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ゲノム情報を利用した野生植物の適応力多様性評価

研究課題

研究課題/領域番号 16K18623
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生態・環境
研究機関東京大学

研究代表者

久保田 渉誠  東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (10771701)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2018年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2017年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード次世代シーケンサー / ゲノムワイドSNP解析 / 適応遺伝子 / 生態ニッチモデル / ゲノム / エコゲノミクス / ニッチモデリング / 適応力
研究成果の概要

本研究では日本全国100地点を超える集団からハクサンハタザオを収集し、その全ゲノム情報、分布情報、1キロメッシュ精度での環境情報、そして気候シュミレーションが推定した将来的環境情報を得た。ゲノム情報と環境情報のゲノムワイド関連解析(GWAS)によって特定した適応遺伝子の対立遺伝子(祖先型または派生型)の分布情報をもとにニッチモデリングを行ったところ、多くの適応遺伝子で祖先型と派生型の対立遺伝子間で適地が異なり、温暖化に対する応答にも差が生じることが示唆された。この結果は、同じ種であっても遺伝的構成によって適地や気候変動に対する応答が異なることを示している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

様々な中立的遺伝マーカーの発達により、ひとつの野生生物種に内包される多様性の理解は大きく進んだ。一方で、中立的遺伝マーカーが示す“多様性”は、種内の分集団がたどってきた歴史を反映するものであり、種が内包する適応力の多様性(高温耐性,乾燥耐性などが分集団間で異なること)を必ずしも反映するものではない。今後は地球規模での気候変動が予想されているが、そうした環境変化に野生生物がどのように応答するかを予測する上で、適応力の種内多様性を遺伝子レベルで把握することは非常に重要と言える。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Suppression of B function strongly supports the modified ABCE model in Tricyrtis sp. (Liliaceae)2016

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Otani, Ahmad Sharifi, Shosei Kubota, Kanako Oizumi, Fumi Uetake, Masayo Hirai, Yoichiro Hoshino, Akira Kanno, Masaru Nakano
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 24549-24549

    • DOI

      10.1038/srep24549

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 寒い高山と暑い蛇紋岩地で平行進化した早咲きアキノキリンソウのゲノム解析2019

    • 著者名/発表者名
      阪口翔太, 堀江健二, 重信秀治, 山口勝司, 長谷部光泰, 久保田渉誠, 石川直子, 瀬戸口浩彰, 伊藤元己
    • 学会等名
      第66回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 標高間変異における選択と遺伝子流動の影響力の評価:ハクサンハタザオの全ゲノムから2019

    • 著者名/発表者名
      久保田渉誠, 岩崎貴也, 永野惇, 花田耕介, 彦坂幸毅, 伊藤元己, 森長真一
    • 学会等名
      第66回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 植物乾燥標本をリシーケンスする際に気をつけたいこと2019

    • 著者名/発表者名
      久保田渉誠, 岩崎貴也, 永野惇, 花田耕介, 彦坂幸毅, 伊藤元己, 森長真一
    • 学会等名
      日本植物分類学会第18回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 標本のリシーケンスデータからわかること、できること2018

    • 著者名/発表者名
      久保田渉誠
    • 学会等名
      第8回Museomics研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 100年前の標本を使用した全ゲノム解析:進化を直接観察する2017

    • 著者名/発表者名
      久保田渉誠、伊藤元己、森長真一
    • 学会等名
      第64回日本生態学大会
    • 発表場所
      早稲田大学早稲田キャンパス(東京都新宿区)
    • 年月日
      2017-03-14
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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