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構造化学的手法による光化学系IIの水分解反応の機構解明

研究課題

研究課題/領域番号 16KT0058
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 遷移状態制御
研究機関岡山大学

研究代表者

梅名 泰史  岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 特別契約職員(准教授) (10468267)

研究期間 (年度) 2016-07-19 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円)
2018年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2017年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2016年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
キーワード光合成 / 結晶構造解析 / マンガン金属錯体 / 放射光X線 / 異常分散効果 / 反応中間体 / 時間分割構造解析 / 遷移金属の酸化還元状態 / 蛋白質結晶 / 反応中間状態 / 光合成蛋白質 / 光化学系II蛋白質 / 異常分散項差電子密度マップ / 光励起 / 微小結晶 / X線結晶構造解析 / 膜蛋白質 / タンパク質の微小結晶 / 異常分散項差フーリエマップ / タンパク質結晶のFT-IR / 構造生物学 / 構造・機能予測 / 光生物
研究成果の概要

酸素発生型光合成生物で働く光化学系II蛋白質(PSII)にはMn4CaO5クラスター(Mnクラスター)が反応触媒中心として存在している。本研究では、PSIIによる水分解・酸素発生の反応を構造化学的に解明するため、水分解反応中間状態におけるMnクラスターの各Mnの酸化還元および蛋白質構造変化の同時解析による反応機構の解明を目指した。MnのX線吸収端のX線を使った独自の結晶構造解析手法を開発し、PSIIの微小結晶をレーザー光で励起して凍結固定して、4つの反応中間状態を解析した。その結果、4つのMnの価数の変化が起こり、それに伴って蛋白質および水分子の動きを捉えることに成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、光合成の光と水によるエネルギー変換の仕組みを理解するため、光化学系II蛋白質(photosystem II; PSII)の触媒中心の4つMn金属原子と蛋白質構造の構造化学的な研究を行った。まず、Mnの電子状態と蛋白質の動きを同時に分析する結晶学的手法を開発した。この手法により、PSIIが水を分解する反応過程におけるMnとPSIIの原子レベルの変化を捉えることができた。もし光合成反応を化学的に理解できれば、太陽電池のような電力ではなく、水からエネルギー源を作り出す人工光合成の手がかりが期待される。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 3件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 6件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] β-Carotene Probes the Energy Transfer Pathway in the Photosystem II Core Complex2019

    • 著者名/発表者名
      Yoneda Yusuke、Nagasawa Yutaka、Umena Yasufumi、Miyasaka Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 10 号: 13 ページ: 3710-3714

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b01072

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An alternative plant-like cyanobacterial ferredoxin with unprecedented structural and functional properties2019

    • 著者名/発表者名
      Motomura Taiki、Zuccarello Lidia、S?tif Pierre、Boussac Alain、Umena Yasufumi、Lemaire David、Tripathy Jatindra N.、Sugiura Miwa、Hienerwadel Rainer、Shen Jian-Ren、Berthomieu Catherine
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1860 号: 11 ページ: 148084-148084

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.148084

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A versatile experimental system for tracking ultrafast chemical reactions with X-ray free-electron lasers2019

    • 著者名/発表者名
      Katayama Tetsuo、Nozawa Shunsuke、Umena Yasufumi、Lee SungHee、Togashi Tadashi、Owada Shigeki、Yabashi Makina
    • 雑誌名

      Structural Dynamics

      巻: 6 号: 5 ページ: 054302-054302

    • DOI

      10.1063/1.5111795

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] An oxyl/oxo mechanism for oxygen-oxygen coupling in PSII revealed by an x-ray free-electron laser2019

    • 著者名/発表者名
      Suga M、Akita F、Yamashita K、Nakajima Y、Ueno G、Li H、Yamane T、Hirata K、Umena Y、Yonekura S、Yu L-J、Murakami H、Nomura T、Kimura T、Kubo M、Baba S、Kumasaka T、Tono K、Yabashi M、Isobe H、Yamaguchi K、Yamamoto M、Ago H、Shen J-R
    • 雑誌名

      Science

      巻: 366 号: 6463 ページ: 334-338

    • DOI

      10.1126/science.aax6998

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fourier Transform Infrared Analysis of the S-State Cycle of Water Oxidation in the Microcrystals of Photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      Kato Yuki、Akita Fusamichi、Nakajima Yoshiki、Suga Michihiro、Umena Yasufumi、Shen Jian-Ren、Noguchi Takumi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 9 号: 9 ページ: 2121-2126

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b00638

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Understanding Two Different Structures in the Dark Stable State of the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem?II: Applicability of the Jahn-Teller Deformation Formula2017

    • 著者名/発表者名
      Shoji Mitsuo、Isobe Hiroshi、Tanaka Ayako、Fukushima Yoshimasa、Kawakami Keisuke、Umena Yasufumi、Kamiya Nobuo、Nakajima Takahito、Yamaguchi Kizashi
    • 雑誌名

      ChemPhotoChem

      巻: 2 号: 3 ページ: 257-270

    • DOI

      10.1002/cptc.201700162

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mutual relationships between structural and functional changes in a PsbM-deletion mutant of photosystem II2017

