文字列の非可換位相半群上の確率・統計理論とそれらの環境再生生物工学への応用

• 研究課題/領域番号: 16KT0020
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 特設分野
• 研究分野: 連携探索型数理科学
• 研究機関: 東京工業大学 (2017-2018); 国立研究開発法人理化学研究所 (2016)
• 研究代表者: 小谷野 仁 東京工業大学, 生命理工学院, 特任助教 (10570989)
• 研究分担者: 緒方 博之 京都大学, 化学研究所, 教授 (70291432) ; 矢野 孝次 京都大学, 理学研究科, 准教授 (80467646) ; 林田 守広 松江工業高等専門学校, 電気情報工学科, 准教授 (40402929)
• 研究期間 (年度): 2016-07-19 – 2019-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2018年度)
• 配分額: 18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円); 2018年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円); 2017年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円); 2016年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
• キーワード: 文字列の位相半群 / DNA 配列の集団 / ダイナミクス / 統計的推定 / 制御 / バイオレメディエーション / 制御理論 / 確率・統計 / バイオインフォマティクス / 数理生物学 / 微生物の群集 / 推定 / 予測 / 環境再生 / 文字列 / 確率論 / 統計学 / 計算生物学 / 確率 / 統計 / 計算生物

研究成果の概要

アルファベット A = {a, c, g, t} 上の文字列がなす非可換位相半群 A* 上で、DNA 配列の集団の進化を記述する偏微分方程式を導出し、モデルの数理解析を行った。その混合モデルを用いて、ある環境中の DNA 配列の集団にその環境から掛かる淘汰圧の分布を表すよう設計された Laplace 様分布という分布を A* 上に導入し、その混合モデルのパラメーターを推定する方法を開発し、それに対して数理的基礎付けを与え、数値実験を行ってその有効性を確かめた。1 つの環境中の DNA 配列の集団の動態解析の方法を開発し、それを植物の周辺環境中の微生物群集に応用して、有効性を確かめた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

1990 年代の前半に微生物を利用する環境浄化技術の研究が始まり、2000 年代半ばに、微生物によるバイオレメディエーション利用指針が制定された。このガイドラインでは、1 つの環境中の生物群集の時間発展を長期先まで予測することが求められているが、現在の数理・情報科学的技術では、このことを忠実に実行することは出来ない。本研究により、1 つの環境中の微生物群集の時間発展をコンピューターで計算することが出来るようになってきた。また、微生物群集のダイナミクスの特徴を抽出することも可能になった。今後は、本研究の結果を基礎にして、環境再生微生物工学の立案と制御のための体系的な技術の開発を目指す。

研究成果

• [雑誌論文] Multiray generalization of the arcsine laws for occupation times of infinite ergodic transformations (2019)
  • 著者名/発表者名: Sera, T. and Yano, K.
  • 雑誌名: Transactions of the American Mathematical Society 巻: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized refracted Levy process and its application to exit problem (2019)
  • 著者名/発表者名: Noba, K. and Yano, K.
  • 雑誌名: Stochastic Processes and their Applications 巻: 129(5) ページ: 1697-1725
  • 査読あり
• [雑誌論文] Local time penalizations with various clocks for one-dimensional diffusions (2019)
  • 著者名/発表者名: Profeta, C., Yano, K., and Yano, Y.
  • 雑誌名: Journal of the Mathematical Society of Japan 巻: 71(1) ページ: 203-233
  • NAID: 130007557117
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Medusavirus, a novel large DNA virus discovered from hot spring water (2019)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa G, Blanc-Mathieu R, Song C, Kayama Y, Mochizuki T, Murata K, Ogata H, Takemura M
  • 雑誌名: J Virol 巻: 93 号: 8 ページ: 1-24
  • DOI: 10.1128/jvi.02130-18
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Structural and Phylogenetic Diversity of Anaerobic Carbon-Monoxide Dehydrogenases (2019)
  • 著者名/発表者名: Inoue Masao、Nakamoto Issei、Omae Kimiho、Oguro Tatsuki、Ogata Hiroyuki、Yoshida Takashi、Sako Yoshihiko
  • 雑誌名: Frontiers in Microbiology 巻: 9 ページ: 3353-3353
  • DOI: 10.3389/fmicb.2018.03353
  • NAID: 120006629159
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Community-level responses to iron availability in open ocean planktonic ecosystems (2019)
  • 著者名/発表者名: Caputi, L., Carradec, Q., Eveillard, D., Kirilovsky, A., Pelletier, P. et al.
