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ロングリードを指向した1細胞ゲノム配列決定のための鋳型調製法

研究課題

研究課題/領域番号 16K14656
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関九州大学

研究代表者

三浦 史仁  九州大学, 医学研究院, 講師 (50447348)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2016年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
キーワードゲノム配列決定 / 1本鎖DNA / ニッキングエンドヌクレアーゼ / TACSライゲーション / ゲノム配列 / 1本鎖DNA / 1細胞 / 次世代シークエンサー
研究成果の概要

ニッキングエンドヌクレアーゼで消化することにより2本鎖DNAのフォワード鎖とリバース鎖のそれぞれの鎖に対し上下互い違いに切断を導入する。このDNAを加熱変性して1本鎖にした後、独自の1本鎖DNA同士のライゲーション技術によりアダプターを付加するとフォワード鎖とリバース鎖のそれぞれで読み出し開始位置の異なるライブラリーが調製可能となる。本開発ではこのようなユニークな特性をもつライブラリー調製法の開発を進めた。これまでにイルミナ社のシークエンサーで読み出し可能なライブラリーの調製を実現できている。今後、本手法をロングリードタイプのシークエンサーへ応用する予定である。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Post-Bisulfite Adaptor Tagging for PCR-Free Whole-Genome Bisulfite Sequencing.2018

    • 著者名/発表者名
      Miura F, Ito T
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1708 ページ: 123-136

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-7481-8_7

    • ISBN
      9781493974795, 9781493974818
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Methylome analysis based on enhanced single strand DNA ligation2017

    • 著者名/発表者名
      Fumihito Miura
    • 学会等名
      France Japan Epigenetics Workshop 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新しい1本鎖DNAアダプターの連結反応を用いた高効率なWGBSのライブラリー調製法2017

    • 著者名/発表者名
      三浦史仁、三浦美希、柴田由希子、伊藤隆司
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2021-01-27  

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