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集団増殖系に内在する定常状態熱力学構造とその応用

研究課題

研究課題/領域番号 16K17763
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 数理物理・物性基礎
研究機関東京大学

研究代表者

杉山 友規  東京大学, 生産技術研究所, 特任助教 (90756389)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2018年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード非平衡統計物理学 / 進化生物学 / 確率過程論 / 大偏差原理 / 機械学習 / 数理生物学 / 統計物理 / 熱力学 / 生物物理
研究成果の概要

本研究では、細胞などの集団増殖系に非平衡統計物理学で培われた定常状態熱力学の構造を導入し、環境変動により生じる余剰増殖をClausius不等式により評価できることを明らかにした。より具体的には、余剰増殖がlineage fitnessと言う実験的に観測可能な量でバウンドされることを示した。
研究後半では、大腸菌の実験への応用を探るため、age構造付き増殖過程の経路積分的解析手法を考案した。また、この手法を用いて、大腸菌の増殖系譜木上のタイプ推定をするアルゴリズムを開発した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は細胞増殖と言う生命科学的分野の問題に、非平衡統計物理学と言う数理物理の技法を用いて挑戦したものである。そのため、全ての研究結果は両分野の研究者が共に理解できるような形で論文にまとめている。従って、生命科学と物理学の間にある分野横断的な本研究は、双方の研究者が協力し新たなる学問領域を構築するための指針となる大きな発展性を持つ。また、研究後半で得られた細胞のタイプ推定アルゴリズムは、感染症ウィルスのタイプ変異の推定にも応用でき、疫学や人口学分野への貢献も期待できる。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2020 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 7件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 11件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Lineage EM algorithm for inferring latent states from cellular lineage trees2020

    • 著者名/発表者名
      Nakashima So、Sughiyama Yuki、Kobayashi Tetsuya J
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 36 号: 9 ページ: 2829-2838

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btaa040

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fitness Gain of Individually Sensed Information by Cells2019

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Tetsuya J.、Sughiyama Yuki
    • 雑誌名

      Entropy

      巻: 21 号: 10 ページ: 1002-1002

    • DOI

      10.3390/e21101002

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fitness response relation of a multitype age-structured population dynamics2019

    • 著者名/発表者名
      Sughiyama Yuki、Nakashima So、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 99 号: 1 ページ: 012413-012413

    • DOI

      10.1103/physreve.99.012413

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum extension of variational Bayes inference2018

    • 著者名/発表者名
      Miyahara Hideyuki、Sughiyama Yuki
    • 雑誌名

      Physical Review A

      巻: 98 号: 2 ページ: 022330-022330

    • DOI

      10.1103/physreva.98.022330

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deciphering Latent Growth-States from Cellular Lineage Trees:2018

    • 著者名/発表者名
      Nakashima So、Sughiyama Yuki、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: N/A

    • DOI

      10.1101/488981

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] The explicit form of the rate function for semi-Markov processes and its contractions2018

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama, Testuya J. Kobayashi
    • 雑誌名

      Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical

      巻: 51 号: 12 ページ: 125001-125001

    • DOI

      10.1088/1751-8121/aaab6d

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stochastic and information-thermodynamic structures of population dynamics in a fluctuating environment2017

    • 著者名/発表者名
      Testuya J. Kobayashi, Yuki Sughiyama
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 96 号: 1 ページ: 012402-012402

    • DOI

      10.1103/physreve.96.012402

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Steady-state thermodynamics for population growth in fluctuating environments2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama and Tetsuya J. Kobayashi
    • 雑誌名

      PHYSICAL REVIEW E

      巻: 95 号: 1 ページ: 012131-012131

    • DOI

      10.1103/physreve.95.012131

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] A large deviation theory for an age-structured population dynamics and its application to inference of cell states2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama, So Nakashima, Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      Nonlinear Dynamics, Scientific work of Prof. Dr Katica (Stevanovic) Hedrih
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Pathwise analysis for a structured population dynamics and its application to inference of cell states2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama, So Nakashima, Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      The XXVII International Conference on Statistical Physics (Statphys27)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Pathwise analysis for a multi-type age-structured population dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama
    • 学会等名
      Eurasian Health and Medicine 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Retrospective Approach for Age Structured Population Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama
    • 学会等名
      The 12th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 時間遡及的見方による集団増殖率の解析2018

    • 著者名/発表者名
      杉山友規
    • 学会等名
      第70回日本人口学会研究大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Semi-Markov過程上の大偏差関数とその増殖系への応用2018

    • 著者名/発表者名
      杉山友規 小林徹也
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] age構造付き増殖過程の解析2017

    • 著者名/発表者名
      杉山友規 小林徹也
    • 学会等名
      日本物理学会 2017年年次大会
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府)
    • 年月日
      2017-03-17
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 集団増殖系における SST 構造2017

    • 著者名/発表者名
      杉山友規 小林徹也
    • 学会等名
      生命動態システム科学四拠点・CREST・PRESTO・理研QBiC 合同シンポジウム 「生命動態の分子メカニズムと数理」
    • 発表場所
      理研QBiC(大阪府)
    • 年月日
      2017-03-17
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] A retrospective analysis of the multi-state age-structured population dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama
    • 学会等名
      Ancestral lines in populations under selection
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Path-wise analysis for the age-structured population dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama
    • 学会等名
      Large Deviation Theory in Statistical Physics: Recent Advances and Future Challenges
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Age-structured population dynamics with type switching2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama
    • 学会等名
      Frontier in Quantitative Understanding of Dynamic Living States & its Applications
    • 発表場所
      London(UK)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Steady State Thermodynamic Structure in Population Dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama
    • 学会等名
      Physical approaches for growing & evolving populations
    • 発表場所
      生産技術研究所(東京都)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Steady State Thermodynamics in Population Dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama and Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      International Conference on Systems Biology
    • 発表場所
      Barcelona(Spain)
    • 年月日
      2016-09-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Steady State Thermodynamics in Population Dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      杉山友規 小林徹也
    • 学会等名
      数理生物学会(JSMB2016)
    • 発表場所
      九州大学(福岡県)
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Steady State Thermodynamics in Population Dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama and Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      The XXVI International Conference on Statistical Physics (Statphys26)
    • 発表場所
      Lyon(France)
    • 年月日
      2016-07-18
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Steady State Thermodynamics in Population Dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama and Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB) 2016
    • 発表場所
      Nottingham(UK)
    • 年月日
      2016-07-11
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Steady State Thermodynamics in Population Dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Sughiyama and Tetsuya J. Kobayashi
    • 学会等名
      Information, Probability and Inference in System Biology 2016
    • 発表場所
      Klosterneuburg(Austria)
    • 年月日
      2016-05-18
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2021-02-19  

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