| 研究課題/領域番号 |
16K14854
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
園芸科学
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| 研究機関 | 岡山大学 |
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研究代表者 |
牛島 幸一郎 岡山大学, 環境生命科学研究科, 准教授 (20379720)
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| 研究分担者 |
門田 有希 岡山大学, 環境生命科学研究科, 准教授 (30646089)
赤木 剛士 京都大学, 農学研究科, 助教 (50611919)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
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| キーワード | Iso-seq / トランスクリプトーム / 果実成熟 / alternative splicing |
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| 研究成果の概要 |
第３世代の次世代シークエンサーの普及により，ゲノム解読だけではなく転写産物の解読に利用されている．本研究ではメロン果実のIso-seq解析を行い，完全長cDNA配列と選択的スプライシングについて解析を行った．３つの異なる方法で完全長cDNA配列ライブラリーを構築し，PacBioとNanoporeを用いて配列解読を行った．得られたIsoformをメロンゲノムにマッピングして比較した結果，PacBioの解読では 約6,500遺伝子座，Nanoporeの解読では12,000の遺伝子座からの転写産物が得られた．そのうち，509遺伝子座が新規の遺伝子座であった．
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