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In vitro再構成されたゲノム自己複製システムのふるまいとその進化

研究課題

研究課題/領域番号 16KT0076
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 構成的システム生物学
研究機関立教大学

研究代表者

末次 正幸  立教大学, 理学部, 教授 (00363341)

研究分担者 高田 啓  立教大学, 理学部, ポストドクトラルフェロー (70747899)
研究期間 (年度) 2016-07-19 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円)
2019年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2018年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2017年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2016年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワード染色体複製 / 自己複製 / 人工細胞 / 試験管内自己複製系 / 複製サイクル再構成系 / ゲノム複製再構成系 / 転写翻訳再構成系 / ミニ染色体 / 合成生物学
研究成果の概要

生命がもつ自己複製能の本質は、ゲノムにコードされた遺伝情報に基づいて、自身のコピーを生み出すことにある。これまでに我々はミニ染色体と呼ばれる複製起点oriCをもつ環状DNAを鋳型として、大腸菌染色体複製のサイクルを繰り返し、ミニ染色体の自律増殖を導く試験管内再構成系を構築している(26種のタンパク質より構成)。
本研究では、ミニ染色体上に複製サイクル再構成系のタンパク質を遺伝情報の形でコードさせておき、PURE system(転写翻訳反応再構成系)による情報発現とカップルして複製サイクルが駆動し、自身の情報をコードするミニ染色体が自律増殖する系を構築した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生命の自己複製能の本質は、自身が持つ遺伝情報に基づいて、多様な機能タンパク質がつくられ、それによって再び自身の遺伝情報が複製されることにある。その繰り返しで、生命は増殖し、また遺伝情報に変異が入れば進化する。本研究では大腸菌から精製された因子を用いて、この自己複製系を再現した。自己複製系では、自己複製DNAからの転写翻訳に依存して複製タンパク質がつくられ、複製タンパク質によって自己複製DNA自身の増殖が促される。今後、DNA複製エラーなどにより遺伝情報の変異を導けば、自己複製DNAを試験管内で進化させ、より自己複製に優位なDNA分子が勝ち残っていく、といった進化実験も可能となると期待される。

報告書

(5件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (63件)

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (45件) (うち国際学会 11件、 招待講演 17件) 図書 (1件) 備考 (1件) 産業財産権 (6件)

  • [雑誌論文] 大腸菌いらずのセルフリー長鎖DNAクローニング2020

    • 著者名/発表者名
      奈良 聖亜、末次 正幸
    • 雑誌名

      羊土社「実験医学」

      巻: 38 ページ: 1023-28

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Cell-Penetrating Peptide-Mediated Transformation of Large Plasmid DNA into Escherichia coli2019

    • 著者名/発表者名
      Islam M.M., Odahara M., Yoshizumi T., Oikawa K., Kimura M., Su'etsugu, M. and Numata K.
    • 雑誌名

      ACS Synth. Biol.

      巻: 8 号: 5 ページ: 1215-18

    • DOI

      10.1021/acssynbio.9b00055

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 染色体複製サイクルの自律的な繰り返しによるDNA増幅反応2019

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 雑誌名

      化学と生物

      巻: Vol.57, 1 ページ: 64-69

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Efficient Arrangement of the Replication Fork Trap for In Vitro Propagation of Monomeric Circular DNA in the Chromosome-Replication Cycle Reaction2018

    • 著者名/発表者名
      Hasebe Tomonori、Narita Kouhei、Hidaka Shiomi、Su’etsugu Masayuki
    • 雑誌名

      Life

      巻: 8 号: 4 ページ: 43-43

    • DOI

      10.3390/life8040043

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bacterial EndoMS/NucS acts as a clamp-mediated mismatch endonuclease to prevent asymmetric accumulation of replication errors2018

    • 著者名/発表者名
      Takemoto Norihiko、Numata Itaru、Su’etsugu Masayuki、Miyoshi-Akiyama Tohru
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 12 ページ: 6152-6165

