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情報科学的アプローチによるインスリン受容体周辺の膜環境の動態解析

研究課題

研究課題/領域番号 16K16153
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

竹本 智子  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 研究員 (00450403)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2018年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード画像解析 / 細胞内ロジスティクス / 細胞膜 / インスリン受容体 / 可視化 / 膜流動性 / 領域分割 / 画像処理 / 画像認識
研究成果の概要

本研究では、細胞膜上のインスリンシグナル受容体周辺の膜環境変化を画像解析により明らかにすることを目的に,大量のタイムラプス観察画像から受容体を自動検出し、その膜流動性を解析した。膜流動性に関わる計測値は極めて小さいため、画像間類似度計測法の一つであるZero-mean normalized cross correlation(ZNCC)を活用し、計測値の空間分布及び時間変化を可視化した。その結果、受容体周辺の膜流動性はインスリン刺激時に増加すること、受容体の局所的な膜環境は動的で不均一であることが分かった。これらはインスリン受容体が一般的な原形質膜とは異なる局所膜環境を持つことを示唆している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究はこれまで観察が難しかった細胞膜上のインスリン受容体周辺について、初めてタイムラプス観察画像を取得し、その動態を画像解析したものである。これは、インスリン受容体を環境感受性の蛍光プローブで直接ラベルする観察系が、研究協力者らによって確立されたことによる。本研究によって大量のタイムラプス観察画像の自動解析法が確立できたことで、これまで不明であった受容体周辺の膜流動性についての定量解析が可能となった。結果として、インスリン刺激時の受容体周辺の膜流動性の変化や空間分布の不均一性が明らかになるなど、病態の発生原因の解明研究の促進に寄与することができたと考えている。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 8件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] ジュネーブ大学(スイス)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] ジュネーブ大学/NCCR(スイス)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ジュネーブ大学(スイス)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ジュネーブ大学(スイス)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] An end-to-end CNN and LSTM network with 3D anchors for mitotic cell detection in 4D microscopic images and its parallel implementation on multiple GPUs2020

    • 著者名/発表者名
      T. Kitrungrotsakul, X.-X Han, Y. Iwamoto, S. Takemoto, H. Yokota, S. Ipponjima, T. Nemoto, X. Wei, and Y.-W. Chen,
    • 雑誌名

      Neural Computing and Applications

      巻: Vol. 32 号: 10 ページ: 5669-5679

    • DOI

      10.1007/s00521-019-04374-8

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Cascade of 2.5D CNN and Bidirectional CLSTM Network for Mitotic Cell Detection in 4D Microscopy Image2019

    • 著者名/発表者名
      Titinunt Kitrungrotsakul, Yutaro Iwamoto, Xian-Hau Han, Satoko Takemoto, Hideo Yokota, Sari Ipponjima, Tomomi Nemoto, Xiong Wei, Yen-Wei Chen
    • 雑誌名

      proc. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: - 号: 2 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1109/tcbb.2019.2919015

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A statistical image analysis framework for pore-free islands derived from heterogeneity distribution of nuclear pore complexes2017

    • 著者名/発表者名
      Mimura Yasuhiro、Takemoto Satoko、Tachibana Taro、Ogawa Yutaka、Nishimura Masaomi、Yokota Hideo、Imamoto Naoko
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 16315-16315

    • DOI

      10.1038/s41598-017-16386-2

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Receptor-linked environment-sensitive probe reveals the heterogeneity of local-membrane environment surrounding the insulin receptor2019

    • 著者名/発表者名
      27.M. Umebayashi, S. Takemoto, L. Reymond, M. Sundukova, A. Bucci, P.A. Heppenstall, H. Yokota, K. Johnsson, H. Riezman
    • 学会等名
      International Conference on the Bioscience of Lipids
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 画像処理法の決定支援システム: Sommelier2019

    • 著者名/発表者名
      竹本 智子, 横田 秀夫
    • 学会等名
      理化学研究所・広島大学合同公開シンポジウム「イメージングから理論」
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] A cloud-based communication platform for image-based brain research2019

