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非対称な脂質組成をもった脂質二重層膜物性の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K21094
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 物理化学
生物物理学
研究機関名古屋大学

研究代表者

安藤 嘉倫  名古屋大学, 工学研究科, 特任准教授 (80509076)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2019年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2018年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード細胞膜 / 肝臓細胞 / 脂質組成の非対称性 / 分子動力学計算 / リン脂質 / スフィンゴミエリン / コレステロール / ミクロドメイン / 非対称な脂質分布 / 膜流動性 / 脂質二重層膜 / 非対称性な脂質組成 / グリセロリン脂質 / スフィンゴ脂質 / 膜物性 / 脂質ラフト / 非対称な脂質組成 / 化学物理 / 生物物理 / 統計力学 / 表面・界面物性
研究成果の概要

本課題では, 実際の細胞膜(肝臓細胞の細胞膜)の細胞間基質側の外単層膜および細胞質側の内単層膜間での脂質組成の違いを忠実に再現したモデル脂質二重層膜系に対して全原子モデルでの大規模・長時間の分子動力学(MD)シミュレーション研究を実施した. 膜の構造および膜の流動性が内外単層膜でどのように異なるか, 内外単層膜膜間での物性の相関がどの程度存在するか, および特定の脂質分子が膜の側方向に凝集する現象の実際を原子・分子のスケールで明らかにした. 本研究で用いた細胞膜モデリングの手法および解析手法は広く細胞膜物性に関するシミュレーション研究に応用できる.

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞膜は単に細胞を形作る隔壁の役割だけでなく, 細胞内で生成される物質の代謝やシグナル伝達, さらにウィルス感染経路においても重要な役割を果たしている. 本研究は細胞膜の構造的基礎となるリン脂質二重層膜について特に興味が持たれている, 内外単層膜間での物性の違い, および膜内でのミクロドメイン形成についての分子論的知見を与えるものである. 研究成果は興隆しつつある膜脂質標的型治療 (membrane-lipid therapy) や脂質標的薬剤 (lipid-targeted drugs) 研究への展開が期待される.

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (39件)

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (24件) (うち国際学会 6件、 招待講演 2件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Molecular dynamics study of lipid bilayers modeling outer and inner leaflets of plasma membranes of mouse hepatocytes. I: Differences in physicochemical properties between the two leaflets2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshimichi Andoh, Shiho Hayakawa, and Susumu Okazaki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: -

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extension of the fast multipole method for the rectangular cells with an anisotropic partition tree structure2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Andoh, N. Yoshii, S Okazaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: - 号: 14 ページ: 1353-1367

    • DOI

      10.1002/jcc.26180

    • NAID

      120007127374

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fast multipole method for three dimensional systems with periodic boundary condition in two directions2020

    • 著者名/発表者名
      N. Yoshii, Y. Andoh, S Okazaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 41 号: 9 ページ: 940-948

    • DOI

      10.1002/jcc.26141

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 水溶液中の両親媒性分子集団系の全原子分子動力学シミュレーション2019

    • 著者名/発表者名
      ANDOH Yoshimichi、OKAZAKI Susumu
    • 雑誌名

      オレオサイエンス

      巻: 19 号: 11 ページ: 447-453

    • DOI

      10.5650/oleoscience.19.447

    • NAID

      130007742439

    • ISSN
      1345-8949, 2187-3461
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular Behavior of Linear Alkylbenzene Sulfonate in Hydrated Crystal, Tilted Gel, and Liquid Crystal Phases Studied by Molecular Dynamics Simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Takeda Kosuke、Andoh Yoshimichi、Shinoda Wataru、Okazaki Susumu
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 35 号: 33 ページ: 10877-10884

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.9b01607

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of Hydrated Crystal (Lc), Tilted Gel (Lβ′), and Liquid Crystal (Lα) Phases of Linear Alkylbenzene Sulfonate (LAS) Studied by X-ray Diffraction and Molecular Dynamics Simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Takeda Kosuke、Andoh Yoshimichi、Shinoda Wataru、Okazaki Susumu
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 35 号: 27 ページ: 9011-9019

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.9b01199

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Difference in molecular mechanisms governing changes in membrane properties of phospholipid bilayers induced by addition of nonionic and zwitterionic surfactants2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshimichi Andoh, Sakiho Kitou, Susumu Okazaki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 271 ページ: 933-941