    • DOI

      10.1093/nar/gky481

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Essentiality of WalRK for growth in Bacillus subtilis and its role during heat stress.2018

    • 著者名/発表者名
      Takada H., Shiwa Y., Takino Y., Osaka N., Ueda S., Watanabe S., Chibazakura T., Su'etsugu M., Utsumi R., Yoshikawa H
    • 雑誌名

      Microbiology

      巻: 164 号: 4 ページ: 670-684

    • DOI

      10.1099/mic.0.000625

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞を使わないゲノム合成技術2018

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 雑誌名

      月刊バイオインダストリー

      巻: 8月号 ページ: 22-30

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] ゲノム合成技術2018

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 雑誌名

      現代科学

      巻: 262 ページ: 47-51

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Overall shapes of the SMC-ScpAB complex are determined by balance between constraint and relaxation of its structural parts2017

    • 著者名/発表者名
      Kamada K, Suetsugu M, Takada H, Miyata M, Hirano T
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 25 号: 4 ページ: 603-16

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.02.008

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Exponential propagation of large circular DNA by reconstitution of a chromosome-replication cycle.2017

    • 著者名/発表者名
      Su'etsugu M1, Takada H, Katayama T, Tsujimoto H.
    • 雑誌名

      Nucleic acids research

      巻: 45 号: 20 ページ: 11525-11534

    • DOI

      10.1093/nar/gkx822

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 大腸菌ゲノム複製サイクル再構成系とその自己複製2019

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸、長谷部 友憲、高田 啓
    • 学会等名
      日本遺伝学会第91回大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ell-free assembly and amplification technology for genome-scale large DNA2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Su'etsugu
    • 学会等名
      The 2nd Asian Synthetic Biology Association
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Cell-free assembly and amplification of genome-scale DNA2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Su'etsugu
    • 学会等名
      2019 Synthetic Biology: Engineering, Evolution & Design (SEED)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cell-free assembly and amplification of genome-scale DNA2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Su'etsugu
    • 学会等名
      Marine Biotechnology Conference 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cell-free DNA technology for synthetic biology2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Su'etsugu
    • 学会等名
      SynbioBeta 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] In vitro repetition of chromosome-replication cycle and its applications2019

    • 著者名/発表者名
      Su'etsugu, M
    • 学会等名
      7th Bioscience and Biotechnology International Symposium, Tokyo Institute of Technology
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ゲノム合成の新技術2019

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸
    • 学会等名
      nano tech 2019
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 染色体複製サイクルを再構成した高性能DNA増幅技術とその利用2019

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸
    • 学会等名
      野地ImPACTシンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム合成時代のセルフリー技術2019

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2019大会シンポジウム「ゲノム合成の世界的なうねりと現状:日本の貢献」
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cell-free tool towards de novo genome synthesis2018

    • 著者名/発表者名
      Su'etsugu, M.
    • 学会等名
      International Symposium on “Artificial Cell Reactor Science and Technology”
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Enzymatic construction of large circular DNA from over 50 overlapping fragments2018

    • 著者名/発表者名
      Kurata, T. and Su'etsugu, M.
    • 学会等名
      International Symposium on “Artificial Cell Reactor Science and Technology”
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] In vitro amplification of circular DNA mediated by oriC transposon2018

    • 著者名/発表者名
      Nara, S. and Su'etsugu, M.
    • 学会等名
      International Symposium on “Artificial Cell Reactor Science and Technology”
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 複製停止配列ter を介したフォークの衝突は続く増幅反応を阻害する2018

    • 著者名/発表者名
      長谷部 友憲、末次 正幸
    • 学会等名
      第15回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 放線菌で見つかった新規ミスマッチ修復タンパク質EndoMSのエンドヌクレアーゼ活性2018

    • 著者名/発表者名
      沼田 格、竹本 訓彦、秋山 徹、末次 正幸
    • 学会等名
      第15回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] oriCトランスポゾン転移に依存した長大な異種環状DNA の試験管内増幅2018