  • 雑誌名: Global Biogeochemical Cycles 巻: 印刷中
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Minimum Information about Uncultivated Virus Genomes (MIUViG): a community consensus on standards and best practices for describing genome sequences from uncultivated viruses. (2019)
  • 著者名/発表者名: Roux S, Adriaenssens EM, Dutilh BE, Koonin EV, et al
  • 雑誌名: Nat Biotechnol 巻: 37 号: 1 ページ: 29-37
  • DOI: 10.1038/nbt.4306
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean (2018)
  • 著者名/発表者名: Mihara Tomoko、Koyano Hitoshi、Hingamp Pascal、Grimsley Nigel、Goto Susumu、Ogata Hiroyuki
  • 雑誌名: Ｍｉｃｒｏｂｅｓ ａｎｄ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ 巻: 33 号: 2 ページ: 162-171
  • DOI: 10.1264/jsme2.ME17203
  • NAID: 130007393740
  • ISSN: 1342-6311, 1347-4405
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Analysis of critical and redundant vertices in controlling directed complex networks using feedback vertex sets (2018)
  • 著者名/発表者名: Yu Bao, Morihiro Hayashida, Pengyu Liu, Masayuki Ishitsuka, Jose Nacher, Tatsuya Akutsu
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology 巻: 25 号: 10 ページ: 1071-1090
  • DOI: 10.1089/cmb.2018.0019
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA residue-base contacts (2018)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Okada, N., Kamada, M., and Koyano, H.
  • 雑誌名: Quantitative Biology 巻: 6(2) ページ: 155-162
  • 査読あり
• [雑誌論文] Determining the minimum number of protein-protein interactions required to support known protein complexes (2018)
  • 著者名/発表者名: Natsu Nakajima, Morihiro Hayashida, Jesper Jansson, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 13 号: 4 ページ: e0195545-e0195545
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0195545
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network (2018)
  • 著者名/発表者名: T. Mori, H. Ngouv, M. Hayashida, T. Akutsu and J. C. Nacher
  • 雑誌名: BMC Systems Biology 巻: 12 号: S1 ページ: 1-1
  • DOI: 10.1186/s12918-018-0527-4
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Bastion6: a bioinformatics approach for accurate prediction of type VI secreted effectors (2018)
  • 著者名/発表者名: Wang, J., Yang, B., Leier, A., Marquez-Lago, T. T., Hayashida, M., Rocker, A., Zhang, Y., Akutsu, T., Chou, K.-C., Strugnell, R. A., Song, J., and Lithgow, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 34(15) 号: 15 ページ: 2546-2555
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bty155
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel (2018)
  • 著者名/発表者名: Ruan Peiying、Hayashida Morihiro、Akutsu Tatsuya、Vert Jean-Philippe
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 19 号: S1 ページ: 39-39
  • DOI: 10.1186/s12859-018-2017-5
  • NAID: 120006537092
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Euler string-based compression of tree-structured data and its application to analysis of RNAs (2018)
  • 著者名/発表者名: L. Liu, T. Mori, Y. Zhao, M. Hayashida and T. Akutsu
  • 雑誌名: Current Bioinformatics 巻: 13 号: 1 ページ: 25-33
  • DOI: 10.2174/1574893611666160608102231
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] On optimal periodic dividend and capital injection strategies for spectrally negative Levy models (2018)
  • 著者名/発表者名: Noba, K., Perez, J.-L., Yamazaki, K., and Yano, K.
  • 雑誌名: Journal of Applied Probability 巻: 55(4) ページ: 1272-1286
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] On optimal periodic dividend strategies for Levy risk processes (2018)
  • 著者名/発表者名: Noba, K., Perez, J.-L., Yamazaki, K., and Yano, K.
  • 雑誌名: Insurance: Mathematics and Economics 巻: 80 ページ: 29-44
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Multiray generalization of the arcsine laws for occupation times of infinite ergodic transformations. Infinitely divisible processes and related topics (2018)
  • 著者名/発表者名: Sera, T. and Yano, K.
  • 雑誌名: The Institute of Statistical Mathematics Cooperative Research Report 巻: 402(22) ページ: 9-14
• [雑誌論文] Supplementation of pancreatic digestive enzymes alters the composition of intestinal microbiota in mice. (2018)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama H, Nagai T, Kudo M, Okazaki Y, Azuma Y, Watanabe T, Goto S, Ogata H, Sakurai T.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 495 号: 1 ページ: 273-279
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.10.130
  • NAID: 120006377721
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans (2018)
  • 著者名/発表者名: Seeleuthner, Y., Mondy, S., Lombard, V., Carradec, Q., Pelletier, E. et al.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 9 号: 1 ページ: 310-310
  • DOI: 10.1038/s41467-017-02235-3
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Diatom diversity through HTS-metabarcoding in coastal European seas (2018)
  • 著者名/発表者名: Piredda, R., Claverie, J.-M., Decelle, J., de Vargas, C., Dunthorn, M., Edvardsen, B., Eikrem, W., Forster, D., Kooistra, W. H. C. F., Logares, R., Massana, R., Montresor, M., Not, F., Ogata, H., Pawlowski, J., Romac, S., Sarno, D., Stoeck, T., and Zingone, A.
