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イチゴの2倍体及び8倍体種における分子細胞遺伝学的手法によるゲノム再編の検出

研究課題

研究課題/領域番号 16K07588
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 園芸科学
研究機関千葉大学

研究代表者

木庭 卓人  千葉大学, 大学院園芸学研究科, 名誉教授 (40170302)

研究分担者 菊池 真司  千葉大学, 大学院園芸学研究科, 准教授 (80457168)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2018年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2017年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2016年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードゲノム / 染色体 / 倍数性 / BAC / FISH / GISH / 染色体マーカー / BACクローン / FISH法 / GISH法 / 前中期染色体 / 構造変異 / ゲノム進化 / イチゴ / 核型 / ゲノム情報 / 連鎖群 / ゲノム再編成
研究成果の概要

イチゴの染色体マーカーの開発、ゲノム組成の解明を目的として、野生二倍体イチゴのBACクローンを用いて、BAC-FISH法により、染色体を識別するための染色体マーカーを開発し、八倍体栽培イチゴのゲノム組成を明らかにした。まず、栽培イチゴの起源となった2種の二倍体イチゴにおいて、その前中期染色体による核型を決定した。次に、BAC-FISH法によりBACクローンを各染色体に位置付けた。これにより、遺伝子連鎖群と染色体との関係を決定することができた。さらに2種の二倍体種のゲノムDNAをプローブとしてGISHを行ったところ、起源種のゲノム染色体間で再編成が生じていることが明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

近年、分子細胞遺伝学的手法により倍数性植物のゲノム構成を明らかにすることが可能となった。本研究では、多様な倍数性を包含するイチゴ属において染色体標識を開発するとともに、倍数性に伴うゲノムの変異を明らかした。その結果、倍数種においては染色体数は規則的に倍加しているものの、異なるゲノム染色体間で大きな再編成が生じ、その染色体組成は大きく変化していた。これは、倍数性植物の進化過程におけるゲノムのダイナミックな変化の可能性を示唆している。本研究は、開発した染色体標識の方法を用いることにより倍数性栽培イチゴと野生イチゴの染色体の同祖関係を明らかにし、有用遺伝子の効率的な導入に道を開くものである。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 3件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] University of Gadjah Mada(インドネシア)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Malaya(マレーシア)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] Cytological variation of rRNA genes and subtelomeric repeat sequences in Indonesian and Japanese cucumber accessions2019

    • 著者名/発表者名
      Wibowo, A., Setiawan, A. B., Purwantoro, A., Kikuchi, S. and Koba, T.
    • 雑誌名

      Chromosome Science

      巻: 21

    • NAID

      130007682157

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cytogenetic variation among Cucumis accessions revealed by fluorescence in situ hybridization using ribosomal RNA genes as the probes2019

    • 著者名/発表者名
      Setiawan, A. B., Teo, C. H., Kikuchi, S., Sassa, H., Kato, K. and Koba, T.
    • 雑誌名

      Chromosome Science

      巻: 21

    • NAID

      130007682152

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] An improved method for inducing prometaphase chromosomes in plants.2018

    • 著者名/発表者名
      Setiawan, A.B., Teo, C.H., Kikuchi, S., Sassa, H. and Koba, K.
    • 雑誌名

      Mol. Cytogenet.

      巻: 11 号: 1 ページ: 32-32

    • DOI

      10.1186/s13039-018-0380-6

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] CmSat162 and CmSat189, new satellite DNAs in Cucumis melo L.2018

    • 著者名/発表者名
      Setiawan, A. B., Teo, C. H., Kikuchi, S., Sassa, H., Kato, K. and Koba, T.
    • 学会等名
      The 6th Asia-Pacific Chromosome Colloquium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] コムギと園芸植物の細胞遺伝学2018

    • 著者名/発表者名
      木庭卓人
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular cytogenetics and genome science of plants2017

    • 著者名/発表者名
      Takato Koba
    • 学会等名
      BIT’s 2nd Annual International Congress of Genetics
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Chromosome discrimination in diploid Fragaria vesca and F. iinumae by BAC-FISH technique and its application to octoploid strawberry F. x ananassa2016

    • 著者名/発表者名
      Koba, T., Nagayama, I., Kikuchi, S., and Sassa, H.
    • 学会等名
      The 21st International Chromosome Conference
    • 発表場所
      Foz do Uguacu, Brasil
    • 年月日
      2016-07-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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