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基質濃度の可視化と制御によるV-ATPaseの回転イオン輸送機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K14706
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学

研究代表者

上野 博史  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (10546592)

研究協力者 村田 武士  
野地 博行  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2018年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2017年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2016年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
キーワード分子モーター / 1分子計測 / ATPase / 1分子計測・操作 / イオン輸送
研究成果の概要

本研究ではナトリウム(Na+)を輸送基質とするEnterococcus hirae (E. hirae)のV-ATPase(VoV1)の大腸菌内発現系・精製系の最適化を行い、高活性なE. hirae VoV1を安定的に調製できる発現系・精製系の構築に成功した。このサンプルを用いたクライオ電子顕微鏡解析によりE. hirae VoV1全体の構造解析にも成功している。さらにこのVoV1を用いて、ATP駆動の回転の高時間分解能での検出にも成功した。E. hiraeのVoV1は外部のナトリウム濃度の低下に伴い回転速度が低下し、Voでのナトリウム結合を反映した多点の回転ステップを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

V-ATPaseはATP加水分解のエネルギーを用いてイオン(プロトンやナトリウム)を輸送する分子機械である。このV-ATPaseは膜小胞の酸性化や破骨細胞による骨吸収や癌細胞の転移にも関わることから創薬のターゲットとしても注目されている。そのためこの分子の回転イオン輸送を理解することは医学的にも重要であり、今回の研究がきっかけで明らかになったこのV-ATPaseの全体構造はこの分子をターゲットとした創薬につながると期待される。さらに今回明らかになったナトリウムイオンの結合を反映した回転挙動の検出は、回転によってイオン輸送を行う分子機械の理解につながり学術的にも重要な結果だと言える。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 3件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 6件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Off-axis rotor in Enterococcus hirae V-ATPase visualized by Zernike phase plate single-particle cryo-electron microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Tsunoda Jun、Song Chihong、Imai Fabiana Lica、Takagi Junichi、Ueno Hiroshi、Murata Takeshi、Iino Ryota、Murata Kazuyoshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 号: 1 ページ: 15632-15632

    • DOI

      10.1038/s41598-018-33977-9

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of rotary V1 motor2018

    • 著者名/発表者名
      Ueno Hiroshi、Suzuki Kano、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Cellular and Molecular Life Sciences

      巻: 75 号: 10 ページ: 1789-1802

    • DOI

      10.1007/s00018-018-2758-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Catalytic robustness and torque generation of the F1-ATPase2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Noji, Hiroshi Ueno and Duncan G. G. McMillan
    • 雑誌名

      Biophysical reviews

      巻: 9 号: 2 ページ: 103-103

    • DOI

      10.1007/s12551-017-0262-x

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct real-time detection of single proteins using silicon nanowire-based electrical circuits2016

    • 著者名/発表者名
      Jie Li, Gen He, Hiroshi Ueno, Chuancheng Jia, Hiroyuki Noji, Chuanmin Qi, Xuefeng Guo
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 8 号: 36 ページ: 16172-16176

    • DOI

      10.1039/c6nr04103e

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Rotation of artificial rotor axles in rotary molecular motors2016

    • 著者名/発表者名
      Baba M, Iwamoto K, Iino R, Ueno H, Hara M, Nakanishia A, Kishikawa J, Noji H, Yokoyama K
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA

      巻: 113 号: 40 ページ: 11214-11219

    • DOI

      10.1073/pnas.1605640113

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Biophysical Characterization of a Thermoalkaliphilic Molecular Motor with a High Stepping Torque Gives Insight into Evolutionary ATP Synthase Adaptation2016

    • 著者名/発表者名
      Duncan G. G. McMillan, Rikiya Watanabe, Hiroshi Ueno, Gregory M. Cook, and Hiroyuki Noji
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 291 号: 46 ページ: 23965-23977

    • DOI

      10.1074/jbc.m116.743633

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Rotation of Fusobacterium nucleatum F1-ATPase2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      Bilateral joint research project meeting in Otago
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rotation of the engineered F1-ATPase with non-catalytic α-type P-loops2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno, Rie Koga, Tomoko Masaike, Nobuyasu Koga, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      20th European Bioenergetics Conference
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule analysis of bovine mitochondrial F1-ATPase for direct assignment of crystal structures and rotational pausing states2018

