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piRNAシステムズバイオロジー:人工産生系を用いた機械学習的アプローチ

研究課題

研究課題/領域番号 16KT0064
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 構成的システム生物学
研究機関東京大学

研究代表者

勝間 進  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20378863)

研究分担者 鈴木 穣  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
研究期間 (年度) 2016-07-19 – 2018-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2017年度)
配分額 *注記
18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
2018年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2017年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2016年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
キーワードpiRNA / 小分子RNA / カイコ / BmN-4 / ピンポンサイクル / 機械学習 / 培養細胞 / カイコ培養細胞
研究実績の概要

小分子RNAの一つであるPIWI-interacting RNA (piRNA)は、生殖細胞において利己的な配列から自身を守る役割を果たす。カイコ培養細胞BmN-4はpiRNAの生合成経路の一つであるピンポンサイクルを保持する細胞である。私たちは、前年度にBmN-4を用いた「人工piRNA産生系」を確立し、それを利用してpiRNA-PIWI複合体の認識に必要な塩基数を同定した(Shoji et al., RNA, 2017)。今年度は以下の知見を得た。
1.人工piRNA産生系にランダムなpiRNA前駆体配列を発現するライブラリーを導入し、piRNAの末端付近の規則性について検討した。そこで見出されたルールについて、現在生化学的な検証を行っている。
2.BmN-4細胞に持続感染しているカイコマキュラウイルスの量がRNAi及びpiRNA経路によって抑制されていることが明らかになった。現在、論文投稿中である。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Identification of a bipartite nuclear localization signal in the silkworm Masc protein2016

    • 著者名/発表者名
      Sugano Y, Kokusho R, Ueda M, Fujimoto M, Tsutsumi N, Shimada T, Kiuchi T, Katsuma S.
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 590 号: 1 ページ: 2256-2261

    • DOI

      10.1261/rna.058875.116

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] カイコ培養細胞において持続感染している昆虫マキュラウイルスに由来するpiRNA の性状2017

    • 著者名/発表者名
      庄司佳祐・泉奈津子・鈴木穣・泊幸秀・岩永将司・勝間進
    • 学会等名
      生命科学系学会合同年次大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(神戸市中央区)
    • 年月日
      2017-12-08
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] カイコマキュラウイルスはpiRNA経路およびRNAi経路によってRNAサイレンシグを受ける2017

    • 著者名/発表者名
      勝間進・庄司佳祐・川本宗孝・木内隆史・泉奈津子・泊 幸秀・鈴木 穣・岩永将司
    • 学会等名
      第76回昆虫病理研究会
    • 発表場所
      東京大学農学部(東京都文京区)
    • 年月日
      2017-09-30
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Artificial “ping-pong” cascade of PIWI-interacting RNA in silkworm cells2017

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Shoji, Susumu Katsuma
    • 学会等名
      APSERI2017
    • 発表場所
      Maruay Garden Hotel, Bangkok (Thailand)
    • 年月日
      2017-03-01
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 東京大学昆虫遺伝研究室公式ウェブサイト

    • URL

      http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/igb/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 東京大学昆虫遺伝研究室

    • URL

      http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/igb/

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-07-20   更新日: 2023-03-08  

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