    • 著者名/発表者名
      奈良 聖亜、篠原 赳、末次 正幸
    • 学会等名
      第15回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 50種類以上に及ぶDNA断片の試験管内同時集積2018

    • 著者名/発表者名
      倉田竜明、加納巧希、末次 正幸
    • 学会等名
      第15回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 染色体複製サイクル再構成系を用いたセルフリー環状DNA合成」2018

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会 シンポジウム「ゲノム合成時代の人工細胞研究」
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 複製サイクル再構成系を利用した長鎖DNAへの塩基置換導入法2018

    • 著者名/発表者名
      俵木彩子、末次 正幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会11.0
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] oriCトランスポゾンを利用した環状DNA の試験管内複製サイクル増幅2018

    • 著者名/発表者名
      奈良 聖亜、末次 正幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会11.0
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 無細胞長鎖DNA合成法RA-RCRによる50種以上のDNA断片の同時集積2018

    • 著者名/発表者名
      倉田竜明、末次 正幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会11.0
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Stable amplification of 200 kb circular DNA by reconstituted replication cycle of the Escherichia coli chromosome2018

    • 著者名/発表者名
      Shinohara, T. Su'etsugu, M.
    • 学会等名
      3R-3C Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Large plasmid synthesis using cell-free chromosome replication technology2018

    • 著者名/発表者名
      Su'etsugu, M. and Kurata, T
    • 学会等名
      The 1st Asian Synthetic Biology Association
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 長鎖DNA増幅反応RCRと共役した遺伝子編集法2018

    • 著者名/発表者名
      俵木彩子、末次 正幸
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ゲノム複製サイクル再構成による巨大環状DNA の試験管内増幅2018

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸
    • 学会等名
      シンポジウム 「核酸の科学: その複製,化学修飾から損傷まで」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多断片集積と増幅による長鎖環状DNAの試験管内合成法2018

    • 著者名/発表者名
      倉田竜明,加納巧希,末次正幸
    • 学会等名
      第12回ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] ゲノム複製サイクル再構成による長鎖環状DNAの試験管内増幅技術2017

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      酵素工学研究会第77回講演会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 染色体複製サイクルの繰り返しによる環状DNAの試験管内自律増殖2017

    • 著者名/発表者名
      末次正幸、高田 啓
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会 シンポジウム「自己複製系の新展開:創発と合成の邂逅」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA集積・増幅反応からなる無細胞ゲノム合成技術2017

    • 著者名/発表者名
      末次正幸、倉田竜明
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会10.0 「ゲノム合成時代の到来とバイオセキュリティ・セーフティ」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム複製サイクル再構成系を利用した新規DNA増幅技術2017

    • 著者名/発表者名
      末次正幸、加納巧希、倉田竜明、篠原赳、高田啓
    • 学会等名
      ConBio2017 ワークショップ 「どこまできてる? in vitro再構成研究の最前線」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cell-free propagation of large circular DNA by reconstitution of a chromosome replication-cycle2017

    • 著者名/発表者名
      Su'etsugu, M. and Tsujimoto, H.
    • 学会等名
      Gordon Research Conference "Synthetic Biology"
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 複製サイクル再構成系における転写・翻訳の共役と分子進化の試み2017

    • 著者名/発表者名
      高田 啓,末次 正幸
    • 学会等名
      第14回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 複製サイクル再構成系を用いた安定的長鎖DNA増幅の試み2017

    • 著者名/発表者名
      篠原 赳,末次 正幸
    • 学会等名
      第14回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] oriCトランスポゾンを用いた異種環状DNAの複製サイクル増幅2017

    • 著者名/発表者名
      奈良 聖亜,末次 正幸
    • 学会等名
      第14回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌複製サイクル再構成系におけるter-Tus終結システムの検証2017

    • 著者名/発表者名
      長谷部 友憲,成田 康平,末次 正幸
    • 学会等名
      第14回 21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 転写・翻訳系と共役した大腸菌ミニ染色体複製サイクル再構成系2017

