学会第55回年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Direct observation of large-scale quaternary motions of hemoglobin in a crystalline state2016

    • 著者名/発表者名
      Naoya Shibayama, Mio Ohki, Sam-Yong Park
    • 学会等名
      日本生物物理学会第54回年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2021-02-19  

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