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kobayashi, Hiroshi Ueno, Toshiharu Suzuki, Mayu Hara, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rotation of hybrid F1-ATPases between bacterial and mammalian ones2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Watanabe, Hiroshi Ueno, Toshiharu Suzuki, Ryohei Kobayashi, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rotational torque and kinetics of F1-ATPase containing the catalytic subunit with a non-catalytic hinge2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoyasu Sato, Hiroshi Ueno, Kumiko Hayashi, Rie Koga, Nobuyasu Koga, Hiroyuki Noji, Tomoko Masaike
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Single Particle Analysis of EhV-ATPase by Phase-Plate electron cryo-microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Jun Tsunoda, Chihong Song, Yakushiji Fabiana Lica, Takeshi Murata, Hiroshi Ueno, Naoyuki Miyazaki, Kenji Iwasaki, Junichi Takagi, Ryota Iino, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Impact of the sequence difference of P-loop on the conformational changes of F1-ATPase2018

    • 著者名/発表者名
      Rie Koga, Hiroshi Ueno, Tomoko Masaike, Hiroyuki Noji, Nobuyasu Koga
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] On the timing of phosphate release in the ATPase reaction by TF12018

    • 著者名/発表者名
      Eiro Muneyuki, Yohei Nakayama, Shoichi Toyabe, Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rotation of the engineered F1-ATPase with non-catalytic α-type P-loops2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno, Rie Koga, Tomoko Masaike, Nobuyasu Koga, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Chemomechanical Coupling of the Paracoccus denitrificans F1-ATPase2018

    • 著者名/発表者名
      Mariel Zarco - Zavala, Duncan G.G McMillan, Suzuki Toshiharu, Hiroshi Ueno, Rikiya Watanabe, Francisco Mendoza - Hoffmann, Jose J. Garcia-Trejo, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rotation mechanisms of rotary ATPases2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      Complex systems and Biological physics seminar
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rotation of the engineered F1-ATPase with alpha-type P-loop on catalytic beta subunit2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Single-molecule imaging of rotation of bovine mitochondrial F1-ATPase2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Bioenergetics
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Probing the biophysical properties of a Thermoalkaliphilic F1 ATPase gives insight into adaptation and regulation2016

    • 著者名/発表者名
      Duncan G. G. McMillan, Rikiya Watanabe, Hiroshi Ueno, Gregory M. Cook, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Fluorescence detection of the flagellar type III protein export using the inverted membrane vesicles2016

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Tono, Hiroyuki Terashima, Kazuhito Tabata, Hiroshi Ueno, Tomoki Matsuda, Takeharu Nagai, Hiroyuki Noji, Katsumi Imada
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Single Particle Analysis of EhV-ATPase by Phase-contrast cryo-Electron Microscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Jun Tsunoda, Chihong Song, Fabiana Lica Yakushiji, Takeshi Murata, Hiroshi Ueno, Junichi Takagi, Ryota Iino, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Unveiling the chemomechanical coupling of F1 ATPase of Paracoccus denitrificans2016

    • 著者名/発表者名
      Mariel Zarco Zavala, Duncan G G McMillan, Toshiharu Suzuki, Hiroshi Ueno, Francisco Mendoza-Hoffmann, Jose J. Garcia-Trejo, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Arginine finger mutant of Enterococcus hirae V1-ATPase shows unusual rotational behaviors2016

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Iida, Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Single-molecule simultaneous observation of rotation and nucleotide binding/release of Enterococcus hirae V1-ATPase2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji, Takeshi Murata, Ryota Iino
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-26
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Measuring metabolic activities in single bacterial cells by Raman microspectroscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Yota Kato, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-26
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Detection of enzymatic activity in femtliter droplets using micro-Raman spectroscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Hironobu Yamashita, Kazuhito V Tabata, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-26
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] The kinetics of Pi release in F1-ATPase investigated with P-loop mutations2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroka Narita, Hitoshi Hoshina, Hikaru Yoshida, Yohei Nakayama, Shoichi Toyabe, Hiroshi Ueno, Eiro Muneyuki
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Identification of accelerators on Na+-depending ATPase activity of Enterococcus hirae V-ATPase2016

    • 著者名/発表者名
      Senka Gi, Lica Fabiana Yakushiji, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji, Takayoshi Arai, Katsuhiko Moriyama, Hideo Togo, Takeshi Murata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Measuring metabolic activities in single bacterial cells by Raman microspectroscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Yota Kato, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      International Conference on Single Cell Research 2016
    • 発表場所
      Ito International Research Center, The University of Tokyo(東京都文京区)
    • 年月日
      2016-11-17
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 金ナノ粒子を用いた無負荷でのV1-ATPaseの回転とヌクレオチド結合解離の同時計測2016

    • 著者名/発表者名
      上野博史
    • 学会等名
      蛋白研セミナー・第6回分子モーター討論会
    • 発表場所
      大阪大学蛋白質研究所(大阪府吹田市)
    • 年月日
      2016-07-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [産業財産権] 蛍光観察装置2016

    • 発明者名
      野地博行・上野博史・皆川慶嘉
    • 権利者名
      野地博行・上野博史・皆川慶嘉
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2016-235614
    • 出願年月日
      2016-12-05
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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