| 研究課題/領域番号 |
16K07557
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
遺伝育種科学
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| 研究機関 | 岡山大学 |
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研究代表者 |
門田 有希 岡山大学, 環境生命科学研究科, 准教授 (30646089)
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| 研究分担者 |
田淵 宏朗 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 九州沖縄農業研究センター, 上級研究員 (10355571)
牛島 幸一郎 岡山大学, 環境生命科学研究科, 准教授 (20379720)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2018年度)
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| 配分額 *注記 |
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2018年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2016年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
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| キーワード | サツマイモ / トランスクリプトーム / RNA-seq / Iso-seq / 線虫 / Iso-Seq / 発現解析 / 非モデル作物 / 完全長cDNA / ロングリード / 網羅的解析 / 育種学 / 遺伝子 / ゲノム / 植物 / 遺伝学 |
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| 研究成果の概要 |
サツマイモは高次倍数性（2n=6x=90）や自家不和合成等の特徴をもつため遺伝様式が複雑であり、全ゲノム配列情報や遺伝子アノテーション情報は未だに整備されていない。そこで本研究では、Iso-seqやRNA-seq等のNGS解析を行い、サツマイモの転写産物に関する参照配列を構築するとともに線虫抵抗性に関わる遺伝子の同定を試みた。Iso-seqで得られた54000個のアイソフォーム配列と近年公開されたサツマイモ転写産物データを統合することで100,419配列から成る参照配列を構築した。また、線虫抵抗性・感受性品種を対象にRNA-seqを行い、線虫抵抗性に関わる候補遺伝子を同定した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究では他の作物種と比較し遺伝解析の進んでいないサツマイモを対象に、NGSを利用することで転写産物に関する参照配列を構築するとともに重要な農業形質である線虫抵抗性を制御する候補遺伝子を同定することができた。サツマイモのような非モデル作物種において高精度な参照配列を構築し、構築された配列を用いることで重要な農業形質に関わる遺伝子まで同定するに至る一連の研究モデルを示せたことは学術的・社会的に意義が高いと言える。
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