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Visualization of metabolic dynamics during pattern formation in bacteria

研究課題

研究課題/領域番号 16K07333
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 細胞生物学
研究機関東北大学

研究代表者

Robert Martin  東北大学, 高度教養教育・学生支援機構, 准教授 (90365487)

研究協力者 東海林 亙  
三枝 大輔  
磯部 寛之  
森 浩禎  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードgene expression / bacterial colony / biofilm / division of labor / time-lapse fluorescence / differentiation / pattern formation / metabolic activity / fluorescent reporter / fusion protein / cyclic di-nucleotides / bacterial macro-colonies / fluorescence / c-di-GMP / bacterial colonies / bacterial strains / 細胞間情報伝達 / メタボロミックス / 生化学 / 微生物代謝 / 複雑系
研究成果の概要

大規模コロニーと固体媒質上でのバイオフィルムパターン中で大腸菌が 成長する過程における動的遺伝子発現のパターン形成の研究を行った。蛍光たんぱく質を用いて、これらのコロニー構造の中で、遺伝子発現の時空間的分布を調べた。
その結果、大腸菌は栄養的な条件と寒天培地の硬さに応じて様々なタイプの構造を形成できるということが示された。これらの要因に依存して、折りたたみや環状構造がコロニーで形成されて遺伝子発現のパターンが観測された。我々の研究から、大腸菌コロニーの複雑な時空間的組成が明らかとなり、大規模な集団の中では個々では遺伝子的に同一な細胞が異なった生態的活動を見せることを示している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

Understanding bacterial colonies and biofilms is important as they represent communities as they occur in nature and in host organisms and are a major challenge for drug resistance some industrial processes. Our results reveal the emergent complexity of gene expression within these structures.

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Complexity and Possible Emergence of Intelligence in Bacterial Collectives2018

    • 著者名/発表者名
      Robert, Martin
    • 雑誌名

      Journal of Cognitive Science

      巻: 19 ページ: 283-284

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Structural and functional complexity within E. coli microcolonies and biofilms.2019

    • 著者名/発表者名
      Martin Robert
    • 学会等名
      E. coli systems biology workshop: Annual meeting in Awaji. (Awaji, Hyogo, Japan)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Gene expression patterns in growing E. coli biofilms and macro-colonies.2019

    • 著者名/発表者名
      Xiang Zhou, Wataru Shoji and Martin Robert
    • 学会等名
      E. coli systems biology workshop: Annual meeting in Awaji. (Awaji, Hyogo, Japan)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Patterns of metabolic gene expression within Escherichia coli biofilms and macro-colonies.2018

    • 著者名/発表者名
      Martin Robert
    • 学会等名
      Advances in Physics of Emergent orders in Fluctuations (APEF 2018) Tokyo, Japan
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Metabolic activity within Escherichia coli macrocolonies and biofilms.2018

    • 著者名/発表者名
      Xiang Zhou, Wataru Shoji and Martin Robert
    • 学会等名
      The 19th International Conference on Systems Biology (ICSB 2018), Lyon, France
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 2.Exploring spatiotemporal patterns of metabolic gene expression within E. coli biofilms and macro-colonies.2018

    • 著者名/発表者名
      Martin Robert
    • 学会等名
      Systems and synthetic E. coli biology: Annual meeting in Awaji.
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Connecting bacterial metabolic dynamics with biofilm structure and colony pattern formation.2018

    • 著者名/発表者名
      Martin Robert
    • 学会等名
      The seventh Para Limes complexity conference.
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploring metabolic function during bacterial colony pattern formation.2017

    • 著者名/発表者名
      M. Robert
    • 学会等名
      Systems and synthetic E. coli biology: Annual meeting in Awaji.
    • 発表場所
      Awaji Yumebutai, Hyogo, Japan
    • 年月日
      2017-03-15
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Metabolic activity and bacterial colony pattern formation.2016

    • 著者名/発表者名
      M. Robert
    • 学会等名
      Interdisciplinary application of non-linear science.
    • 発表場所
      Kagoshima, Japan
    • 年月日
      2016-11-03
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2025-11-18  

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