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ハロゲン原子の導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K16151
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関日本大学

研究代表者

山岸 賢司  日本大学, 工学部, 講師 (90460021)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2016年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード人工アミノ酸 / フラグメント分子軌道法 / 相互作用エネルギー / 構造安定化 / ハロゲン原子 / 軌道間相互作用解析 / 軌道間相互作用 / バイオインフォマティクス / 新規アミノ酸 / 分子シミュレーション / FMO
研究成果の概要

本研究は、わずか数個のハロゲン原子導入が引き起こすタンパク質の構造安定化の分子メカニズムを、タンパク質の分子内相互作用の観点で、計算化学的に明らかとした。ハロゲン原子が導入され、タンパク質全体の構造安定性が増大したグルタチオン-S-転移酵素(GST)に対して、フラグメント分子軌道(FMO)計算を行い、GSTを構成するすべてのアミノ酸残基ペアの相互作用エネルギーを算出した。実験的にはアプローチが難しいタンパク質の分子内相互作用を、計算化学手法により解析し、ハロゲン原子導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムを明らかとすることができた。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 図書 (1件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Selective release of miRNAs via extracellular vesicles is associated with house dust mite allergen-induced airway inflammation.2017

    • 著者名/発表者名
      Gon Y, Maruoka S, Inoue T, Kuroda K, Yamagishi K, Kozu Y, Shikano S, Soda K, Lotvall J, Hashimoto S
    • 雑誌名

      Clinical & Experimental Allergy

      巻: 47 号: 12 ページ: 1586-1598

    • DOI

      10.1111/cea.13016

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantitative Determination of Glycine, Alanine, Aspartic Acid, Glutamic Acid, Phenylalanine, and Tryptophan by Raman Spectroscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Numata, Maria Otsuka, Kenji Yamagishi, Hiroyuki Tanaka
    • 雑誌名

      Analytical Letters

      巻: 50(4) 号: 4 ページ: 651-662

    • DOI

      10.1080/00032719.2016.1193189

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene expression analysis in airway-secreting extracellular vesicles upon house dust mite exposure.2016

    • 著者名/発表者名
      Gon Y, Maruoka S, Inoue T, Mizumura K, Kuroda K, Fukano Y, Yamagishi K, Tsuboi E, Hashimoto S
    • 雑誌名

      Allergol Int.

      巻: Sep;65 ページ: S53-S55

    • DOI

      10.1016/j.alit.2016.04.003

    • NAID

      130005418886

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 分子動力学計算による修飾核酸オリゴマーの立体構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      山崎翔・関口真裕・山岸賢司
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] RNA アプタマーとAML1 タンパク質の結合メカニズムに対する分子シミュレーション解析2018

    • 著者名/発表者名
      増川恵介・関口真裕・山岸賢司
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] RNAアプタマーと標的タンパク質の分子間相互作用解析2018

    • 著者名/発表者名
      吉田尚恵・山岸賢司・都築誠二
    • 学会等名
      SATテクノロジー・ショーケース2018
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子シミュレーション2017

    • 著者名/発表者名
      山岸賢司
    • 学会等名
      第60回日本大学工学部学術研究報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる修飾核酸の動的構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      関口真裕・山岸賢司
    • 学会等名
      第60回日本大学工学部学術研究報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Structure and Dynamics of RNA Aptamer to Human Immunoglobulin G2017

    • 著者名/発表者名
      Hisae Yoshida, Masahiro Sekiguchi, Keisuke Masukawa, Sho Yamazaki, Emire Inomata, Kazumasa Akita, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi
    • 学会等名
      CBI(情報計算化学生物)学会2017年大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子系に対する分子シミュレーション解析2017

    • 著者名/発表者名
      山岸賢司
    • 学会等名
      平成29年度化学系学協会東北大会 (依頼講演)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on the structure and dynamics of RNA aptamer to human immunoglobulin G2017

