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分子間距離で紐解く、遺伝子発現反応場の再構成

研究課題

研究課題/領域番号 16KT0068
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 構成的システム生物学
研究機関大阪大学

研究代表者

多田隈 尚史  大阪大学, 蛋白質研究所, 助教 (10339707)

研究協力者 増渕 岳也  
中尾 公子  
福本 紘大  
泊 幸秀  
坪山 幸太郎  
研究期間 (年度) 2016-07-19 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
2018年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2017年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2016年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワード1分子計測(SMD) / DNAデバイス / 遺伝子発現 / 転写 / 核酸 / 蛋白質 / 分子モーター / 分子機械 / 1分子計測(SMD) / ナノバイオ
研究成果の概要

細胞内は非常に混雑した環境であるが、遺伝子発現は非常に効率良く、かつ精緻に行われている。これは、関連因子が集積した"ナノ反応場"が形成され、特定の反応が効率的に進む一方、他の因子を排除する効果等が合わさっているからだと考えられる。本研究では、ナノ分子配置が可能なDNAナノ構造上に転写関連因子を集積化した、人工ナノ反応場(転写ナノチップ)を作製し、反応場において、分子配置や分子間距離がどのように転写反応に影響するのかを評価可能な実験系を確立した。また、ナノチップが自律デバイスとして機能する事を実証した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、従来の反応拡散系を基にした反応系ではなく、反応に関与する因子をDNAナノ構造の上に集積化した反応系(ナノ反応場)を構築し、転写反応を題材にその特徴的な性質を明らかにした。転写は遺伝子発現の最初の機構であり、その分子機構がわかれば、遺伝子発現の制御が可能になる。また、作製したナノチップは、環境を検知・演算し、出力を行う自律デバイスとして機能する事が可能であるので、細胞や人工細胞の運命制御が可能となり、医療や有用物質生産に貢献すると期待される。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Construction of integrated gene logic-chip2018

    • 著者名/発表者名
      Takeya Masubuchi, Masayuki Endo, Ryo Iizuka, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Hao Qi, Ryosuke Iinuma, Yuya Miyazono, Shuichi Shoji, Takashi Funatsu, Hiroshi Sugiyama, Yoshie Harada, Takuya Ueda, Hisashi Tadakuma
    • 雑誌名

      Nat. Nanotechnol.

      巻: 13 号: 10 ページ: 933-940

    • DOI

      10.1038/s41565-018-0202-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Conformational Activation of Argonaute by Distinct yet Coordinated Actions of the Hsp70 and Hsp90 Chaperone Systems2018

    • 著者名/発表者名
      Tsuboyama K, Tadakuma H, Tomari Y
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 70 号: 4 ページ: 722-729

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2018.04.010

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-Molecule Analysis for RISC Assembly and Target Cleavage2017

    • 著者名/発表者名
      Sasaki Hiroshi M., Tadakuma Hisashi, Tomari Yukihide
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1680 ページ: 145-164

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-7339-2_10

    • ISBN
      9781493973385, 9781493973392
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biochemical and single-molecule analyses of the RNA silencing suppressing activity of CrPV-1A.2017

    • 著者名/発表者名
      Watanabe M, Iwakawa HO, Tadakuma H, Tomari Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 45(18) 号: 18 ページ: 10837-10844

    • DOI

      10.1093/nar/gkx748

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular Mechanism of Viral RNA Recognition and MDA5 Activation Through LGP22019

    • 著者名/発表者名
      Ivana Duic, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada, Shige H. Yoshimura and Takashi Fujita
    • 学会等名
      Keystone Symposia "Innate Immune Receptors: Roles in Immunology and Beyond"
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Construction of DNA origami base gene transcription nano chip2019

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Hyun YD, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T, Tadakuma H
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of motility and structure of the dynein-microtubule complex: application of DNA-origami based tools for mehanobiology2019

    • 著者名/発表者名
      S.A. Abdellatef, H. Tadakuma, Y. Kondo, K. Fukumoto, K. Yan, H. Higuchi, K. Hirose
    • 学会等名
      3rd International Symposium on Nanoarchitectonics for Mechanobiology
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Integrated gene logic-chip functioning in an artificial cell.2018

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Yoon DH, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T and Tadakuma H
    • 学会等名
      The 2nd Joint Australia-Japan/Japan-Australia Joint RNA meeting
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Integrated gene logic-chip functioning in an artificial cell.2018