  • 雑誌名: Scientific Report 巻: 8 号: 1 ページ: 18059-18059
  • DOI: 10.1038/s41598-018-36345-9
• [雑誌論文] Degenerate PCR primers to reveal the diversity of giant viruses in coastal waters. (2018)
  • 著者名/発表者名: Li Y, Hingamp P, Watai H, Endo H, Yoshida T, Ogata H.
  • 雑誌名: Viruses 巻: 10 号: 9 ページ: 496-511
  • DOI: 10.3390/v10090496
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Contrasting biogeography and diversity patterns between diatoms and haptophytes in the central Pacific Ocean (2018)
  • 著者名/発表者名: Endo, H., Ogata, H., and Suzuki, K.
  • 雑誌名: Scientific Report 巻: 8 号: 1 ページ: 10916-10916
  • DOI: 10.1038/s41598-018-29039-9
  • NAID: 120006517794
  • 査読あり
• [雑誌論文] Habitat Alterations by Viruses: Strategies by Tupanviruses and Others (2018)
  • 著者名/発表者名: Ogata H.
  • 雑誌名: Ｍｉｃｒｏｂｅｓ ａｎｄ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ 巻: 33 号: 2 ページ: 117-119
  • DOI: 10.1264/jsme2.ME3302rh
  • NAID: 130007393720
  • ISSN: 1342-6311, 1347-4405
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] MAPLE 2.3.0: an improved system for evaluating the functionomes of genomes and metagenomes (2018)
  • 著者名/発表者名: Arai Wataru、Taniguchi Takeaki、Goto Susumu、Moriya Yuki、Uehara Hideya、Takemoto Kazuhiro、Ogata Hiroyuki、Takami Hideto
  • 雑誌名: Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 巻: 82 号: 9 ページ: 1515-1517
  • DOI: 10.1080/09168451.2018.1476122
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Xanthomonas citri Jumbo Phage XacN1 Exhibits a Wide Host Range and High Complement of tRNA Geness (2018)
  • 著者名/発表者名: Genki Yoshikawa, Ahmed Askora, Romain Blanc-Mathieu, Takeru Kawasaki, Yanze, Li, Miyako Nakano, Hiroyuki Ogata, and Takashi Yamada
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 8 号: 1 ページ: 4486-4486
  • DOI: 10.1038/s41598-018-22239-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan (2018)
  • 著者名/発表者名: Yoshida Takashi, Nishimura Yosuke, Watai Hiroyasu, Haruki Nana, Morimoto Daichi, Kaneko Hiroto, Honda Takashi, Yamamoto Keigo, Hingamp Pascal, Sako Yoshihiko, Goto Susumu, Ogata Hiroyuki
  • 雑誌名: The ISME Journal 巻: 印刷中 号: 5 ページ: 1287-1295
  • DOI: 10.1038/s41396-018-0052-x
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A global ocean atlas of eukaryotic genes. (2018)
  • 著者名/発表者名: Carradec Q, Pelletier E, Da Silva C, Alberti A, Seeleuthner Y, Blanc-Mathieu R, Lima-Mendez G,
  • 雑誌名: Nat. Commun. 巻: 9 号: 1 ページ: 373-373
  • DOI: 10.1038/s41467-017-02342-1
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA Residue-base contacts (2018)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Kamada, M., and Koyano, H.
  • 雑誌名: Quantitative Biology 巻: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] Euler string-based compression of tree-structured data and its application to analysis of RNAs (2018)
  • 著者名/発表者名: Liu, L., Mori, T., Zhao, Y., Hayashida, M., and Akutsu., T.
  • 雑誌名: Current Bioinformatics 巻: 13 ページ: 25-33
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Local time penalizations with various clocks for one-dimensional diffusions (2018)
  • 著者名/発表者名: Profeta, C., Yano., K., and Yano, Y.
  • 雑誌名: Journal of the Mathematical Society of Japan 巻: 印刷中
  • NAID: 130007557117
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A global ocean atlas of eukaryotic genes (2018)
  • 著者名/発表者名: Carradec, Q., Pelletier, E., Da Silva, C., Ogata, H., et al.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 9 ページ: 373-373
  • NAID: 120006551767
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Finding median and center strings for a probability distribution on a set of strings under Levenshtein distance based on integer linear programming (2017)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M. and Koyano, H.
