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中性子ビームを利用した酵素反応中間体の結晶構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 16KT0063
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 遷移状態制御
研究機関国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構

研究代表者

安達 基泰  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, グループリーダー(定常) (60293958)

研究分担者 森元 聡  九州大学, 薬学研究院, 教授 (60191045)
老川 典夫  関西大学, 化学生命工学部, 教授 (80233005)
木下 誉富  大阪府立大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (90405340)
研究期間 (年度) 2016-07-19 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円)
2019年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2018年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2017年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2016年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワード酵素 / 結晶構造解析 / 中性子
研究成果の概要

本研究では、中性子ビームを用いた酵素の立体構造解析を通じて、反応中間体等の水素原子や水分子の配向を含む構造を明らかにすることで、酵素の遷移状態の制御をめざした。アミノ酸ラセマーゼの一つであるヒスチジンラセマーゼに関して、世界で初めてX線結晶構造解析に成功した。さらに、結晶化の条件を検討し、最適化を続けることで、1.0Åという高い分解能のX線結晶構造解析に成功するとともに、体積約1立方ミリメートル以上の大型の結晶の作製に成功し、中間体の中性子回折データの収集に至った。CK2に関しては、世界で初めて中性子構造解析に成功し、分子を縦断する水素結合のネットワークと、その機能性を示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

反応中間体等の解析は、酵素本来の緻密な反応触媒機構を解明することにつながり、例えばCK2の成果は、間接的に活性を調整するようなアロステリック型の阻害剤の開発に貢献する。またラセマーゼに関しては、得られた知見に基づいて、遷移状態あるいは中間状態を制御した酵素の合理的な改変を行うことで、従来と異なる反応生成物を選択的に得ることができると考えられる。新機能酵素による新たな有機分子合成は、独自の化合物スクリーニングライブラリーの拡充や、複雑な官能基を有する医薬品原料素材の供給を可能にし、国内産業の強みである原料素材産業における国際競争力の強化にも貢献するものと考えられる。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 4件、 招待講演 7件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] ミュンヘン工科大学/ユーリッヒ中性子科学センター(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] TUM/JCNS(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Direct Observation of the Protonation States in the Mutant Green Fluorescent Protein2020

    • 著者名/発表者名
      Chie Shibazaki, Rumi Shimizu, Yuji Kagotani, Andreas Ostermann, Tobias E. Schrader, Motoyasu Adachi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 11 号: 2 ページ: 492-496

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b03252

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] X-Ray diffraction experiments for drug target protein of human casein kinase II2019

    • 著者名/発表者名
      Chie Shibazaki, Shigeki Arai, Rumi Shimizu, Motoyasu Adachi
    • 雑誌名

      Photon Factory Activity Report 2018

      巻: 36 ページ: 149-149

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Hydration Structures of the Human Protein Kinase CK2α Clarified by Joint Neutron and X-ray Crystallography2018

    • 著者名/発表者名
      Shibazaki Chie、Arai Shigeki、Shimizu Rumi、Saeki Morihisa、Kinoshita Takayoshi、Ostermann Andreas、Schrader Tobias E.、Kurosaki Yuzuru、Sunami Tomoko、Kuroki Ryota、Adachi Motoyasu
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 430 号: 24 ページ: 5094-5104

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2018.09.018

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The first identification and characterization of a histidine-specific amino acid racemase, histidine racemase from a lactic acid bacterium, Leuconostoc mesenteroides subsp. sake NBRC 1024802018

    • 著者名/発表者名
      Adachi Motoyasu、Shimizu Rumi、Kato Shiro、Oikawa Tadao
    • 雑誌名

      Amino Acids

      巻: 51 号: 2 ページ: 331-343

    • DOI

      10.1007/s00726-018-2671-y

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deuterated Materials Enhancing Neutron Science for Structure Function Applications2018

    • 著者名/発表者名
      阿久津 和宏 , 安達 基泰 , 川北 至信
    • 雑誌名

      JAEA-Review

      巻: J-PARC 17-06

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Neutron structure of the T26H mutant of T4 phage lysozyme provides insight into the catalytic activity of the mutant enzyme and how it differs from that of wild type2017

    • 著者名/発表者名
      Hiromoto Takeshi、Meilleur Flora、Shimizu Rumi、Shibazaki Chie、Adachi Motoyasu、Tamada Taro、Kuroki Ryota
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 26 号: 10 ページ: 1953-1963

    • DOI

      10.1002/pro.3230

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 中性子による最近の構造解析研究Ⅱ2020

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      重水素化薬剤研究会2020横浜
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Neutron crystal structure analysis of human casein kinase II (CK2)2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi
    • 学会等名
      27th International Society of Heterocyclic Chemistry (ISHC) Congress
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A NOVEL PYRIDOXAL 5′-PHOSPHATE-DEPENDENT HISTIDINE RACEMASE FROM LEUCONOSTOC MESENTEROIDES SUBSP. SAKE NBRC 102480: DISCOVERY AND STRUCTURAL CHARACTERIZATION2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi, Rumi Shimizu, Shiro Kato, Tadao Oikawa
    • 学会等名
      The 4th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2019)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] タンパク質の中性子結晶構造解析とその未来への展望:ヒト由来プロテインキナーゼCK2の解析から2019

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      バイオサイエンスセミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子効果と量子ダイナミクス解析によるタンパク質研究の パラダイムシフト2019

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      次世代放射光超高分解能RIXS ワークショップ
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Conformation analysis of hydrogen atoms around ligand-binding pocket based on quantum chemical calculation2019

    • 著者名/発表者名
      Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Motoyasu Adachi, Shigenori Tanaka, Teruki Honma
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会, 情報計算化学生物学会(CBI学会)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ヒト由来プロテインキナーゼCK2の中性子結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会 (第20回FMO研究会 生命現象を量子構造生物学で解き明かす), 情報計算化学生物学会(CBI学会)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] First neutron stuructural analaysis of human casein kinase II2018

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi, Chie Shibazaki, Rumi Shimizu, Shigeki Arai, Andreas Ostermann, Tobias E. Schrader
    • 学会等名
      The 31st European Crystallographic Meeting (ECM31)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Long hydrogen bonding network responsible for catalytic activity of human casein kinase II2018

    • 著者名/発表者名
      Chie Shibazaki, Rumi Shimizu, Shigeki Arai, Motoyasu Adachi
    • 学会等名
      3rd International Symposium of Quantum Beam Science
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ヒトカゼインキナーゼIIの触媒活性に係わる新たな水素結合ネットワークの発見2018

    • 著者名/発表者名
      柴崎千枝、清水瑠美、新井栄揮、安達基泰、黒木良太
    • 学会等名
      2017年度量子ビームサイエンスフェスタ (第9回MLFシンポジウム・第35回PFシンポジウム)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 非凍結結晶を用いたβ-アミラーゼ(E380A)と基質との複合体のpH変化の解析2018

    • 著者名/発表者名
      三上文三、安達基泰、姜有那、水谷公彦
    • 学会等名
      日本農芸化学会2018年度大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] HIV-1 プロテーゼの中性子構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      安達基泰
    • 学会等名
      第8回東海地区中性子生命科学検討会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Perdeuteration and protein neutron crystallography (for beginners)2017

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi
    • 学会等名
      J-PARC WORKSHOP Deuterated Materials Enhancing Neutron Science for Structure Function Applications
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [図書] Structural Biology in Drug Discovery: Methods, Techniques, and Practices2020

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi, Ryota Kuroki
    • 総ページ数
      17
    • 出版者
      WILEY
    • ISBN
      9781118681015
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2016-07-20   更新日: 2023-03-08  

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