    • 著者名/発表者名
      高田 啓,末次 正幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会10.0
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 多断片DNAの同時連結と環状産物増幅による試験管内長鎖DNA作成法2017

    • 著者名/発表者名
      倉田 竜明,小野 敬子,萩生田 絵美,末次 正幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会10.0
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 試験管内長鎖DNA増幅反応を利用したゲノムライブラリー作成法2017

    • 著者名/発表者名
      加納巧希,倉田竜明,篠原赳,末次正幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会10.0
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 複製サイクル再構成系を用いたGCリッチな好熱菌プラスミドの丸ごと試験管内増幅2017

    • 著者名/発表者名
      奈良 聖亜,末次 正幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会10.0
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 複製サイクル再構成型増幅法による多断片連結環状DNAのクローニング2017

    • 著者名/発表者名
      倉田 竜明,小野 敬子,萩生田 絵美,末次 正幸
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 複製サイクル増幅法を用いた10万塩基対を超える長鎖ゲノム領域の無細胞クローニング2017

    • 著者名/発表者名
      加納巧希,倉田竜明,篠原赳,末次正幸
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 放線菌ミスマッチ修復系で働くタンパク質の生化学的解析2017

    • 著者名/発表者名
      沼田 格,竹本 訓彦,秋山 徹,末次 正幸
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 長鎖環状DNAの複製サイクル増幅におけるoriCトランスポゾンの利用2017

    • 著者名/発表者名
      奈良 聖亜,末次 正幸
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 10万塩基を超える長鎖環状DNAの無細胞クローニング2017

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸、平田 稜、倉田竜明、篠原 赳、辻本 寛子
    • 学会等名
      第11回ゲノム微生物学会年会シンポジウム「微生物での合成生物工学」
    • 発表場所
      慶應義塾大学、藤沢、神奈川
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム複製サイクル試験管内再構成系における変異誘発と分子進化2016

    • 著者名/発表者名
      末次正幸、徳永翼、高田啓、辻本寛子
    • 学会等名
      日本進化学会第18回大会ワークショップ「再構築型進化学研究-人工細胞から原始生物まで-」
    • 発表場所
      東京工業大学、大岡山、東京
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌染色体複製サイクルと転写翻訳反応との統合再構成2016

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸, 辻本 寛子, 高田 啓
    • 学会等名
      第89回日本生化学会大会シンポジウム「生化学の基盤戦略:試験管内再構成」
    • 発表場所
      東北大学、仙台、宮城
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] 「ゲノム複製サイクル再構成系とその展望」、人工細胞の創製とその応用(植田充美 監修)2017

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [備考] 研究室WEBページ

    • URL

      https://www2.rikkyo.ac.jp/web/sue-lab/

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [産業財産権] 無細胞系でDNAを編集する方法2018

    • 発明者名
      末次正幸、加納巧希、俵木彩子
    • 権利者名
      JST
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2018-142274
    • 出願年月日
      2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [産業財産権] 環状DNAの複製または増幅方法2018

    • 発明者名
      末次正幸、奈良聖亜
    • 権利者名
      JST
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2018
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [産業財産権] 環状DNAの増幅方法2017

    • 発明者名
      末次正幸、小林寛子、篠原赳
    • 権利者名
      JST
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [産業財産権] DNAの産生方法およびDNA断片連結用キット2017

    • 発明者名
      末次正幸、倉田竜明
    • 権利者名
      JST
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2017-132084
    • 出願年月日
      2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [産業財産権] DNAの産生方法およびDNA断片連結用キット2017

    • 発明者名
      末次正幸、倉田竜明
    • 権利者名
      JST
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2017-231732
    • 出願年月日
      2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [産業財産権] 環状DNAの複製または増幅方法2017

    • 発明者名
      末次正幸
    • 権利者名
      末次正幸
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2017-037489
    • 出願年月日
      2017-02-28
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

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公開日: 2016-07-20   更新日: 2023-03-08  

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