  • 雑誌名: Communications in Computer and Information Science 巻: 690 ページ: 108-121
  • 査読あり
• [雑誌論文] Online regression algorithm with nonlinear transformation and its application to prediction of protein-protein interaction strengths (2017)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Kamada, M., and Koyano, H.
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 巻: 2017-MPS-114 ページ: 1-4
• [雑誌論文] SecretEPDB: A comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems (2017)
  • 著者名/発表者名: An, Y., Wang, J., Li, C., Revote, J., Zhang, Y., Naderer, T., Hayashida, M., Akutsu, T., Webb, G., Lithgow, T., Song, J.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 7 ページ: 41031-41031
  • NAID: 120005997781
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Weak convergence of h-transforms for one-dimensional diffusions (2017)
  • 著者名/発表者名: Yano, K., Yano, Y., and Yen, J.-Y.
  • 雑誌名: Statistics and Probability Letters 巻: 122 ページ: 152-156
  • NAID: 120006323765
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Type III polyketide synthases: functional classification and phylogenomics (2017)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y., Ogata, H., and Goto, S.
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 18 ページ: 50-65
  • 査読あり
• [雑誌論文] Environmental viral genomes shed new light on virus-host interactions in the ocean (2017)
  • 著者名/発表者名: Nishimura, Y., Watai, H., Honda, T., Mihara, T., Omae, K., Roux, S., Blanc-Mathieu, R., Yamamoto, K., Hingamp, P., Sako, Y., Sullivan, M.B., Goto, S., Ogata, H., and Yoshida, T.
  • 雑誌名: mSphere 巻: 2
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Discriminating the reaction types of plant type III polyketide synthases (2017)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y., Ogata, H., and Goto, S.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 33 ページ: 1937-1943
  • 査読あり
• [雑誌論文] ViPTree: the viral proteomic tree server (2017)
  • 著者名/発表者名: Nishimura, Y., Yoshida, T., Kuronishi, M., Uehara, H., Ogata, H., and Goto, S.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 33 ページ: 2379-2380
  • NAID: 120006329212
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replications of two closely related groups of jumbo phages show different level of dependence on host-encoded RNA polymerase (2017)
  • 著者名/発表者名: Matsui, T., Yoshikawa, G., Mihara, T., Chatchawankanphanich, O., Kawasaki, T., Nakano, M., Fujie, M., Ogata, H., and Yamada, T.
  • 雑誌名: Frontiers in Microbiology 巻: 8 ページ: 1010-1010
  • NAID: 120006331975
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition (2017)
  • 著者名/発表者名: Alberti, A., Poulain, J., Engelen, S., Ogata, H., et al.
  • 雑誌名: Scientific Data 巻: 4 ページ: 170093-170093
  • NAID: 120006979737
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] SecretEPDB: a comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems (2017)
  • 著者名/発表者名: Y. An, J. Wang, J. Song, C. Li, J. Revote, T. Naderer, M. Hayashida, T. Akutsu, Y. Zhang, G. I. Webb, T. Lithgow
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 7 号: 1 ページ: 41031-41031
  • DOI: 10.1038/srep41031
  • NAID: 120005997781
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Maximum margin classifier working in a set of strings (2016)
  • 著者名/発表者名: H. Koyano, M. Hayashida, T. Akutsu
  • 雑誌名: Proceedings of the Royal Society A 巻: 472 号: 2187 ページ: 20150551-20150551
  • DOI: 10.1098/rspa.2015.0551
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Integer linear programming approach to median and center strings for a probability distribution on a set of strings (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M. and Koyano, H.
  • 雑誌名: Proceedings of the 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies 巻: 3 ページ: 35-41
  • DOI: 10.5220/0005666400350041
  • NAID: 120005947093
  • 査読あり
• [雑誌論文] Critical evaluation of in silico methods for prediction of coiled-coil regions in proteins (2016)
  • 著者名/発表者名: Li, C., Chang, C. C. H., Porebski, B. T., Hayashida, M., Akutsu, T., Song, J., and Buckle, A. M.
