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多階層ゲノミクスデータ流通におけるアジア拠点の構築

研究課題

研究課題/領域番号 16K12529
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

川路 英哉  国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 開発ユニットリーダー (20525406)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2017年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2016年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワードゲノミクス / バイオインフォマティクス / データベース / genome / epigenome / transcriptome / database / bioinformatics / genomics / エピゲノム / トランスクリプトーム / 次世代シーケンサ / データーベース
研究成果の概要

日本を含むアジア地域での大規模ゲノミクス解析を支援するため、The UCSC Genome Browserデータベースの日本拠点を開発者とともに立ち上げた。立ち上げの後二年間で、月間2~30万回もアクセスされる程度の、日本において最も利用されているライフサイエンス・データベースの一つにまで成長した。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] University of California, Santa Cruz(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] UCSC Genomics Institute(米国)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals.2017

    • 著者名/発表者名
      Lizio M et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 45 号: D1 ページ: D737-D743

    • DOI

      10.1093/nar/gkw995

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2017

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2017

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 転写開始イベントの高精度・高解像度プロファイルが 明らかにするタンパク質非コード領域とその複雑な制御2017

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      京都大学ウイルス・再生医科学研究所第3回生命情報研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2016

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      トーゴーの日2016
    • 発表場所
      東京大学弥生講堂 (東京)
    • 年月日
      2016-10-05
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2016

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      第39回分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (横浜)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [備考] http://genome-asia.ucsc.edu/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] The UCSC Genome Browser (Asia mirror)

    • URL

      http://genome-asia.ucsc.edu/

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [備考] ゲノムブラウザ・データベースの公式ミラーを開設 (理化学研究所 トピックス2016)

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/topics/2016/20160617_1/

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-06-07  

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