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2018.09.018

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A thread-level parallelization of pairwise additive potential and force calculations suitable for current many-core architectures2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Andoh, S. Suzuki, S. Ohshima, T. Sakashita, M. Ogino, T. Katagiri, N. Yoshii, S. Okazaki
    • 雑誌名

      Journal of Supercomputing

      巻: 印刷中 号: 6 ページ: 2449-2469

    • DOI

      10.1007/s11227-018-2272-2

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pressure tensor for electrostatic interaction calculated by fast multipole method with periodic boundary condition2018

    • 著者名/発表者名
      Noriyuki Yoshii, Yoshimichi Andoh, Susumu Okazaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 印刷中 号: 19 ページ: 1192-1199

    • DOI

      10.1002/jcc.25179

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural ordering of lipid bilayers induced by surfactant molecules with small hydrophilic head group2017

    • 著者名/発表者名
      Andoh Yoshimichi、Mohamed Siti Nor Syafawani、Kitou Sakiho、Okazaki Susumu
    • 雑誌名

      Molecular Simulation

      巻: 43 号: 13-16 ページ: 1247-1255

    • DOI

      10.1080/08927022.2017.1319061

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Evaluation of atomic pressure in the multiple time-step integration algorithm2017

    • 著者名/発表者名
      Y Andoh, A. Yamada, N. Yoshii, S Okazaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 38 号: 10 ページ: 704-713

    • DOI

      10.1002/jcc.24731

    • NAID

      120006305599

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 非対称な脂質組成を持った脂質二重層膜内での脂質分子側方凝集に関する理論的研究2019

    • 著者名/発表者名
      安藤嘉倫、早川志保、岡崎進
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 細胞膜内でのコレステロール分子側方凝集に関する理論的研究2019

    • 著者名/発表者名
      安藤嘉倫、 早川志保、 岡崎進
    • 学会等名
      第42回溶液化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study on correlation of membrane properties between outer and inner leaflets of cell plasma membranes2019

    • 著者名/発表者名
      Andoh Yoshimichi, Hayakawa Shiho, Okazaki Susumu
    • 学会等名
      The 5th International Conference on Molecular Simulation
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 次期スパコン「富岳」での大規模・長時間分子動力学計算実現のためのソフトウェアMODYLASの性能向上2019

    • 著者名/発表者名
      安藤嘉倫、 坂下達哉、 張家超、 朱喆、 浦野諒、 藤本和士、 吉井範行、 岡崎進
    • 学会等名
      第33回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 非対称な脂質組成を持った脂質二重層膜モデル内での脂質分子側方凝集に関する理論的研究2019

    • 著者名/発表者名
      安藤 嘉倫, 早川 志保, 岡崎 進
    • 学会等名
      第10回生体界面研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 汎用分子動力学計算ソフトウェアMODYLASへの自動チューニング技術適用の展望2019

    • 著者名/発表者名
      安藤 嘉倫
    • 学会等名
      第10回自動チューニング技術の現状と応用に関するシンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 脂質組成に非対称性をもつモデル脂質二重膜の分子動力学計算2018

    • 著者名/発表者名
      安藤 嘉倫, 早川 志保, 岡崎 進
    • 学会等名
      第12回分子科学討論会2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Yoshimichi Andoh, Shiho Hayakawa, Susumu Okazaki2018

    • 著者名/発表者名
      Molecular dynamics study on lipid bilayers with asymmetric lipid composition modeling cell plasma membranes
    • 学会等名
      Joint Conference of EMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41st Symposium on Solution Chemistry of Japan
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Ayato Matsuoka, Yoshimichi Andoh, Susumu Okazaki2018

    • 著者名/発表者名
      Solvent effect on lateral interaction between two cholesterol molecules in lipid bilayers
    • 学会等名
      Joint Conference of EMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41st Symposium on Solution Chemistry of Japan
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 大規模分子動力学計算高速化のための新規MPI通信方法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      安藤 嘉倫, 坂下 達哉, 吉井 範行, 岡崎 進
    • 学会等名
      第32回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 脂質二重層膜中のコレステロール二分子間側方相互作用にリン脂質および水が果たす役割の解明2018

