大量塩基配列データを用いた機能性内在性ウイルス配列の比較ゲノム解析

• 研究課題/領域番号: 16K21386
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学; 遺伝・染色体動態
• 研究機関: 東海大学
• 研究代表者: 中川 草 東海大学, 医学部, 助教 (70510014)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円); 2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2016年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: レトロウイルス / レトロトランスポゾン / 比較ゲノム / 分子進化 / データベース / 機能ゲノム / 内在性ウイルス様配列 / トランスポゾン / 内在性レトロウイルス / ゲノム進化 / 新規機能性配列探索 / バイオインフォマティクス

研究成果の概要

本研究課題は哺乳類のゲノムに内在性したウイルスに由来する配列（EVE）が宿主で獲得した様々な新規機能とそのゲノム進化を明らかにすること目標としている。私はEVE由来の蛋白質をコードする可能性のある配列について、アノテーションを行ったデータベースgEVEを開発した。本データベースを活用し、EVE由来する新規機能性配列の同定を試みた。例えば共同研究によりウシの胎盤で発現しているレトロウイルスの構造蛋白質（Gag）様の新規遺伝子を発見した。また、EVE由来の非コード領域についても同定し、プロモータなどとして機能獲得した可能性があることを予測した。

研究成果

• [雑誌論文] Novel endogenous retrovirus-derived transcript expressed in the bovine placenta is regulated by WNT signaling. (2017)
  • 著者名/発表者名: Sakurai T, Nakagawa S, Bai H, Bai R, Kusama K, Ideta A, Aoyagi Y, Kaneko K, Iga K, Yasuda J, Miyazawa T, Imakawa K.
  • 雑誌名: Biochemical Journal 巻: 474 号: 20 ページ: 3499-3512
  • DOI: 10.1042/bcj20170531
  • NAID: 120006649525
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The Phylogeny of Placental Evolution Through Dynamic Integrations of Retrotransposons (2017)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiko Imakawa, So Nakagawa
  • 雑誌名: Progress in Molecular Biology and Translational Science 巻: 145 ページ: 89-109
  • DOI: 10.1016/bs.pmbts.2016.12.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] gEVE: a genome-based endogenous viral element database provides comprehensive viral protein-coding sequences in mammalian genomes (2016)
  • 著者名/発表者名: So Nakagawa, Mahoko Ueda Takahashi
  • 雑誌名: Database (Oxford) 巻: 2016 ページ: baw087-baw087
  • DOI: 10.1093/database/baw087
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 胎盤と内在性レトロウイルス (2016)
  • 著者名/発表者名: 今川和彦、中川草、草間和哉
  • 雑誌名: ウイルス 巻: 66 号: 1 ページ: 1-10
  • DOI: 10.2222/jsv.66.1
  • NAID: 130006882854
  • ISSN: 0042-6857, 1884-3433
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] RD-114物語：ネコの移動の歴史を探るレトロウイルス (2016)
  • 著者名/発表者名: 宮沢孝幸、下出紗弓、中川草
  • 雑誌名: ウイルス 巻: 66 号: 1 ページ: 21-30
  • DOI: 10.2222/jsv.66.21
  • NAID: 130006882840
  • ISSN: 0042-6857, 1884-3433
  • オープンアクセス
• [学会発表] NGSを活用したゲノムに内在化するウイルス由来機能配列の探索 (2017)
  • 著者名/発表者名: 中川草、上田真保子
  • 学会等名: NGS現場の会 第五回研究会
• [学会発表] gEVE, genome-scale endogenous viral element database, and its applications (2017)
  • 著者名/発表者名: So Nakagawa
  • 学会等名: NIG International Symposium 2017 Commemorating the 30th Anniversary of DDBJ
  • 国際学会
• [学会発表] Genome-Wide Analyses of Endogenous Viral Elements in Mammalian Genomes Using the gEVE Database and Next-generation DNA Sequencing Data (2017)
  • 著者名/発表者名: So Nakagawa
  • 学会等名: 29th International Conference of the Korean Society for Molecular and Cellular Biology (KSMCB)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 細胞融合にかかわる内在性レトロウイルス由来遺伝子の同定 (2017)
  • 著者名/発表者名: 上田真保子、三橋里美、三橋弘明、今西規、中川草
  • 学会等名: 2017年度生命科学系学会合同年次大会
• [学会発表] Transcriptome analysis to identify expressed sequences derived from endogeouns viral elements (2016)
  • 著者名/発表者名: So Nakagawa, Mahoko Ueda Takahashi
  • 学会等名: 28th International Workshop on Retroviral Pathogenesis
  • 発表場所: Bourbon Orleans Hotel (New Orleans, USA)
  • 年月日: 2016-12-05
  • 国際学会
• [学会発表] 哺乳類ゲノムに内在化するウイルス由来の配列の比較トランスクリプトーム解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 中川草、上田真保子
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2016-11-30
• [学会発表] 合胞体栄養膜細胞分化モデルを用いた内在性レトロウイルスの網羅的発現解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 森田一輝, 永松健, 中川草, 杉本潤, 川名敬, 大須賀穣, 藤井知行
  • 学会等名: 第24回日本胎盤学会学術集会 第34回日本絨毛性疾患研究会
  • 発表場所: ホテルアバローム紀の国（和歌山県和歌山市）
  • 年月日: 2016-11-25
• [学会発表] マウスサプレシン遺伝子の単離・同定 (2016)
  • 著者名/発表者名: 杉本潤, Danny Schust, 中川草, 小田高也, 陣野吉廣
  • 学会等名: 第24回日本胎盤学会学術集会 第34回日本絨毛性疾患研究会
  • 発表場所: ホテルアバローム紀の国（和歌山県和歌山市）
  • 年月日: 2016-11-25
• [学会発表] 哺乳類ゲノムに内在化するウイルス由来の配列データベースgEVEとその活用方法 (2016)
  • 著者名/発表者名: 中川草、上田真保子
  • 学会等名: 日本遺伝学会 第８８回大会
  • 発表場所: 日本大学国際関係学部 三島駅北口校舎（静岡県三島市）
  • 年月日: 2016-09-07
• [学会発表] 哺乳類ゲノムに内在化するウイルス由来の比較トランスクリプトーム解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 中川草、上田真保子
  • 学会等名: 日本進化学会 第１８回東京大会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都目黒区）
  • 年月日: 2016-08-25
• [学会発表] gEVE: a genome-based endogenous viral element database provides open reading frame sequences derived from viruses in 20 mammalian genomes (2016)
  • 著者名/発表者名: So Nakagawa, Mahoko U Takahashi
  • 学会等名: International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2016
  • 発表場所: Saint-Malo’s Convention Center (San Malo, France)
  • 年月日: 2016-04-16
  • 国際学会