    • 著者名/発表者名
      S. Uto, K. Kawakami, Y. Umena, M. Iwai, M. Ikeuchi, J.-R. Shenf and N. Kamiya
    • 雑誌名

      Faraday Discussions

      巻: 印刷中 ページ: 107-120

    • DOI

      10.1039/c6fd00213g

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Light-induced structural changes and the site of O=O bond formation in PSII caught by XFEL.2017

    • 著者名/発表者名
      Suga, M.†, Akita, F.†, Sugahara, M.†, Kubo, M.†, Nakajima, Y.† et al. (†equal contribution)(38人中1番目)
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 543 号: 7643 ページ: 131-135

    • DOI

      10.1038/nature21400

    • NAID

      120006344935

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書 2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dynamics of Excitation Energy Transfer Between the Subunits of Photosystem II Dimer.2016

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Yoneda, Tetsuro Katayama, Yutaka Nagasawa, Hiroshi Miyasaka and Yasufumi Umena
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 138 号: 36 ページ: 11599-11605

    • DOI

      10.1021/jacs.6b04316

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 光合成で働く光化学系II複合体の結晶構造解析に基づく機能解明2019

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史
    • 学会等名
      2019年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Crystallographic study on estimation of the valence of each of the four Mn atoms in Photosystem II using anomalous diffraction techniques2019

    • 著者名/発表者名
      Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya, Yoshiaki Kawano, Keitaro Yamashita, Hideo Ago, Masaki Yamamoto, Jian-Ren Shen
    • 学会等名
      69th American Crystallography Association Annual meeting
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Study of functional structures in photosystem II revealed by pH dependent structural changes2019

    • 著者名/発表者名
      Yasufumi Umena, Mayuho Adachi, Jian-Ren Shen
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Crystallographic study on estimation of the valence of each of the four Mn atoms in Photosystem II using anomalous diffraction techniques2019

    • 著者名/発表者名
      Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya, Yoshiaki Kawano, Keitaro Yamashita, Hideo Ago, Masaki Yamamoto, Jian-Ren Shen
    • 学会等名
      2019 the American Crystallographic Association’s Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Analysis of the individual valences of four Mn atoms in photosystem II crystals using anomalous diffraction technique2018

    • 著者名/発表者名
      Yasufumi Umena Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya and Jian-Ren Shen
    • 学会等名
      第56回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Proton transfer inhibition by molecular anion substitutions in Photosystem II2017

    • 著者名/発表者名
      Yasufumi Umena, Shouya Tamaru, Jian-Ren Shen
    • 学会等名
      24th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 塩素イオンを分子陰イオンへ置換した PSIIの結晶構造解析による阻害機構の解明2017

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史,田丸翔也,沈建仁
    • 学会等名
      第8回日本光合成学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Mn-oxidation states in PSII2017

    • 著者名/発表者名
      Yasufumi Umena
    • 学会等名
      Japan-France Joint Workshop on the Structure and Function of Photosystem II
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光化学系IIと阻害剤アジ化物イオンとの共結晶化とX線結晶構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      田丸 翔也, 梅名 泰史, 沈 建仁
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば、茨城(ポスター)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 活性阻害剤アジ化物イオンが結合した光化学系 II 蛋白質の X 線結晶構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史・田丸翔也・沈建仁
    • 学会等名
      日本結晶学会平成28年度年会
    • 発表場所
      水戸、茨城(ポスター)
    • 年月日
      2016-11-17
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系IIタンパク質における混合原子価Mn4CaO5クラスターの結晶構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史, 川上恵典, 神谷信夫, 沈建仁
    • 学会等名
      第55回電子スピンサイエンス学会年会
    • 発表場所
      大阪市立大学、大阪
    • 年月日
      2016-11-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Crystallographic studies of the valence of four Mn atoms in photosystem II using anomalous diffraction technique2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Umena, K. Kawakami, N. Kamiya, J.-R. Shen
    • 学会等名
      The 42nd Naito Conference
    • 発表場所
      札幌、北海道(ポスター)
    • 年月日
      2016-10-04
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Estimation of valences and radiation damage of four Mn atoms in photosystem II crystals using anomalous diffraction analysis2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Umena, K. Kawakami, N. Kamiya, J.-R. Shen
    • 学会等名
      The 12th International Conference on Biology and Synchrotron Radiation (BSR 2016)
    • 発表場所
      Menlo Park, CA, USA (ポスター)
    • 年月日
      2016-08-21
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Valences and radiation damage of four Mn atoms in photosystem II crystals revealed by anomalous diffraction analysis2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Umena, K. Kawakami, N. Kamiya, J.-R. Shen,
    • 学会等名
      The 17th International Congress on Photosynthesis Research
    • 発表場所
      Maastricht, Netherlands(ポスター)
    • 年月日
      2016-08-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Crystal structure analysis of photosystem II complex from an SQDG-deficient mutant of Thermosynechococcus elongatus2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakajma, Y. Umena, K. Endo, H. Wada, J.-R. Shen
    • 学会等名
      The 17th International Congress on Photosynthesis Research
    • 発表場所
      Maastricht, Netherlands(ポスター)
    • 年月日
      2016-08-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-07-20   更新日: 2023-03-08  

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