  • 雑誌名: Briefings in Bioinformatics 巻: 17 号: 2 ページ: 270-282
  • DOI: 10.1093/bib/bbv047
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Enumeration method for tree-like chemical compounds with benzene rings and naphthalene rings by breadth-first search order (2016)
  • 著者名/発表者名: J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, Y. Zhao, T. Akutsu
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 17 号: 1 ページ: 113-113
  • DOI: 10.1186/s12859-016-0962-4
  • NAID: 120005822781
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Enumeration method for structural isomers containing user-defined structures based on breadth-first search approach (2016)
  • 著者名/発表者名: J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, T. Akutsu
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology 巻: 23 号: 8 ページ: 625-640
  • DOI: 10.1089/cmb.2016.0056
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] LBSizeCleav: improved support vector machine (SVM)-based prediction of Dicer cleavage sites using loop/bulge length (2016)
  • 著者名/発表者名: Y. Bao, M. Hayashida, T. Akutsu
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 17 号: 1 ページ: 487-487
  • DOI: 10.1186/s12859-016-1353-6
  • NAID: 120005973378
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 文字列の集合上の確率分布における中央文字列および中心文字列に対する整数計画問題 (2016)
  • 著者名/発表者名: 林田守広、小谷野仁
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 巻: 2016-MPS-108 ページ: 7-7
• [雑誌論文] Grammar-based compression for unrooted trees and subclass of plane graphs using integer linear programming (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Cao, Y., and Zhao, Y.
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 巻: 2016-MPS-108 ページ: 11-11
• [雑誌論文] Improving accuracy for predicting heterodimeric protein complexes using combination kernels (2016)
  • 著者名/発表者名: Ruan, P., Hayashida, M., Akutsu, T., and Vert, J.-P.
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 巻: 2016-MPS-108 ページ: 12-12
• [雑誌論文] Complex network-based approaches to biomarker discovery (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M. and Akutsu, T.
  • 雑誌名: Biomarkers in Medicine 巻: 10 号: 6 ページ: 621-632
  • DOI: 10.2217/bmm-2015-0047
  • 査読あり
• [雑誌論文] Benthic protists: the under-charted majority (2016)
  • 著者名/発表者名: Forster, D., Dunthorn, M., Mahe, F., Dolan, J.R., Audic, S., Bass, D., Bittner, L., Boutte, C., Christen, R., Claverie, J.-M., Decelle, J., Edvardsen, B., Egge, E., Eikrem, W., Gobet, A., Kooistra, W.H.C.F., Logares, R., Massana, R., Montresor, M., Not, F., Ogata, H. et al.
  • 雑誌名: FEMS Microbiology Ecology 巻: 92 号: 8 ページ: fiw120-fiw120
  • DOI: 10.1093/femsec/fiw120
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A Ralstonia solanacearum phage phiRP15 is closely related to Viunalikeviruses and encodes 19 tRNA-related sequences (2016)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Mihara, Mohamed A. Nasr-Eldin, Orawan Chatchawankanphanich, Anjana Bhunchoth, Namthip Phironrit, Takeru Kawasaki, Miyako Nakano, Makoto Fujie, Hiroyuki Ogata, Takashi Yamada
  • 雑誌名: Virology Reports 巻: 6 ページ: 61-73
  • DOI: 10.1016/j.virep.2016.07.001
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Two Asian jumbo phages, phiRSL2 and phiRSF1, infect Ralstonia solanacearum and show common features of phiKZ-related phages (2016)
  • 著者名/発表者名: Anjana Bhunchoth 他12名
  • 雑誌名: Virology 巻: 494 ページ: 56-66
  • DOI: 10.1016/j.virol.2016.03.028
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] DNA repair genes in the Megavirales pangenome. (2016)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu R., Ogata H.
  • 雑誌名: Curr. Opin. Microbiol. 巻: 31 ページ: 94-100
  • DOI: 10.1016/j.mib.2016.03.011
  • NAID: 120005741090
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Linking virus genomes with host taxonomy. (2016)
  • 著者名/発表者名: Mihara T., Nishimura Y., Shimizu Y., Nishiyama H., Yoshikawa G., Uehara H., Hingamp P., Goto S, Ogata H.
  • 雑誌名: Viruses 巻: 8 号: 3 ページ: 66-66
  • DOI: 10.3390/v8030066
  • NAID: 120005947134
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean. (2016)
  • 著者名/発表者名: Guidi L., Chaffron S., Bittner L., ..., Ogata H., ..., Karsenti E., Bowler C., Gorsky G.
  • 雑誌名: Nature 巻: - 号: 7600 ページ: 465-470
  • DOI: 10.1038/nature16942
  • NAID: 120005745631
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages. (2016)
  • 著者名/発表者名: Lescot M., Hingamp P., Kojima K.K., Villar E., Romac S., Veluchamy A., Boccara M., Jaillon O., Iudicone D., Bowler C., Wincker P., Claverie J.-M., Ogata H.
  • 雑誌名: ISME J. 巻: 10 号: 5 ページ: 1134-1146
  • DOI: 10.1038/ismej.2015.192
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Identification of a new oat beta-amylase by functional proteomics (2016)
  • 著者名/発表者名: Ben Halima, N., Khemakhem, B., Fendri, I., Ogata, H., Baril, P., Pichon, C., and Abdelkafi, S.
