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トリプシン超越型新世代ショットガンプロテオミクス

研究課題

研究課題/領域番号 16K15107
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 物理系薬学
研究機関京都大学

研究代表者

石濱 泰  京都大学, 薬学研究科, 教授 (30439244)

連携研究者 杉山 直幸  京都大学, 大学院薬学研究科, 准教授 (50545704)
若林 真樹  京都大学, 大学院薬学研究科, 連携准教授 (70552024)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2017年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2016年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
キーワードショットガンプロテオミクス / トリプシン / トリプエヌ / タンパク質末端解析 / 分析化学 / プロテオミクス / 質量分析
研究成果の概要

新規プロテアーゼの開拓に取り組み、LysArgaseに属するTrypNを検討した。消化条件を最適化するとともに、生成するペプチドの分離条件およびMS条件を調べた。特にイオン交換クロマトグラフィーを積極的に利用する分離条件を検討し、トリプシン消化ペプチドとの比較において、陽イオン交換クロマトグラフィーにおいて正電荷の位置による分離が可能であることを見出した。TrypN消化後に陽イオン交換クロマトグラフィー分離を行うことにより、タンパク質N末端ペプチドを選択的に濃縮可能であることを示した。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件)

  • [国際共同研究] ベルリン工科大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Peptide Retention in Hydrophilic Strong Anion Exchange Chromatography Is Driven by Charged and Aromatic Residues2018

    • 著者名/発表者名
      Giese Sven H.、Ishihama Yasushi、Rappsilber Juri
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 90 号: 7 ページ: 4635-4640

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.7b05157

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] プロテオミクス試料調製用タンパク質固定化StageTipの開発2018

    • 著者名/発表者名
      西田紘士・若林真樹・杉山直幸・石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第138年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ショットガンプロテオミクスにおける計測と情報の新展開2018

    • 著者名/発表者名
      石濱 泰
    • 学会等名
      第15回北里疾患プロテオーム研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Peptide Chromatographic Approaches for Illuminating Human Proteome2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishihama
    • 学会等名
      18th KHUPO Annual International Proteomics Conference
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] One-step Enrichment Method for Protein N-Terminome2017

    • 著者名/発表者名
      Chih-Hsiang Chang, Eito Yamamoto, Hsin-Yi Chang , Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      AOMSC 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] N-terminal Arg/Lys Proteases for Shotgun Proteomics2017

    • 著者名/発表者名
      Chih-Hsiang Chang, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2017年大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質末端大規模解析に向けた新規タンパク質末端ペプチド濃縮法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      山本 英人、張 智翔、木村 迪子、杉山 直幸、石濱 泰
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ポリマー被覆モノリス型シリカを用いた逆相系キャピラリーカラムの開発2017

    • 著者名/発表者名
      舟橋充央、阿知波弘憲、Hsin-Yi Chang、 杉山直幸、 石濱泰
    • 学会等名
      第24回クロマトグラフィーシンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] メートル長C18モノリス型シリカキャピラリーカラムと 緩勾配溶出を組み合わせたnanoLC/MS/MSによる タンパク質同定システムの最適化2017

    • 著者名/発表者名
      舟橋充央、阿知波弘憲、山本有希子、Hsin-Yi Chang、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      第28回クロマトグラフィー科学会議
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] メートル長HILICモノリス型シリカカラムを用いた高分離能nanoLC/MS/MSプロテオミクス2016

    • 著者名/発表者名
      阿知波 弘憲, 鎌倉 健雄, 市原 駿, 若林 真樹, 杉山 直幸, 石濱 泰
    • 学会等名
      第27回クロマトグラフィー科学会議
    • 発表場所
      慶應義塾大学芝共立キャンパス(東京都港区)
    • 年月日
      2016-11-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒトプロテオーム解明に向けたプロテオーム 解析法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      石濱 泰
    • 学会等名
      第36回キャピラリー電気泳動シンポジウム
    • 発表場所
      徳島大学常三島キャンパス(徳島市)
    • 年月日
      2016-11-09
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 腸内細菌叢メタプロテオーム解析プラットフォームの開発2016

    • 著者名/発表者名
      伊藤麻里子、若林真樹、杉山直幸、園村和弘、松田文彦、石濱泰
    • 学会等名
      第89回日本生化学会大会
    • 発表場所
      仙台国際センター(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Acetyl proteomics using a novel enrichment strategy for lysine acetylated peptides2016

    • 著者名/発表者名
      Kazuya Tsumagari, Takayuki Hashimoto, Masaki Wakabayashi, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      HUPO2016
    • 発表場所
      Taipei, Taiwan
    • 年月日
      2016-09-18
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] High sensitivity and high throughput phosphoproteomics with micro-scale TMT labeling2016

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Ogata, Chia-Feng Tsai, Masaki Wakabayashi, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      21st International Mass Spectrometry Conference
    • 発表場所
      Toronto, Canada
    • 年月日
      2016-08-20
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DIAスライスモードを用いたLC/MS/MSによる大規模定量プロテオミクス2016

    • 著者名/発表者名
      阿知波弘憲、若林真樹、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2016年大会
    • 発表場所
      北里大学薬学部(東京都港区)
    • 年月日
      2016-07-28
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] プロテオーム間引き解析とSWATH2016

    • 著者名/発表者名
      石濱 泰
    • 学会等名
      第64回質量分析総合討論会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府吹田市)
    • 年月日
      2016-05-18
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2019-03-29  

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