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NMR分子置換法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K14681
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 構造生物化学
研究機関横浜国立大学

研究代表者

児嶋 長次郎  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 教授 (50333563)

連携研究者 小林 直宏  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任准教授 (80272160)
杉木 俊彦  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任助教 (70635698)
古板 恭子  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任助教 (30727665)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2016年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードNMR / 蛋白質 / 立体構造 / 自動化 / 自動構造決定
研究成果の概要

溶液NMRによる蛋白質の立体構造解析にはX線の分子置換法に相当する技術が存在せず、未だに立体構造決定に多大な時間を要している。そこで本研究ではNMRによる蛋白質の立体構造解析を劇的に高速化する新規手法の開発を目指し、大阪大学にて開発を進めている構造解析ソフトプラットフォームMagROを拡張発展させた。最終的には150残基程度の小さな蛋白質であれば半日程度で完全自動での立体構造決定が可能となった。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (15件) (うち国際共著 10件、 査読あり 15件、 オープンアクセス 6件、 謝辞記載あり 4件)

  • [国際共同研究] Academy of Sciences(チェコ)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Marquette University(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Universite de Sherbrooke(Canada)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Academy of Sciences/Czech Technical University in Prague(チェコ)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Wisconsin-Madison/University of California(米国)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Athens(Greece)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] TFL1-Like Proteins in Rice Antagonize Rice FT-Like Protein in Inflorescence Development by Competition for Complex Formation with 14-3-3 and FD.2018

    • 著者名/発表者名
      Kaneko-Suzuki M, Kurihara-Ishikawa R, Okushita-Terakawa C, Kojima C, Nagano-Fujiwara M, Ohki I, Tsuji H, Shimamoto K, Taoka KI.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol.

      巻: 59 号: 3 ページ: 458-468

    • DOI

      10.1093/pcp/pcy021

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Current NMR Techniques for Structure-Based Drug Discovery2018

    • 著者名/発表者名
      Sugiki Toshihiko、Furuita Kyoko、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 号: 1 ページ: 148-148

    • DOI

      10.3390/molecules23010148

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Production of Single-Chain Fv Antibodies Specific for GA-Pyridine, an Advanced Glycation End-Product (AGE), with Reduced Inter-Domain Motion2017

    • 著者名/発表者名
      Fukuda N、Noi K、Weng L、Kobashigawa Y、Miyazaki H、Wakeyama Y、Takaki M、Nakahara Y、Tatsuno Y、Uchida-Kamekura M、Suwa Y、Sato T、Ichikawa-Tomikawa N、Nomizu M、Fujiwara Y、Ohsaka F、Saitoh T、Maenaka K、Kumeta H、Shinya S、Kojima C、Ogura T、Morioka H
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 22 号: 10 ページ: 1695-1695

    • DOI

      10.3390/molecules22101695

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and Functional Analysis of the C-Terminal Region of FliG, an Essential Motor Component of Vibrio Na + -Driven Flagella2017

    • 著者名/発表者名
      Miyanoiri Yohei、Hijikata Atsushi、Nishino Yuuki、Gohara Mizuki、Onoue Yasuhiro、Kojima Seiji、Kojima Chojiro、Shirai Tsuyoshi、Kainosho Masatsune、Homma Michio
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 25 号: 10 ページ: 1540-1548

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.08.010

    • NAID

      120006375873

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Protein 19F-labeling using transglutaminase for the NMR study of intermolecular interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Hattori Yoshikazu、Heidenreich David、Ono Yuki、Sugiki Toshihiko、Yokoyama Kei-ichi、Suzuki Ei-ichiro、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 68 号: 4 ページ: 271-279

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0125-6

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: Concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine.2017

    • 著者名/発表者名
      Jakub Sebera, Yoshikazu Hattori, Daichi Sato, David Reha, Radim Nencka, Takashi Kohno, Chojiro Kojima, Yoshiyuki Tanaka, and Vladimir Sychrovsky
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 45 号: 9 ページ: 5231-5242

    • DOI

      10.1093/nar/gkx157

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] NMR line shape analysis of a multi-state ligand binding mechanism in chitosanase2017

