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体細胞ヒストン修飾情報の系統解析によるヒトの細胞系譜および細胞分化過程の推定

研究課題

研究課題/領域番号 16K07458
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 進化生物学
研究機関北海道大学

研究代表者

小柳 香奈子  北海道大学, 情報科学研究院, 准教授 (20362840)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2016年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード系統解析 / 細胞分化 / エピジェネティクス / ヒストン修飾 / 細胞系譜 / 祖先推定 / 祖先復元 / 発生・分化 / 系統進化
研究成果の概要

多細胞動物の発生過程の理解には、各細胞の変遷過程の理解が重要である。しかしながら侵襲的な実験が難しいヒトなど、変遷過程の全種類の細胞を網羅的に取得することは困難な場合も多い。そこで本研究では、得ることが比較的容易な成体の分化した体細胞のエピジェネティック修飾の情報を用い、進化学で用いられる系統解析から、細胞分化過程におけるエピジェネティック修飾の変遷過程の推定を試みた。材料として8種類のヒト血球系細胞の6種類のヒストン修飾を用い、本手法により、細胞分化に関連したヒストン修飾の変遷過程が推定されうることが示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

エピジェネティック修飾の状態は、細胞内の各遺伝子の発現状態を反映していると考えられることから、特に発生過程の実験データ取得が困難な生物の個体発生過程の理解に役立てられることが期待される。また、細胞分化の各過程でエピジェネティック修飾に変化がみられた遺伝子群は、特定の系列の細胞を分化させるために必要な遺伝子候補であるので、分化誘導の応用に貢献することも期待される。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Inferring changes in histone modification during cell differentiation by ancestral state estimation based on phylogenetic trees of cell types: Human hematopoiesis as a model case2019

    • 著者名/発表者名
      Koyanagi KO
    • 雑誌名

      Gene: X

      巻: 3 ページ: 100021-100021

    • DOI

      10.1016/j.gene.2019.100021

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information2018

    • 著者名/発表者名
      Kanako O. Koyanagi
    • 学会等名
      Society for Molecular Biology and Evolution
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information2017

    • 著者名/発表者名
      Kanako O. Koyanagi
    • 学会等名
      CDB Symposium 2017
    • 発表場所
      理化学研究所 多細胞システム形成研究センター(神戸市)
    • 年月日
      2017-03-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] エピゲノム情報の系統解析による細胞分化過程の推定 -哺乳類の血球系細胞分化をモデルとして2017

    • 著者名/発表者名
      小柳香奈子
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2021-02-19  

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