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多次元データ解析の新しい枠組み:構造推定と判別解析

研究課題

研究課題/領域番号 16K12401
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 統計科学
研究機関名古屋大学

研究代表者

松井 茂之  名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (80305854)

研究分担者 小森 理  成蹊大学, 理工学部, 准教授 (60586379)
研究協力者 Crowley John  Chief of Strategic Alliances Cancer Research And Biostatistics, Board Chair
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2018年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2016年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
キーワード判別・予測解析 / 機械学習 / 疾患の異質性 / 統計モデリング / 統計科学 / 構造推定 / 判別解析 / 階層混合モデル / 統計的判別解析 / 疾患異質性 / 高次元データ / 疾患の遺伝的異質性 / 数理工学 / 生物統計学
研究成果の概要

生物学・医学領域におけるゲノムデータなどの高次元データを用いた興味ある形質の判別解析において、形質とゲノムデータの関連構造を捉えた階層混合モデルに基づいて判別式を構成し、モデルベーストに判別精度を推定するという新しい枠組みを検討した。併せて、がんなどの疾患にみられる分子レベルでの異質性の構造を捉えたネスト型混合モデリングとこれに基づく疾患判別法について検討した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ゲノムデータなどの多次元データを用いた提案する判別・予測解析は、ゲノムデータがもっている自然な関連構造、疾患の分子レベルでの異質性を明示的に考慮しており、統計・機械学習の新しい枠組みを提案するものである。一方で、本研究で開発した方法を適用することで、疾患の診断法の開発はもとより、疾患の分子機構の理解、新規治療法の分子標的の発見に役立つと期待できる。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 6件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 4件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] Cancer Reserach And Biostatistics(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Cancer Research And Biostatistics(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] compound.Cox: univariate feature selection and compound covariate for predicting survival2019

    • 著者名/発表者名
      Emura T, Matsui S, Chen HY.
    • 雑誌名

      Computer Methods and Programs in Biomedicine

      巻: 168 ページ: 21-37

    • DOI

      10.1016/j.cmpb.2018.10.020

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Empirical Bayes estimation of semi-parametric hierarchical mixture models for unbiased characterization of polygenic disease architectures2018

    • 著者名/発表者名
      Nishino J, Kochi Y, Shigemizu D, Kato M, Ikari K, Ochi H, Noma H, Matsui K, Morizono T, Boroevich K, Tsunoda T, Matsui S.
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 9 ページ: 115-115

    • DOI

      10.3389/fgene.2018.00115

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] An optimal semiparametric method for two-group classification.2018

    • 著者名/発表者名
      Baek, S., Komori, O. Ma, Y.
    • 雑誌名

      Scandinavian Journal of Statistics

      巻: 45 号: 3 ページ: 806-846

    • DOI

      10.1111/sjos.12323

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Multi-subgroup gene screening using semi-parametric hierarchical mixture models and the optimal discovery procedure: Application to a randomized clinical trial in multiple myeloma2018

    • 著者名/発表者名
      Matsui S, Noma H, Qu P, Sakai Y, Matsui K, Heuck C, Crowley J
    • 雑誌名

      Biometrics

      巻: 74 号: 1 ページ: 313-320

    • DOI

      10.1111/biom.12716

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] オミクス研究における検証的解析と探索的解析:多重検定とP値を中心に2018

    • 著者名/発表者名
      松井茂之
    • 雑誌名

      計量生物学

      巻: 38 ページ: 127-139

    • NAID

      130006742188

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quasi-linear score for capturing heterogeneous structure in biomarkers2017

    • 著者名/発表者名
      Omae K, Komori O, Eguchi S
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 18 号: 1 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1186/s12859-017-1721-x

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Robust bias correction model for estimation of global trend in marine populations2017

    • 著者名/発表者名
      Komori O, Eguchi S, Saigusa Y, Okamura S, Ichinokawa M
    • 雑誌名

      Ecosphere

      巻: 8 号: 12 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1002/ecs2.2038

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CAST: a new score for early prediction of neurological outcomes after cardiac arrest before therapeutic hypothermia with high accuracy.2016

    • 著者名/発表者名
      Nishikimi M, Matsuda N, Matsui K, Takahashi K, Ejima T, Liu K, Ogura T,
    • 雑誌名

      Intensive Care Med.

      巻: 42 号: 12 ページ: 2106-2107

    • DOI

      10.1007/s00134-016-4492-3

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Reproducible detection of disease-associated markers from gene expression data2016

    • 著者名/発表者名
      K. Omae, O. Komori and S.Eguchi
    • 雑誌名

      BMC Medical Genomics

      巻: 9(53) 号: 1 ページ: 53-53

    • DOI

      10.1186/s12920-016-0214-5

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Hierarchical Mixture Modeling for Multiple Testing and Effect Size Estimation in Voxel-Level Inference of Neuroimaging Data2018

    • 著者名/発表者名
      2.Ryo Emoto, Atsushi Kawaguchi, Hisako Yoshida, Shigeyuki Matsui
    • 学会等名
      Joint Statistical Meeting 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 単変量Cox回帰にもとづく遺伝子選択と複合共変量による生存期間の予測2018

    • 著者名/発表者名
      江村剛志, 松井 茂之, Hsuan-Yu Chen
    • 学会等名
      2018年度統計関連学会連合大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 脳画像を用いた疾患関連解析における効果サイズ推定2018

    • 著者名/発表者名
      江本 遼, 川口 淳, 松井茂之.
    • 学会等名
      2018年度統計関連学会連合大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 一般化エネルギー関数に基づくクラスター分析2018

    • 著者名/発表者名
      小森 理, 江口真透
    • 学会等名
      2018年度統計関連学会連合大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Multiple Testing Based on Semi-Parametric Hierarchical Mixture Models under Dependency in Disease-Association Studies with Neuroimaging Data2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Emoto, Atsushi Kawaguchi, Hisako Yoshida, Shigeyuki Matsui
    • 学会等名
      Eastern North American Region International Biometric Society 2018 Meeting
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 入れ子型混合モデルに基づくcancer outlier profileの推定とがん診断への応用について2017

    • 著者名/発表者名
      松井孝太,大浦智則,松井茂之
    • 学会等名
      科研費シンポジウム「統計的モデリングと計算アルゴリズムの数理と展開」
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2017-02-01
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Asymmetric logistic regression model2017

    • 著者名/発表者名
      Komori O
    • 学会等名
      The International Conference on Bioinformatics and Biostatistics for Agriculture Health and Environment
    • 発表場所
      Rajshahi ,Bangladesh
    • 年月日
      2017-01-22
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Omics研究における検証的解析と探索的解析2017

    • 著者名/発表者名
      松井茂之
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生態デ-タのためのポアソン点過程モデル 準線形モデリング2017

    • 著者名/発表者名
      小森理
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 分布の異質性を考慮した判別手法2016

    • 著者名/発表者名
      小森理
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2016-09-06
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Cancer Outlier Analysis Based on a Nested Two-Way Clustering.2016

    • 著者名/発表者名
      Oura T, Matsui K, Matsui S.
    • 学会等名
      XXVIIIth International Biometric Conference
    • 発表場所
      Victoria, Canada
    • 年月日
      2016-07-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-02-21  

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