    • 著者名/発表者名
      Shinya Shoko、Ghinet Mariana G.、Brzezinski Ryszard、Furuita Kyoko、Kojima Chojiro、Shah Sneha、Kovrigin Evgenii L.、Fukamizo Tamo
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 67 号: 4 ページ: 309-319

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0109-6

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Cold-Shock Expression System in E. coli for Protein NMR Studies2017

    • 著者名/発表者名
      Sugiki Toshihiko、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1586 ページ: 345-357

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-6887-9_23

    • ISBN
      9781493968855, 9781493968879
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Substrate specificity of TOR complex 2 is determined by a ubiquitin-fold domain of the Sin1 subunit2017

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Tatebe, Shinichi Murayama, Toshiya Yonekura, Tomoyuki Hatano, David Richter, Tomomi Furuya, Saori Kataoka, Kyoko Furuita, Chojiro Kojima, and Kazuhiro Shiozaki
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 6

    • DOI

      10.7554/elife.19594

    • NAID

      120005983409

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Publication of nuclear magnetic resonance experimental data with semantic web technology and the application thereof to biomedical research of proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Masashi Yokochi, Naohiro Kobayashi, Eldon L. Ulrich, Akira R. Kinjo, Takeshi Iwata, Yannis E. Ioannidis, Miron Livny, John L. Markley, Haruki Nakamura, Chojiro Kojima, and Toshimichi Fujiwara
    • 雑誌名

      J. Biomed. Semant.

      巻: 7 ページ: 16-16

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Expression, purification, and crystallization of a plant-specific DUF1110 protein from Oryza sativa2016

    • 著者名/発表者名
      Harada K, Yamashita E, Inoue K, Yamaguchi K, Fujiwara T, Nakagawa A, Kawasaki T, and Kojima C.
    • 雑誌名

      Acta Cryst.

      巻: 72 号: 6 ページ: 480-484

    • DOI

      10.1107/s2053230x16007573

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Solution NMR structure and inhibitory effect against amyloid-β fibrillation of Humanin containing a D-isomerized serine residue2016

    • 著者名/発表者名
      Nesreen Alsanousi, Toshihiko Sugiki, Kyoko Furuita, Masatomo So, Young-Ho Lee, Toshimichi Fujiwara, and Chojiro Kojima
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 477 号: 4 ページ: 647-653

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.06.114

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The Structure Determination of AgI-mediated Cytosine-Cytosine Base Pair within DNA Duplex in Solution with 1H/15N/109Ag NMR Spectroscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Takenori Dairaku, Kyoko Furuita, Hajime Sato, Jakub Sebera, Katsuyuki Nakashima, Jiro Kondo, Daichi Yamanaka, Yoshinori Kondo, Itaru Okamoto, Akira Ono, Vladimir Sychrovsky, Chojiro Kojima, and Yoshiyuki Tanaka
    • 雑誌名

      Chemistry

      巻: 22 号: 37 ページ: 13028-13031

    • DOI

      10.1002/chem.201603048

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Noncovalent forces tune the electron transfer complex between ferredoxin and sulfite reductase to optimize enzymatic activity2016

    • 著者名/発表者名
      Ju Yaen Kim, Misaki Kinoshita, Satoshi Kume, Guy T. Hanke, Toshihiko Sugiki, John E. Ladbury, Chojiro Kojima, Takahisa Ikegami, Genji Kurisu, Yuji Goto, Toshiharu Hase, and Young-Ho Lee
    • 雑誌名

      Biochem. J.

      巻: 473 ページ: 3837-3854

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] HgII/AgI-mediated base pairs and their NMR spectroscopic studies2016

    • 著者名/発表者名
      Takenori Dairaku, Kyoko Furuita, Hajime Sato, Jakub Sebera, Katsuyuki Nakashima, Akira Ono, Vladimir Sychrovsky, Chojiro Kojima, and Yoshiyuki Tanaka
    • 雑誌名

      Inorg. Chim. Acta

      巻: 452 ページ: 34-42

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-08-19  

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