    • 著者名/発表者名
      松岡漢斗, 安藤嘉倫, 岡崎進
    • 学会等名
      第32回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Recent developments of molecular dynamics calculation software MODYLAS2018

    • 著者名/発表者名
      Andoh Yoshimichi
    • 学会等名
      5th ADAC workshop
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞膜の外単層膜と内単層膜間での膜物性の違いに関する研究2017

    • 著者名/発表者名
      早川志保, 安藤嘉倫, 岡崎進
    • 学会等名
      第11回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 脂質組成の非対称性を考慮したモデル脂質二重膜の分子動力学計算2017

    • 著者名/発表者名
      早川志保, 安藤嘉倫, 岡崎進
    • 学会等名
      第11回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of differences in membrane properties between outer and inner leaflets of cell plasma membranes2017

    • 著者名/発表者名
      Andoh Yoshimichi, Hayakawa Shiho, Okazaki Suzumu
    • 学会等名
      Joint EMLG/JMLG Meeting 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 脂質組成の非対称性を考慮したモデル脂質二重膜の分子動力学計算2017

    • 著者名/発表者名
      安藤嘉倫, 早川志保, 岡崎進
    • 学会等名
      第40回溶液化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 脂質二重膜中のコレステロール2分子間側方相互作用への溶媒効果の解明2017

    • 著者名/発表者名
      松岡漢斗,安藤嘉倫,岡崎進
    • 学会等名
      第31回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞膜の外単層膜と内単層膜間での膜物性の違いに関する研究2017

    • 著者名/発表者名
      早川志保, 安藤嘉倫, 岡崎進
    • 学会等名
      第31回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] マルチタイムステップ数値積分法(RESPA) に基 づく分子動力学計算での圧力値算出における問題2016

    • 著者名/発表者名
      安藤嘉倫, 吉井範行, 山田篤志, 岡崎進
    • 学会等名
      第30 回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] リン脂質二重層膜中でのコレステロール間側方相互作用のリン脂質種依存性2016

    • 著者名/発表者名
      松岡漢斗, 安藤嘉倫, 岡崎進
    • 学会等名
      第30 回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 親水性および疎水性の異なる直鎖界面活性剤分子添加によるDMPC 脂質二重層膜の物性変化2016

    • 著者名/発表者名
      鬼頭咲帆, 安藤嘉倫, 岡崎進
    • 学会等名
      第39回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      筑波
    • 年月日
      2016-11-09
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] リン脂質二重層膜中でのコレステロール間側方相互作用のリン脂質種依存性2016

    • 著者名/発表者名
      松岡漢斗, 安藤嘉倫, 岡崎進
    • 学会等名
      第39回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      筑波
    • 年月日
      2016-11-09
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] An attempt to estimate correct atomic pressure in the multiple time-step integration algorithm2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Andoh, N. Yoshii, A. Yamada, S. Okazaki
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Molecular Simulation
    • 発表場所
      Shanghai
    • 年月日
      2016-10-23
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 肝臓細胞膜を模した脂質二重層膜の全原子分子動力学計算2016

    • 著者名/発表者名
      安藤嘉倫, 青木則之, 岡崎進
    • 学会等名
      第10回分子科学討論会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2016-09-13
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [図書] The Art of High Performance Computing for Computational Science: Advanced techniques and examples for materials science, vol. 2, 117-157. Acceleration of Classical Molecular Dynamics Simulations2019

    • 著者名/発表者名
      M. Geshi (Ed.), Y Andoh, N Yoshii, J Jung, Y Sugita (Chapter 5)
    • 総ページ数
      41
    • 出版者
      Springer Singapore
    • ISBN
      9789811398018
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] 月刊細胞 50巻 (3), 43-44. 分子シミュレーションによる非対称な脂質組成をもった脂質二重層膜物性の解明2018

    • 著者名/発表者名
      安藤嘉倫
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      ニューサイエンス社
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [図書] 計算科学のためのHPC技術22017

    • 著者名/発表者名
      下司 雅章(編)、安藤嘉倫(第6章分担)
    • 総ページ数
      32
    • 出版者
      大阪大学出版会
    • ISBN
      9784872595871
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 名古屋大学 教員情報検索

    • URL

      http://profs.provost.nagoya-u.ac.jp/view/html/100007950_ja.html

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2021-02-19  

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