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制御における動的な溶媒効果の理論的解明

研究課題

研究課題/領域番号 16KT0050
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 遷移状態制御
研究機関静岡大学

研究代表者

河合 信之輔  静岡大学, 理学部, 准教授 (90624065)

研究分担者 山下 雄史  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (50615622)
研究期間 (年度) 2016-07-19 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
9,750千円 (直接経費: 7,500千円、間接経費: 2,250千円)
2019年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2018年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2017年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2016年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワード反応動力学 / 機械学習 / エネルギー移動 / 反応性境界 / 相空間構造 / 異性化反応 / 化学物理 / 溶媒効果 / クラスター / 化学反応動力学 / 反応境界
研究成果の概要

化学反応における遷移状態近傍のダイナミクスについて,溶媒などの周辺分子の影響に注目して理論的研究を遂行した。対象としてはHCN→CNHの異性化反応をとりあげ,周囲にAr原子を1個置いた系を考察した。電子状態計算に基づいてポテンシャルエネルギー面を作成し,反応ダイナミクスの解析を行った。個々の初期条件に対し,それが反応を起こすか否かをその初期条件の「反応性」と定義し,相空間内において反応性が分かれる境界面「反応性境界」を抽出した。また,その各初期条件の反応性を機械学習によって解析した。学習結果の解析から,反応の成否を決定するうえでの各変数の重要度を明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

化学反応は原子が動くことによって起こるものであり,特に反応途中にある遷移状態とよばれる分割面の付近での原子の動きが,反応の成否を決定するうえで重要である。本研究では,遷移状態付近の原子の動きに対する「溶媒」などの周辺分子の影響を,機械学習を通じて詳細に解析した。それによって,各原子の初期位置および初速度の中で,反応の成否を決定づけるうえで重要度の高い因子と低い因子を判別することを可能にした。この結果は,化学反応に対する基礎科学的知見を推進するとともに,将来的には多様な化学反応の制御につながっていく可能性がある。

報告書

(8件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 6件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Modified AMBER force-field (FUJI) parameters for sulfated and phosphorylated tyrosine residues: Development and application to CCR5-derived peptide systems2019

    • 著者名/発表者名
      Yamashita Takefumi, Okajima Ryo, Miyanabe Kazuhiro, Tsumoto Kouhei
    • 雑誌名

      AIP Conf. Proc.

      巻: 2186 ページ: 030013-030013

    • DOI

      10.1063/1.5137924

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 構造生物学2.0としての分子動力学シミュレーション:創薬応用への道 Molecular Dynamics Simulations as Structural Biology 2.0: Application to Drug Design2019

    • 著者名/発表者名
      山下雄史
    • 雑誌名

      月刊「細胞」(The Cell)

      巻: 51(12) ページ: 606-607

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Dynamical boundaries for the isomerization reaction HCN ←→ CNH in the presence of a buffer molecule2021

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke KAWAI, and Takefumi YAMASHITA
    • 学会等名
      ICCMSE 2021 (17th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering),Galaxy Hotel, Heraklion, Crete, Greece
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Extraction of Essential Coordinates for Analysis of Molecular Dynamics2020

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke KAWAI
    • 学会等名
      ICCMSE 2020 (International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering 2020)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Environmental Coordinates in the Structural Dynamics of a Dipeptide2019

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kawai
    • 学会等名
      35th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics(第35回化学反応討論会)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ジペプチド分子の構造ダイナミクスにおける運動モード間相互作用の解析2019

    • 著者名/発表者名
      河合 信之輔
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Extraction of multi-dimensional molecular dynamics from limited observations2018

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke KAWAI
    • 学会等名
      34th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Essential Dynamical Coordinates to Describe Quantum Mechanical Systems2018

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke KAWAI
    • 学会等名
      ICCMSE 2018(14TH INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Extraction of effective dynamical modes in quantum systems2018

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke KAWAI
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 量子多自由度系ダイナミクスのデータ解析による隠れた運動モードの抽出2017

    • 著者名/発表者名
      河合信之輔
    • 学会等名
      コンピュータ化学会2017秋季年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2016-07-20   更新日: 2024-01-30  

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