魚類個体群の遺伝的多様性を網羅的に分析する新手法の確立と現場応用への展開

• 研究課題/領域番号: 16K18610
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 龍谷大学
• 研究代表者: 山中 裕樹 龍谷大学, 理工学部, 講師 (60455227)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2016年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
• キーワード: 環境DNA / 種内多様性 / 広域調査 / 次世代シーケンサー

研究成果の概要

個体群内の遺伝的多様性は、希少種保全や水産資源管理には不可欠の情報であるが、生息密度が低い種や活動性が極めて高い種などは１個体ずつ捕獲して遺伝情報を取得するのに相当な労力が必要である。本研究では、水中を漂う環境 DNA を分析することによって、対象個体群が持つ遺伝的多様性を個体を捕獲することなく解析し、捕獲では収集困難な多数の個体由来の DNA から遺伝的多様性の情報を簡便かつ大量に取得する技術的基盤を開発した。

研究成果

• [国際共同研究] Texas Tech University(米国)
• [雑誌論文] Water Temperature-Dependent Degradation of Environmental DNA and its Relation to Bacterial Abundance (2017)
  • 著者名/発表者名: Satsuki Tsuji, Masayuki Ushio, Sho Sakurai, Toshifumi Minamoto, Hiroki Yamanaka
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 印刷中
  • NAID: 120006313617
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] On-site filtration of water samples for environmental DNA analysis to avoid DNA degradation during transportation (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, H., Motozawa, H., Tsuji, S., Miyazawa, R. C., Takahara, T., Minamoto, T.
  • 雑誌名: Ecological Research 巻: 31 号: 6 ページ: 963-967
  • DOI: 10.1007/s11284-016-1400-9
  • NAID: 40021004294
  • 査読あり
• [学会発表] 環境DNAを用いた種内変異の評価 ：NGS解析に由来する偽ハプロタイプを除去する新手法 (2017)
  • 著者名/発表者名: 辻冴月, 宮正樹, 潮雅之, 佐藤行人, 山本哲史, 源利文, 山中裕樹
  • 学会等名: 第64回日本生態学会大会
  • 発表場所: 早稲田大学
  • 年月日: 2017-03-14
• [学会発表] 環境DNA手法に基づくアユ個体群におけるミトコンドリアDNAハプロタイプ多様性の評価 (2017)
  • 著者名/発表者名: 辻冴月, 宮正樹, 潮雅之, 佐藤行人, 源利文, 山中裕樹
  • 学会等名: 第77回分析化学討論会
• [学会発表] 環境DNA分析による日本産メダカ属2種の同時検出に向けたReal-time Multiplex PCR検出系の開発 (2017)
  • 著者名/発表者名: 辻冴月, 入口友香, 寺村伊織, 北川忠生, 山中裕樹
  • 学会等名: 日本生態学会近畿地区会2017年度第1回例会
• [学会発表] 環境DNA分析を用いた複数種の同時検出：日本産メダカ属2種を対象としたReal-time Multiplex PCR検出系の開発と野外適用 (2017)
  • 著者名/発表者名: 辻冴月, 入口友香, 寺村伊織, 芝田直樹, 北川忠生, 山中裕樹
  • 学会等名: 2017年度日本魚類学会年会
• [学会発表] 環境DNA分析を用いた遺伝的多様性検出：アユ野外個体群への適用と検出力の検討 (2017)
  • 著者名/発表者名: 辻冴月, 宮正樹, 潮雅之, 佐藤博俊, 佐藤行人, 源利文, 山中裕樹
  • 学会等名: 第65回日本生態学会
• [学会発表] Application of environmental DNA to analysis of mitochondrial haplotypes of fish (2016)
  • 著者名/発表者名: SatsukiTsuji, Hiroki Yamanaka, Masaki Miya, Yukuto Sato, Satoshi Yamamoto, Toshifumi Minamoto
  • 学会等名: Ecological Society of America Annual Meeting
  • 発表場所: Fort Lauderdale, USA
  • 年月日: 2016-08-07
  • 国際学会