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta 巻: 10 号: 1 ページ: 1134-1146
  • DOI: 10.1016/j.bbapap.2015.10.001
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Ecogenomics and potential biogeochemical impacts of globally abundant ocean viruses (2016)
  • 著者名/発表者名: Roux, S., Brum, J.R., Dutilh, B.E., Sunagawa, S., Duhaime, M.B., Loy, A., Poulos, B.T., Solonenko, N., Lara, E., Poulain, J., Tara Oceans Coordinators including Ogata, H. et al.
  • 雑誌名: Nature 巻: 537 号: 7622 ページ: 689-693
  • DOI: 10.1038/nature19366
  • 査読あり / 国際共著
• [学会発表] Artificial neural network approach to prediction of protein--RNA residue-base contacts (2019)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M. and Koyano, H.
  • 学会等名: The 12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
  • 国際学会
• [学会発表] Classification of modes of indigenous food inventions and strategies for new food development (2019)
  • 著者名/発表者名: Koyano, H., Yamamoto, N., Sawada, K., Yago, H., and Yamada, T.
  • 学会等名: 2019 Food and Society International Coference
  • 国際学会
• [学会発表] Factors to modify traditional preserved foods (2019)
  • 著者名/発表者名: Sawada, K., Yamamoto, N., Koyano, H., Yago, H., and Yamada, T.
  • 学会等名: 2019 Food and Society International Coference
  • 国際学会
• [学会発表] 微生物群集のダイナミクスの数理モデリングと数値解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 小谷野 仁, 澤田 和典, 山本 希, 山田 拓司
  • 学会等名: 情報処理学会第 81 回全国大会
• [学会発表] ゲノム解析による Aspergilllus luchuensis 変異株の遺伝子変異の検出 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山本 希, 渡来 直生, 小谷野 仁, 澤田 和典, 山田 拓司
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2019 年度大会
• [学会発表] 地球規模海洋オミクスデータに基づく巨大ウイルスと生物炭素ポンプの関係の解明 (2019)
  • 著者名/発表者名: 緒方 博之
  • 学会等名: 第 2 回感染症診断と治療におけるゲノム解析
• [学会発表] 大規模観測とメタゲノム解析による海洋微生物の多様性研究 (2019)
  • 著者名/発表者名: 遠藤 寿
  • 学会等名: メタオミクスワークショップ in 京都 2019
• [学会発表] Global distribution of nucleocytoplasmic large DNA viruses in the ocean (2019)
  • 著者名/発表者名: Endo, H., Li, Y., Blanc-Mathieu, R., and Ogata, H.
  • 学会等名: ASLO 2019 Aquatic Sciences Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles (2018)
  • 著者名/発表者名: Matsubara, T., Ochiai, T., Hayashida, M., Akutsu, T., and Nacher, J.
  • 学会等名: The 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and BioEngineering
  • 国際学会
• [学会発表] Analyzing order of domains in grammar-based compression of proteomes (2018)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Ishibashi, K., and Koyano, H.
  • 学会等名: The 24th International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications
  • 国際学会
• [学会発表] Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming (2018)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Koyano, H., and Akutsu, T.
  • 学会等名: The 9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
  • 国際学会
• [学会発表] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network (2018)
  • 著者名/発表者名: Mori, T., Ngouv, H., Hayashida, M., Akutsu, T., Nacher, J.
  • 学会等名: The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
  • 国際学会
• [学会発表] 環境との相互作用の下での DNA 配列の集団 の進化のモデルとその種分化の分析への応用 (2018)
  • 著者名/発表者名: 小谷野 仁
  • 学会等名: 情報処理学会第 80 回全国大会
• [学会発表] 文字列の非可換位相半群上の偏微分方程式と生物群集の動態解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 小谷野 仁, 澤田 和典, 山本 希, 山田 拓司
  • 学会等名: 日本応用数理学会 2018 年度年会
• [学会発表] 配列類似性に基づいたウイルスゲノム自動分類法 (2018)
  • 著者名/発表者名: 黒西 愛, Blanc-Mathieu, R., 遠藤 寿, 五斗 進, 緒方 博之
  • 学会等名: 環境ウイルス研究集会
• [学会発表] Regression analysis using global ocean metagenomes revealed the contribution of eukaryotic viruses to carbon export (2018)
  • 著者名/発表者名: Kaneko, H., Blanc-Mathieu, R., Endo, H., and Ogata, H.
  • 学会等名: Workshop on Environmental Viruses
  • 国際学会
• [学会発表] Prymnesium kappa Virus RF01: A deep branching Mimiviridae encoding a large number of metabolic genes (2018)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu, R., Dahle, H., Brandt, D., Ogata, H., and Sandaa, R.-A.