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Yoon DH, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T and Tadakuma H.
    • 学会等名
      CBI学会2018年大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 集積型遺伝子チップの構築2018

    • 著者名/発表者名
      多田隈 尚史
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ポリリジン残基の付加は、DNAオリガミへのSNAPf融合蛋白質の結合速度を向上させる2018

    • 著者名/発表者名
      Kodai Fukumoto, Yuya Miyazono, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ダイニン・微小管・DNA折り紙複合体の運動および構造の解析2018

    • 著者名/発表者名
      Shimaa A. Abdellatef, Hisashi Tadakuma, Yuichi Kondo, Kangmin Yan, Hideo Higuchi, Keiko Hirose
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ゼロモード導波路(ZMW)を用いた生体分子複合体の定量分析2018

    • 著者名/発表者名
      Kimiko Nakao, Hisashi Tadakuma, Yong-Woon Han, Yoshie Harada
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] DNAオリガミを用いた反応場制御2018

    • 著者名/発表者名
      多田隈尚史
    • 学会等名
      第394回情報計算化学生物(CBI)学会 学術講演会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Construction of DNA origami base gene transcription nano chip2018

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Hyun YD, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T, Tadakuma H
    • 学会等名
      第1回分子ロボティクス年次大会(併催・分子ロボット倫理シンポジウム)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Argonauteタンパク質構造変化の1分子解析2017

    • 著者名/発表者名
      坪山 幸太郎、多田隈 尚史、泊 幸秀
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ショウジョウバエDicer-2による二本鎖RNA切断反応の一分子解析2017

    • 著者名/発表者名
      永沼 政広、多田隈 尚史、泊 幸秀
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAオリガミを用いた直行性を有する転写デバイスの合理的設計2017

    • 著者名/発表者名
      増渕 岳也、遠藤 政幸、飯塚 怜、井口 彩香、Dong Yoon、関口 哲志、Hao Qi、飯沼 良介、宮薗 侑也、庄子 習一、船津 高志、杉山 弘、原田 慶恵、上田 卓也、多田隈 尚史
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Holliday構造DNAはRuvA-RuvB複合体形成を促進させる2017

    • 著者名/発表者名
      韓 龍雲、山本 れいこ、中尾 公子、多田隈 尚史、原田 慶恵
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of the dynein-microtubule complex cross-bridged with DNA structures2017

    • 著者名/発表者名
      Keiko Hirose, Rofia Boudria, Shimaa Abdelaleem, Yuichi Kondo, Kangmin Yan,
    • 学会等名
      Dynein2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2017

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Yoon DH, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T and Tadakuma H.
    • 学会等名
      CBI学会2017年大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Imaging of intracellular temperature in PC12 cell nerve differentiation2017

    • 著者名/発表者名
      Taishu Akiyama, Masaki Kinoshita, Kohki Okabe, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ゼロモード導波路(ZMW)の量産化と生体分子観察への応用2017

    • 著者名/発表者名
      Nakao K, Tadakuma H, Han YW, Fukumoto K, Harada Y
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2017

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Hyun YD, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T, Tadakuma H
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2016

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Iizuka R, Sugiyama H, Harada Y, Funatsu T, Ueda T
    • 学会等名
      CBI学会2016年大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都・江戸川区)
    • 年月日
      2016-10-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 転写ナノチップを用いた、転写機構の機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      多田隈尚史
    • 学会等名
      第39回 日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Construction of DNA origami base gene transcription nano chip2016

    • 著者名/発表者名
      多田隈尚史
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Holliday junction DNA facilitates RuvA-RuvB complex formation2016

    • 著者名/発表者名
      Yong-Woon Han1, Reiko Yamamoto, Kimiko Nakao, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] A single integrated gene nano-chip functioning in an artificial cell2016

    • 著者名/発表者名
      増渕、遠藤、飯塚、井口、Hyun、関口、Qi、飯沼、宮薗、庄子、船津、杉山、原田、上田、多田隈
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 神経分化時における神経細胞内温度イメージング2016

    • 著者名/発表者名
      Masaki Kinoshita, Kohki Okabe, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [図書] 現代化学 No.5482016

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、多田隈尚史
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [産業財産権] プログラム可能な遺伝子発現システム2017

    • 発明者名
      多田隈尚史、増渕岳也、原田慶恵
    • 権利者名
      多田隈尚史、増渕岳也、原田慶恵
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2017-232193
    • 出願年月日
      2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2016-07-20   更新日: 2023-03-08  

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