    • 著者名/発表者名
      Hisae Yoshida, Masahiro Sekiguchi, Kazumasa Akita, Emire Inomata, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi
    • 学会等名
      平成29年度化学系学協会東北大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] IN SILICO DESIGN OF RNA APTAMER TO HUMAN IMMUNOGLOBULIN G2017

    • 著者名/発表者名
      Hisae Yoshida, Masahiro Sekiguchi, Kazumasa Akita, Emire Inomata, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamaighsi
    • 学会等名
      7th edition of the EFMC International Symposium on Advances in Synthetic and Medicinal Chemistry
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子シミュレーションを用いたRNA アプタマーの設計手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      吉田尚恵・関口真裕・秋田一雅・猪股恵美礼・野村祐介・石川岳志・坂本泰一・山岸賢司
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学計算を用いた修飾RNAアプタマーの構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      関口真裕, 小野間優希, 吉田尚恵, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第2回年会
    • 発表場所
      東京理科大学葛飾キャンパス(葛飾)
    • 年月日
      2016-11-15
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 生体分子シミュレーションによるアプタマーの最適化2016

    • 著者名/発表者名
      山岸賢司
    • 学会等名
      CBI学会2016年大会 フォーカストセッション
    • 発表場所
      タワーホール船堀(江戸川)
    • 年月日
      2016-10-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular Simulation Analysis of RNA Aptamer to Human Immunoglobulin G2016

    • 著者名/発表者名
      Hisae Yoshida, Toshiki Fukaya, Masahiro Sekiguchi, Emire Inomata, Kazumasa Akita, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi
    • 学会等名
      Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2016
    • 発表場所
      Tower hall FUNABORI (Edogawa)
    • 年月日
      2016-10-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] ハロゲン原子の導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムの解明2016

    • 著者名/発表者名
      吉田尚恵, 石川岳志, 小橋創介, 鷹嘴潤平, 春木満, 坂本健作, 山岸賢司
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(博多)
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] ビタミンD 受容体のリガンド認識メカニズムの解明2016

    • 著者名/発表者名
      吉田尚恵, 春木満, 山岸賢司
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(博多)
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 修飾RNA アプタマーに対するコンフォメーション解析2016

    • 著者名/発表者名
      関口真裕, 吉田尚恵, 石川岳志, 宮川伸, 坂本泰一, 山岸賢司
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(博多)
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学計算を用いた修飾RNAアプタマーの立体構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      関口真裕, 吉田尚恵, 石川岳志, 山岸賢司
    • 学会等名
      第59回日本大学工学部学術研究報告会
    • 発表場所
      日本大学工学部(郡山)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] AR 技術を用いた分子構造表示システムの開発と薬学教育への応用2016

    • 著者名/発表者名
      八巻雷士・山岸賢司
    • 学会等名
      第55回日本薬学会東北支部大会
    • 発表場所
      奥羽大学(郡山)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 修飾RNA アプタマーに対する構造活性相関2016

    • 著者名/発表者名
      関口真裕, 小野間優希, 深谷和紀, 八巻雷士, 吉田尚恵, 石川岳志, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 坂本泰一, 山岸賢司
    • 学会等名
      第55回日本薬学会東北支部大会
    • 発表場所
      奥羽大学(郡山)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [図書] in-silico創薬におけるスクリーニングの高速化・効率化技術2018

    • 著者名/発表者名
      山岸賢司,坂本泰一
    • 総ページ数
      540
    • 出版者
      技術情報協会
    • ISBN
      9784861046889
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] CBI2016大会 フォーカストセッション

    • URL

      http://cbi-society.org/taikai/taikai16/FS/FS-09.pdf

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [産業財産権] 核酸アプタマー、固相担体、ヒトIgG精製用カラム、及びヒトIgGの精製方法2017

    • 発明者名
      山岸賢司,関口真裕,吉田尚恵,坂本泰一,野村祐介,石川岳志
    • 権利者名
      学校法人 日本大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2017-02-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2019-03-29  

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