  • 学会等名: Workshop on Environmental Viruses
  • 国際学会
• [学会発表] アカントアメーバに感染する新規ウイルス Medusavirus のゲノム解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 吉川 元貴, Blanc-Mathieu, R., 望月 智弘, Song, C., 村田 和義, 緒方 博之, 武村 政春
  • 学会等名: 環境ウイルス研究集会
• [学会発表] Genomic characterization of Medusavirus, a new giant virus infecting Acanthamoeba (2018)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa, G., Blanc-Mathieu, R., Song, C., Mochizuki, T., Murata, K., Ogata, H., and Takemura, M.
  • 学会等名: International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2018
  • 国際学会
• [学会発表] Development of viral genome classification method based on sequence similarity (2018)
  • 著者名/発表者名: Kuronishi, M., Blanc-Mathieu, R., Endo, H., Goto, S., and Ogata, H.
  • 学会等名: International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2018
  • 国際学会
• [学会発表] Diversity of marine prymnesioviruses and their strategies for stable co-existence with their phytoplankton hosts (2018)
  • 著者名/発表者名: Sandaa, R.-A., Lawrence, J., Blanc-Mathieu, R., Dahle, H., Steen, I. H., and Ogata, H.
  • 学会等名: EMBO Workshop Viruses of Microbes 2018
  • 国際学会
• [学会発表] A giant virus from a freshwater environment with a full set of histone genes (2018)
  • 著者名/発表者名: Ogata, H., Yoshikawa, G., Chihong, S., Blanc-Mathieu, R., Mochizuki, T., Murata, K., and Takemura, M.
  • 学会等名: The 9th Aquatic Virus Workshop
  • 国際学会
• [学会発表] Reluctant affaires-algal virus-haptophyte relatioship in the ocean (2018)
  • 著者名/発表者名: Sandaa, R.-A., Lawrence, J., Blanc-Mathieu, R., Dahle, H., Steen, I. H., and Ogata, H.
  • 学会等名: The 9th Aquatic Virus Workshop
  • 国際学会
• [学会発表] Viruses of the eukaryotic plankton: insight into their diversity, host range and role in carbon export (2018)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu, R., Kaneko, H., Velazquez, R. H., Endo, H., and Ogata, H.
  • 学会等名: 2018 JSME annual meeting
  • 国際学会
• [学会発表] Eukaryotic viruses in Tara Oceans samples: insight into their diversity and role in carbon export (2018)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu, R., Kaneko, H., Velazquez, R. H., Endo, H., and Ogata, H.
  • 学会等名: Rinkai Hackathon 2018
  • 招待講演
• [学会発表] Actors of the biological pump: are viruses involved in the process? (2018)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu, R., 金子 博人, Velazquez, R. H., 遠藤 寿, 緒方 博之
  • 学会等名: 第 12 回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] Network analysis reveals the relationship between eukaryotic viruses and the biological carbon pump (2018)
  • 著者名/発表者名: 金子 博人, Blanc-Mathieu, R., 遠藤 寿, 緒方 博之
  • 学会等名: 第 12 回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming (2018)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Koyano, H., and Akutsu, T.
  • 学会等名: 9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
  • 国際学会
• [学会発表] DNA 配列の集団の時間発展を記述する偏微分方程式とその種分化の分 析への応用 (2018)
  • 著者名/発表者名: 小谷野仁
  • 学会等名: 情報処理学会第 80 回全国大会
• [学会発表] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network (2018)
  • 著者名/発表者名: Mori, T., Ngouv, H., Hayashida, M., Akutsu, T., and Nacher, J.
  • 学会等名: 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
  • 国際学会
• [学会発表] Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel (2018)
  • 著者名/発表者名: Ruan, P., Hayashida, M., Akutsu, T., and Vert, J.-P.
  • 学会等名: 28th International Conference on Genome Informatics
  • 国際学会
• [学会発表] Actors of the biological pump: are viruses involved in the process? (2018)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu, R., 遠藤寿, 緒方博之
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] Network analysis reveals the relationship between eukaryotic viruses and the biological carbon pump (2018)
  • 著者名/発表者名: Velazquez, R. H., Blanc-Mathieu, R., 遠藤寿, 緒方博之
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] Optimal string clustering based on a statistical theory on a topological monoid of strings (2017)
  • 著者名/発表者名: Koyano, H., Hayashida, M., and Akutsu, T.
  • 学会等名: 2017 13th Workshop on Stochastic Models, Statistics and Their Applications
  • 国際学会
• [学会発表] Predicting strengths of protein-protein interactions through online regression algorithms (2017)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Kamada, M., and Koyano, H.
  • 学会等名: 2017 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications
  • 国際学会
• [学会発表] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA Residue-base contacts (2017)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Okada, M., Kamada, M., and Koyano, H.
