エクソーム解析によるQT延長症候群の疾患原因変異の網羅的探索

• 研究課題/領域番号: 16K19068
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 人類遺伝学
• 研究機関: 国立研究開発法人国立長寿医療研究センター (2017); 東京医科歯科大学 (2016)
• 研究代表者: 重水 大智 国立研究開発法人国立長寿医療研究センター, メディカルゲノムセンター, ユニット長 (70617464)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2016年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: 中間サイズインデル / 次世代シークエンサー / エクソーム解析 / QT延長症候群 / エクソーム家系解析 / long indel / 遺伝学 / ゲノム / 循環器 / 遺伝子

研究成果の概要

ヒト参照配列にマップされなかったリード（部分）配列のリアラインメントとde novoアセンブリの技術を組み合わせることで正確な中間サイズインデル同定手法IMSindel (intermediate-size indel detection tool)を開発した。この開発手法は、QT延長症候群だけでなく他の疾患の新たな疾患原因変異の同定に貢献できることが示唆される。

研究成果

• [雑誌論文] IMSindel: An accurate intermediate-size indel detection tool incorporating de novo assembly and gapped global-local alignment with split read analysis (2018)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu Daichi、Miya Fuyuki、Akiyama Shintaro、Okuda Shujiro、Boroevich Keith A、Fujimoto Akihiro、Nakagawa Hidewaki、Ozaki Kouichi、Niida Shumpei、Kanemura Yonehiro、Okamoto Nobuhiko、Saitoh Shinji、Kato Mitsuhiro、Yamasaki Mami、Matsunaga Tatsuo、Mutai Hideki、Kosaki Kenjiro、Tsunoda Tatsuhiko
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 8 号: 1 ページ: 5608-5608
  • DOI: 10.1038/s41598-018-23978-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] 次世代シークエンサーを用いた臨床研究の実際 (2017)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智
  • 学会等名: 科研費基盤研究S ＆ 第8回生物統計ネットワークシンポジウム 統計科学が切り拓く個別化医療：方法論・実践のフロンティア
  • 発表場所: アクロス福岡（福岡県福岡市）
  • 年月日: 2017-03-27
  • 招待講演
• [学会発表] Development and assessment of a pathogenic mutations search method for subjects where exome has previously failed. (2017)
  • 著者名/発表者名: Miya, F., Shigemizu, D., Kanemura, Y., Saitoh, S., Okamoto, N., Kato, M., Yamasaki, M., Matsunaga, T., Mutai, H., and Kosaki, K.
  • 学会等名: The Japan Society of Human Genetics
• [学会発表] An accurate intermediate-size indel detection tool for discovery of mutations associated with human disease. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Miya, F., Akiyama, S., Okuda, S., Boroevich, KA., Fujimoto, A., Nakagawa, H., Ozaki, K., Niida, S., Kanemura, Y., Okamoto, N., Saitoh, S., Kato, M., Yamasaki, M., Matsunaga, T., Mutai, H., Kosaki, K., and Tsunoda, T.
  • 学会等名: The Japan Society of Human Genetics
• [学会発表] Exome sequencing analyses for late-onset Alzheimer's disease in Japanese (2017)
  • 著者名/発表者名: Asanomi, Y., Shigemizu, D., Nagata, Y., Mitsumori, R., Mori, T., Niida, S., and Ozaki, K.
  • 学会等名: The Japan Society of Human Genetics
• [学会発表] Genome wide association study for late-onset Alzheimer's Disease in a Japanese population. (2017)
  • 著者名/発表者名: Mitsumori, R., Asanomi, Y., Shigemizu, D., Nagata, Y., Mori, T., Akiyama, S., Niida, S., and Ozaki, K.
  • 学会等名: The Japan Society of Human Genetics
• [学会発表] Development of an accurate intermediate-size indel detection tool for discovery of mutations associated with human disease. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Miya, F., Akiyama, S., Okuda, S., Boroevich, KA., Fujimoto, A., Nakagawa, H., Ozaki, K., Niida, S., Kanemura, Y., Okamoto, N., Saitoh, S., Kato, M., Yamasaki, M., Matsunaga, T., Mutai, H., Kosaki, K., and Tsunoda, T.
  • 学会等名: 第6回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2017)
• [学会発表] IMSindel: An accurate intermediate-size indel detection tool incorporating de novo assembly and gapped global-local alignment into spit reads. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Miya, F., Akiyama, S., Okuda, S., Boroevich, KA., Fujimoto, A., Nakagawa, H., and Tsunoda, T.
  • 学会等名: The American Society of Human Genetics
  • 国際学会
• [学会発表] Identification of novel long QT syndrome-associated mutations by targeted sequencing analyses. (2017)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, R., Ohno, S., Aiba, T., Ishikawa, Nakano, Y., Aizawa, Y., Hayashi, K., Murakoshi, N., Nakajima, T., Yagihara, N., Shigemizu, D., et al
  • 学会等名: European Human Genetics Conference
• [学会発表] 既存のexome解析では疾患原因変異同定が困難な検体の原因変異探索手法の開発. (2017)
  • 著者名/発表者名: 宮 冬樹, 重水 大智, 齋藤 伸治, 須藤 章, 中川 英刀, 奥田 修二郎, 岡本 伸彦, 加藤 光広, 山崎 麻美, Keith A. Boroevich, 金村 米博, 小崎 健次郎, 角田達彦
  • 学会等名: NGS現場の会第５回研究会
• [学会発表] 疾患原因となる遺伝子変異同定のためのエクソーム解析の現在 (2016)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智
  • 学会等名: 科研費基盤研究Aシンポジウム (I)複雑な生命現象を読み解くための大規模データ解析とモデリング
  • 発表場所: 久留米シティプラザ（福岡県久留米市）
  • 年月日: 2016-11-07
  • 招待講演
• [学会発表] Development of a long indel detection method using the realignment of the misaligned reads (2016)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Miya, F., Fujimoto, A., Boroevich, KA., Okuda, S., and Tsunoda, T
  • 学会等名: The American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Vancouver Convention Centre (Canada, Vancouver)
  • 年月日: 2016-10-18
  • 国際学会
• [学会発表] Performance comparison of four commercial human whole-exome capture platforms (2016)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Momozawa, Y., Abe, T., Morizono, T., Boroevich, KA., Takata, S., Ashikawa, K., Kubo, M., and Tsunoda, T.
  • 学会等名: The 13th International Congress of Human Genetics
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
  • 年月日: 2016-04-03
  • 国際学会
• [学会発表] 疾患原因遺伝子同定のためのエクソーム解析の現在 (2016)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智
  • 学会等名: 第２回バイオインフォマティクスアゴラ
  • 発表場所: 東京工業大学（東京都目黒区大岡山）
  • 招待講演
• [図書] 細胞 (2017)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智
  • 総ページ数: 4
  • 出版者: ニューサイエンス社
• [図書] アンチ・エイジング医学 (2017)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智
  • 総ページ数: 5
  • 出版者: メディカルレビュー社
• [図書] BIO Clinica (2017)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智
  • 総ページ数: 4
  • 出版者: 北隆館