    • 著者名/発表者名
      19.M. Morita, S. Takemoto, M. Nishimura, Y. Morii, M. Maeda, Y. Okumura, Y. Yamaguchi, and H. Yokota
    • 学会等名
      International Symposium of Brain/MINDS
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bioimage Processing2019

    • 著者名/発表者名
      20.H. Yokota, S. Yoshizawa, S. Takemoto, M. Morita, T. Sera, M. Nishimura, Y. Tsujimura, S. Nakamura, and T. Michikawa
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cloud-based image processing system: RBICP2019

    • 著者名/発表者名
      24.M. Morita, M. Nishimura, S. Takemoto, Y. Tsujimura, and H. Yokota
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] An End-to-end CNN and CLSTM Network with 3D Anchors for Mitotic Cell Detection in 4D Microscopic Image2019

    • 著者名/発表者名
      25.Y.-W. Chen, T. Kitrungrotsakul, X.-H. Han, Y. Iwamoto, J. Liu, S. Takemoto, H. Yokota, S. Ipponjima, and T. Nemoto
    • 学会等名
      Resonance Bio International Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Cascade of CNN and LSTM Network with 3D Anchors for Mitotic Cell Detection in 4D Microscopic Image.2019

    • 著者名/発表者名
      Kitrungrotsakul, Titinunt & Iwamoto, Yutaro & Han, Xian-Hau & Takemoto, Satoko & Yokota, Hideo & Ipponjima, Sari & Nemoto, Tomomi & Xiong, Wei & Chen, Yen-Wei.
    • 学会等名
      ICASSP 2019 - 2019 IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 画像処理法の決定支援システムSommelier2018

    • 著者名/発表者名
      竹本 智子, 森田 正彦, 西村 将臣, 横田 秀夫
    • 学会等名
      画像センシングシンポジウム (SSII)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Probing the local membrane environment of the human insulin receptor2018

    • 著者名/発表者名
      M. Umebayashi, L. Reymond, S. Takemoto, H. Yokota, M. Sundokova, K. Johnsson, H. Riezman
    • 学会等名
      第70回日本細胞生物学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] インスリン受容体近傍の局所的な膜動態の観察2018

    • 著者名/発表者名
      梅林 美和, Luc Reymond, 竹本 智子, 横田 秀夫, Kai Johnsson, Howard Reizman
    • 学会等名
      第60回日本脂質生化学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Probing the local environment of the human insulin receptor2018

    • 著者名/発表者名
      M. Umebayashi, L. Reymond, R. Hovius, S. Takemoto, H. Yokota, M. Sundukova, A. Bucci, P. Heppenstall, K. Johnsoon, H. Riezman
    • 学会等名
      NCCR seminar
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Sommelier: A system for performance evaluation of image segmentation methods toward better objectivity of cell image analysis2017

    • 著者名/発表者名
      S. Takemoto, M. Umebayashi, M. Morita, H. Riezman, and H. Yokota
    • 学会等名
      Taiwan-Japan Joint Meeting on Bioimaging for Young Researchers
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Performance evaluation of image segmentation methods for better objectivity of cell image analysis2017

    • 著者名/発表者名
      S. Takemoto
    • 学会等名
      NCCR Special Lecture series
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 画像処理法の性能評価システムを用いた細胞膜認識手順の自動化2017

    • 著者名/発表者名
      竹本智子, 梅林美和, 森田正彦, Riezman Howard, 横田秀夫
    • 学会等名
      第23回画像センシングシンポジウム(SSII2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書 2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 人間の領域認識の模倣を目指す画像処理システムの開発2016

    • 著者名/発表者名
      竹本智子, 横田秀夫
    • 学会等名
      Bioimage Informatics Workshop 2016
    • 発表場所
      大阪大学吹田キャンパス 銀杏会館
    • 年月日
      2016-06-22
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2021-02-19  

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