  • 学会等名: 11th International Conference on Computational Systems Biology
  • 国際学会
• [学会発表] Biodiversity of marine plankton revealed by Tara Oceans’ eco-systems approach (2017)
  • 著者名/発表者名: Ogata, H.
  • 学会等名: Tara Coral Conference
  • 国際学会
• [学会発表] Towards unveiling pivotal roles of viruses in marine ecosystems (2017)
  • 著者名/発表者名: Ogata, H., Blanc-Mathieu, R., Hingamp, P., Nishimura, Y., Li, Y., and Yoshida, T.
  • 学会等名: 73rd Fujihara Seminar, International Conference “Molecular Life of Diatoms”
  • 国際学会
• [学会発表] Comparison of giant virus diversity across ecosystem (2017)
  • 著者名/発表者名: Li, Y., Hingamp, P., Watai, H., Blanc-Mathieu, R., Yoshida, T., and Ogata, H.
  • 学会等名: 17th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology
  • 国際学会
• [学会発表] マルチオミクス解析が明らかにする海洋ウイルスの多様性と存在意義 (2017)
  • 著者名/発表者名: 緒方博之, Blanc-Mathieu, R., Hingamp, P., 西村陽介, 李岩沢, 吉田天士
  • 学会等名: 日本進化学会第19回大会
• [学会発表] Characterizing the diversity of Megaviridae (2017)
  • 著者名/発表者名: Li, Y., Hingamp, P., Watai, H., Blanc-Mathieu, R., Yoshida, T., and Ogata, H.
  • 学会等名: 2017年度日本微生物生態学会環境ウイルス研究部会
• [学会発表] ウイルス分類体系のゲノム類似性指標による評価 (2017)
  • 著者名/発表者名: 黒西愛, Blanc-Mathieu, R., 五斗進, 緒方博之
  • 学会等名: 2017年度日本微生物生態学会環境ウイルス研究部会
• [学会発表] カンキツかいよう病菌に感染するファージ XacN1 のゲノム解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 吉川元貴, Blanc-Mathieu, R., 緒方博之, 山田隆
  • 学会等名: 2017年度日本微生物生態学会環境ウイルス研究部会
• [学会発表] 巨大ウイルス群 NCLDV に属する新規ウイルス OV のゲノム解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 吉川元貴, Blanc-Mathieu, R., 望月智弘, Song C., 村田和義, 緒方博之, 武村政春
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] 温泉の底質泥から分離した新規巨大ウイルスについて (2017)
  • 著者名/発表者名: 武村政春, Song, C., 望月智弘, 吉川元貴, Blanc-Mathieu, R., 緒方博之, 村田和義
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] 何故に今頃ネオウイルス学？ (2017)
  • 著者名/発表者名: 緒方博之
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] Multi-omics approach to assess viral impact on marine plankton (2017)
  • 著者名/発表者名: Ogata, H.
  • 学会等名: KAUST Global Ocean Genome Workshop
  • 国際学会
• [学会発表] Diversity and biogeography of marine giruses and their association with the biological carbon pump (2017)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu, R., Li, Y., Kaneko, H., Endo, H., and Ogata, H.
  • 学会等名: 3rd Ringberg Symposium on Giant Virus Biology
  • 国際学会
• [学会発表] Diversity and ecological role of giant viruses in the sunlit ocean (2017)
  • 著者名/発表者名: Blanc-Mathieu, R., Kaneko, H., Yoshikawa, G., and Ogata, H.
  • 学会等名: ConBio2017, The Dawn of Giant Virus Biology
  • 国際学会
• [学会発表] 海洋ウイルス：どこから来て、何をしているのか？ (2017)
  • 著者名/発表者名: 緒方博之
  • 学会等名: 第33回国際生物学賞記念シンポジウム
• [学会発表] Optimal string clustering based on a statistical theory on a topological monoid of strings (2017)
  • 著者名/発表者名: Koyano, H., Hayashida, M., and Akutsu, T.
  • 学会等名: 13th Workshop on Stochastic Models, Statistics and Their Applications
  • 発表場所: Berlin, Germany
  • 国際学会
• [学会発表] Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network (2016)
  • 著者名/発表者名: Jindalertudomdee, J., Hayashida, M., Song, J., and Akutsu. T.
  • 学会等名: IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and BioEngineering
  • 発表場所: Taichung, Taiwan
  • 国際学会
• [学会発表] Integer linear programming approach to median and center strings for a probability distribution on a set of strings (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayashida M. and Koyano, H.
  • 学会等名: 15th European Conference on Computational Biology
  • 発表場所: The Hague, Netherlands
  • 国際学会