| 研究課題/領域番号 |
16K14641
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
ゲノム生物学
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| 研究機関 | 東京工業大学 |
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研究代表者 |
伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | 遺伝子構造予測 / RNA-seq / 遺伝子予測 / 遺伝子配列構築 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、実験／情報解析双方を用いた新規RNA-seq解析法を開発した。前者では、cDNAの5'を固定後Exo3処理を行うことで、5'は同一かつ3'は様々な配列を持つcDNAを取得し、これらをIlluminaにてシークエンスすることで5'配列をタグとして利用する実験手法を開発した。しかし、インサートが1000bp前後のライブラリ構築に失敗した。後者では前者の実験データを対象にしたアセンブルプログラムを開発することができた。初期の目的は達成できなかったが、本手法は同一cDNAの5'側3'側contigを同時に取得が可能なため、従来手法と組み合わせることで、効果的な遺伝子構造取得が可能になる。
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