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シュードウリジン:新しいガンマーカーの探索

研究課題

研究課題/領域番号 16K14625
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 腫瘍診断学
研究機関首都大学東京

研究代表者

田岡 万悟  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (60271160)

研究分担者 泉 友則  山口大学, 大学院医学系研究科, 准教授 (00261694)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2017年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードRNA / 転写後修飾 / 質量分析 / シュードウリジン / マーカー
研究成果の概要

シュードウリジン(5-ribosyluracil、Ψ)は、質量に変化がない唯一の転写後修飾ヌクレオシドでウリジンとよく似ているために、これまで微量なRNAに適用できる有効な配列決定法がほとんどなかった。本研究では、Ψの質量分析(MS)に基づく新規な配列決定方法を開発した。この方法を応用することで、出芽酵母やヒトrRNA、ヒト核内低分子RNAに含まれるΨを同定した。この方法は、RNAのフェムトモル量のΨの直接的な決定を可能にするため、今後、広範なnon-cording RNAの構造/機能研究のための確実かつ有用なツールとして役立つことが期待された。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 3件)

  • [国際共同研究] Faculty of Chemistry/Department of Structural Biology/Weizmann Institute of Science(イスラエル)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] A mass spectrometry-based method for direct determination of pseudouridine in RNA.2016

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi Y, Nobe Y, Izumikawa K, Higo D, Yamagishi Y, Takahashi N, Nakayama H, Isobe T, Taoka M.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 44 号: 6 ページ: e59-e59

    • DOI

      10.1093/nar/gkv1462

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The complete chemical structure of Saccharomyces cerevisiae rRNA: partial pseudouridylation of U2345 in 25S rRNA by snoRNA snR9.2016

    • 著者名/発表者名
      Taoka M, Nobe Y, Yamaki Y, Yamauchi Y, Ishikawa H, Takahashi N, Nakayama H, Isobe T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 44 号: 18 ページ: 8951-8961

    • DOI

      10.1093/nar/gkw564

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] リボヌクレオプロテオミクス解析:質量分析を基礎とした網羅的なRNA転写後修飾解析法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      田岡万悟
    • 学会等名
      日本プロテオーム科学会2017年大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 質量分析を基礎としたRNA転写後修飾解析法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      田岡万悟
    • 学会等名
      第12回GSコロキアム(防衛大学校グローバルセキュリティーセンター主催)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ncRNAの転写後修飾解析2016

    • 著者名/発表者名
      田岡万悟
    • 学会等名
      第64回質量分析総合討論会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2019-12-27  

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